RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 CFAP206Q8IYR0 622 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ZSCAN1Q8NBB4 408 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 MOSPD2Q8NHP6 518 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ACTRT2Q8TDY3 377 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ACDQ96AP0 544 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LHX5Q9H2C1 402 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 WDR3Q9UNX4 943 aaKnown RBP eCLIP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 NR2F1P10589 423 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 RPL4P36578 427 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 HTRA3P83110 453 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGAP1Q07960 439 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 TTC33Q6PID6 262 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 GRASPQ7Z6J2 395 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC34Q8IZ02 419 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 RPL10LQ96L21 214 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SEPHS2Q99611 448 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CYLDQ9NQC7 956 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 NINJ2Q9NZG7 142 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CDK14O94921 469 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SNHG28P0DPA3 235 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 POLD2P49005 469 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 PURAQ00577 322 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FMO1Q01740 532 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CACNG1Q06432 222 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 MSLNQ13421 630 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 TEAD2Q15562 447 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FAM187BQ17R55 369 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ENPP7Q6UWV6 458 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 XYLT1Q86Y38 959 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC185Q8N715 623 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 HDAC10Q969S8 669 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 HMCESQ96FZ2 354 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SPATA5L1Q9BVQ7 753 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CHST7Q9NS84 486 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 TMEM216Q9P0N5 145 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LIMD1Q9UGP4 676 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 YIPF1Q9Y548 306 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 KCNE2Q9Y6J6 123 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 PAPSS1O43252 624 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CSKP41240 450 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF155Q12901 538 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 MINDY4Q4G0A6 757 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 UNC5AQ6ZN44 842 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 DNAJB7Q7Z6W7 309 aaPredicted RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SRLQ86TD4 932 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 OR52L1Q8NGH7 329 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 NUS1Q96E22 293 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 AARSD1Q9BTE6 412 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 C3orf14Q9HBI5 128 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 GEMIN8Q9NWZ8 242 aaKnown RBP9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 HCN3Q9P1Z3 774 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ANGPT4Q9Y264 503 aa9.5□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LIASO43766 372 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 RPP40O75818 363 aaKnown RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CHRNA1P02708 482 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ITPKAP23677 461 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SSR2P43308 183 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 NEK2P51955 445 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 NEK3P51956 506 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 BNC1Q01954 994 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 GNA12Q03113 381 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 MSANTD2Q6P1R3 559 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 TXNDC11Q6PKC3 985 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LCLAT1Q6UWP7 414 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 RNASE11Q8TAA1 199 aaKnown RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LNX1Q8TBB1 728 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FBXO25Q8TCJ0 367 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CERS2Q96G23 380 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FAM84AQ96KN4 292 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 OSBPL2Q9H1P3 480 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 DZANK1Q9NVP4 752 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 STXBP5LQ9Y2K9 1186 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 OR2AG2A6NM03 316 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FAM20BO75063 409 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LBPP18428 481 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 MLLT3P42568 568 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 WNT3AP56704 352 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 LILRA4P59901 499 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SLC20A2Q08357 652 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 MTAPQ13126 283 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 COLEC12Q5KU26 742 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FBXO46Q6PJ61 603 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 ADAMTSL2Q86TH1 951 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 REXO1L1PQ8IX06 675 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 EID3Q8N140 333 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 FBXO15Q8NCQ5 510 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SLITRK2Q9H156 845 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 IL23AQ9NPF7 189 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 KCTD5Q9NXV2 234 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 GALNT8Q9NY28 637 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CROTQ9UKG9 612 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 DEAF1O75398 565 aaPredicted RBP9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 SLIT2O94813 1529 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 KRT75O95678 551 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CCNYL3P0C7X3 344 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CASRP41180 1078 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 HSPA13P48723 471 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 UBXN11Q5T124 520 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 CYB5D1Q6P9G0 228 aa9.49□□□□□ -0.89
PTPRB-204ENST00000538708 TMPRSS11BQ86T26 416 aa9.49□□□□□ -0.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 22.1 ms