RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491592.1

RTN4-215, Transcript of reticulon 4, human

TSL 2

Gene RTN4, Length 860 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RTN4-215	ENST00000491592	CACNA2D4	Q7Z3S7	1137 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GPR149	Q86SP6	731 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	VSTM4	Q8IW00	320 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CCDC105	Q8IYK2	499 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LINS1	Q8NG48	757 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SETD6	Q8TBK2	473 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	STYX	Q8WUJ0	223 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RMDN1	Q96DB5	314 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SGF29	Q96ES7	293 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF274	Q96GC6	653 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	DHTKD1	Q96HY7	919 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TWNK	Q96RR1	684 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	EIF3C	Q99613	913 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ACPT	Q9BZG2	426 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NYX	Q9GZU5	481 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NDST4	Q9H3R1	872 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SLITRK6	Q9H5Y7	841 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FANCE	Q9HB96	536 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CD93	Q9NPY3	652 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	A1CF	Q9NQ94	594 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NECTIN3	Q9NQS3	549 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SIRT3	Q9NTG7	399 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ATAD3A	Q9NVI7	634 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	INTS13	Q9NVM9	706 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NDUFAF4	Q9P032	175 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TES	Q9UGI8	421 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FBXO40	Q9UH90	709 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CPSF3	Q9UKF6	684 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MAN2B2	Q9Y2E5	1009 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CHTOP	Q9Y3Y2	248 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PSAT1	Q9Y617	370 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	KDR	P35968	1356 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MED23	Q9ULK4	1368 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LRRD1	A4D1F6	860 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	VWA3A	A6NCI4	1184 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LRRC72	A6NJI9	287 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF263	O14978	683 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NARS	O43776	548 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TAF5L	O75529	589 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SEC31A	O94979	1220 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CCNDBP1	O95273	360 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TNFRSF6B	O95407	300 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FGFR1OP	O95684	399 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	S100A9	P06702	114 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	S100A6	P06703	90 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ADH4	P08319	380 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CYP2C9	P11712	490 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ACTN1	P12814	892 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MYL4	P12829	197 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	IL1R1	P14778	569 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	KRT4	P19013	534 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RXRA	P19793	462 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CD6	P30203	668 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RFC4	P35249	363 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PAFAH1B1	P43034	410 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CAPZA2	P47755	286 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PXN	P49023	591 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LUM	P51884	338 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GSC	P56915	257 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	YBEY	P58557	167 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GNG11	P61952	73 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MYL5	Q02045	173 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RUNX1T1	Q06455	604 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	C17orf67	Q0P5P2	114 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FSTL1	Q12841	308 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TUBB3	Q13509	450 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	STK38	Q15208	465 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TBCE	Q15813	527 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	WHAMMP3	Q1A5X7	153 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GLRA4	Q5JXX5	417 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	BEND6	Q5SZJ8	279 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RBM20	Q5T481	1227 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ARL6IP4	Q66PJ3	421 aa	Known RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FCRLB	Q6BAA4	426 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CATSPERG	Q6ZRH7	1159 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PTCHD4	Q6ZW05	846 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	BNIPL	Q7Z465	357 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RABEPK	Q7Z6M1	372 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GLRX5	Q86SX6	157 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FAM160B2	Q86V87	743 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MON1A	Q86VX9	555 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SPATA24	Q86W54	205 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FBXL16	Q8N461	479 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	BBOF1	Q8ND07	529 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592		Q8NFD4	153 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RAPGEF4	Q8WZA2	1011 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SPSB4	Q96A44	273 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	KTI12	Q96EK9	354 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PGAP3	Q96FM1	320 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	C8orf76	Q96K31	380 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LENG8	Q96PV6	779 aa	Predicted RBP	4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PANX2	Q96RD6	677 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	OSBPL9	Q96SU4	736 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GAL3ST1	Q99999	423 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TUBA1C	Q9BQE3	449 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MESP1	Q9BRJ9	268 aa		4.88	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	APOL6	Q9BWW8	343 aa		4.88	□□□□□ -1.63

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