RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489352.5

HDAC6-233, Transcript of histone deacetylase 6, human

TSL 4

Gene HDAC6, Length 585 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC6-233	ENST00000489352	GNPDA1	P46926	289 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SUOX	P51687	545 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	GEMIN4	P57678	1058 aa	Known RBP	11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	NME3	Q13232	169 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	STIL	Q15468	1287 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CNGA2	Q16280	664 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CYB5D1	Q6P9G0	228 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MED25	Q71SY5	747 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MRGPRG	Q86SM5	289 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PLXDC1	Q8IUK5	500 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ZADH2	Q8N4Q0	377 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PLA2G15	Q8NCC3	412 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TM9SF4	Q92544	642 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	HMCES	Q96FZ2	354 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MDFI	Q99750	246 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CUEDC2	Q9H467	287 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	WDR26	Q9H7D7	661 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TRNAU1AP	Q9NX07	287 aa	Known RBP	11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CLIC4	Q9Y696	253 aa		11.52	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ILVBL	A1L0T0	632 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	KLHL41	O60662	606 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SPAG6	O75602	509 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	GSR	P00390	522 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	STS	P08842	583 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	HOXC4	P09017	264 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	EDN3	P14138	238 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	LPO	P22079	712 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ERCC5	P28715	1186 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ACTR1B	P42025	376 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	LIG3	P49916	1009 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ACTR1A	P61163	376 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TLE4	Q04727	773 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CUL2	Q13617	745 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ZNF235	Q14590	738 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CFAP58	Q5T655	872 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	VWA5B1	Q5TIE3	1220 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ZNF783	Q6ZMS7	281 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PPP1R3B	Q86XI6	285 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CEP97	Q8IW35	865 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ZNF808	Q8N4W9	903 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TMEM102	Q8N9M5	508 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TMEM174	Q8WUU8	243 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ITLN2	Q8WWU7	325 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SEMA4D	Q92854	862 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	BARD1	Q99728	777 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	BRD8	Q9H0E9	1235 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	HPCAL4	Q9UM19	191 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	FARSA	Q9Y285	508 aa	Known RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	NTNG1	Q9Y2I2	539 aa		11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ZNF469	Q96JG9	3925 aa	Predicted RBP	11.51	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	JMJD1C	Q15652	2540 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PDXK	O00764	312 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MAPK13	O15264	365 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	STX10	O60499	249 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	GTF2H1	P32780	548 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MXI1	P50539	228 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PITX1	P78337	314 aa	Predicted RBP	11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ARF5	P84085	180 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CTBS	Q01459	385 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CEBPZ	Q03701	1054 aa	Known RBP	11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	NFATC2	Q13469	925 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	IL10RA	Q13651	578 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	AGER	Q15109	404 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	C5orf22	Q49AR2	442 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TMEM270	Q6UE05	265 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ARFGAP1	Q8N6T3	406 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	LRRN4CL	Q8ND94	238 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SH3KBP1	Q96B97	665 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	DHX58	Q96C10	678 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	C14orf79	Q96F83	325 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SGSM3	Q96HU1	749 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	NCAPG	Q9BPX3	1015 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	C7orf25	Q9BPX7	421 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	LGR4	Q9BXB1	951 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	GSX1	Q9H4S2	264 aa	Predicted RBP	11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	THAP9	Q9H5L6	903 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MCCC2	Q9HCC0	563 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SIDT1	Q9NXL6	827 aa	Known RBP	11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MPP6	Q9NZW5	540 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PCDHGB6	Q9Y5F9	930 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CSPG4	Q6UVK1	2322 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	COL6A5	A8TX70	2615 aa		11.5	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ZMPSTE24	O75844	475 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PAEP	P09466	180 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	KLK2	P20151	261 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	FASLG	P48023	281 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	SEPHS1	P49903	392 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	HHEX	Q03014	270 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	GNA12	Q03113	381 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	LTB	Q06643	244 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ASIC2	Q16515	512 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	ATXN7L2	Q5T6C5	722 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	MTFR2	Q6P444	385 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	FAM199X	Q6PEV8	388 aa	Predicted RBP	11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	TGIF2LY	Q8IUE0	185 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	PAF1	Q8N7H5	531 aa		11.49	□□□□□ -0.57
HDAC6-233	ENST00000489352	IQUB	Q8NA54	791 aa		11.49	□□□□□ -0.57

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