RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000296098.4

TRIM54-201, Transcript of tripartite motif containing 54, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene TRIM54, Length 2,027 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM54-201ENST00000296098 USP41Q3LFD5 358 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 FAM45BPQ6NSW5 357 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 KDM1BQ8NB78 822 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 FAM45AQ8TCE6 357 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SCLYQ96I15 445 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TBATAQ96M53 351 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 LENG8Q96PV6 779 aaPredicted RBP24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SEPT3Q9UH03 358 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CDH22Q9UJ99 828 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 A8MT66 165 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 GLP2RO95838 553 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 JUNP05412 331 aaKnown RBP24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 EPHB1P54762 984 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SH2D4BQ5SQS7 431 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 HECTD3Q5T447 861 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 DEFB107AQ8IZN7 70 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 MAB21L3Q8N8X9 362 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ZNF333Q96JL9 665 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CYP4F12Q9HCS2 524 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 GTSE1Q9NYZ3 720 aa24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 UBA2Q9UBT2 640 aaPredicted RBP24.06■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ZNF840PA6NDX5 716 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PQBP1O60828 265 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 RPP40O75818 363 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 IPO13O94829 963 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 WISP3O95389 354 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 GOT2P00505 430 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ACADSP16219 412 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 AP2B1P63010 937 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PGM2L1Q6PCE3 622 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 KLHDC10Q6PID8 442 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 DENND1CQ8IV53 801 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CPSF7Q8N684 471 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 OR52K2Q8NGK3 314 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SHKBP1Q8TBC3 707 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 BRSK1Q8TDC3 778 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ANKRD49Q8WVL7 239 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PLD4Q96BZ4 506 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PRICKLE1Q96MT3 831 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CINPQ9BW66 212 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ZNF385DQ9H6B1 395 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SUDS3Q9H7L9 328 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 BACE2Q9Y5Z0 518 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TRPC5OSA6NMA1 111 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TMEM233B4DJY2 109 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 H3BNC9 293 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 COCHO43405 550 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 NDST3O95803 873 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 THRAP10827 490 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SLC26A3P40879 764 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 OXCT1P55809 520 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 RPS24P62847 133 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ZRSR2Q15696 482 aaKnown RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 NXNQ6DKJ4 435 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 MRNIPQ6NTE8 343 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SPNS2Q8IVW8 549 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 GPR150Q8NGU9 434 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TRIB3Q96RU7 358 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 RIMKLBQ9ULI2 386 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CORO1CQ9ULV4 474 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ACTL7AQ9Y615 435 aa24.05■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CD3EAPO15446 510 aaKnown RBP24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 BUD23O43709 281 aaKnown RBP24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PDE5AO76074 875 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 EFEMP2O95967 443 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ANPEPP15144 967 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 KCNA5P22460 613 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TBL3Q12788 808 aaKnown RBP24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TRIM68Q6AZZ1 485 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SETD3Q86TU7 594 aaPredicted RBP24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SNX32Q86XE0 403 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CATSPER2Q96P56 530 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PSKH2Q96QS6 385 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SPON2Q9BUD6 331 aa24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 G3BP2Q9UN86 482 aaKnown RBP24.04■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CCDC162PA2VCL2 907 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 FKBP6O75344 327 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CLDN11O75508 207 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PIRTP0C851 137 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 HOXB8P17481 243 aaPredicted RBP24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ADSLP30566 484 aaPredicted RBP24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 ERFP50548 548 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PIM3Q86V86 326 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SLC22A9Q8IVM8 553 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PPFIBP2Q8ND30 876 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 OR13C4Q8NGS5 318 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 EML4Q9HC35 981 aaKnown RBP24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CRYL1Q9Y2S2 319 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 KDELR3O43731 214 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 HNRNPLP14866 589 aaKnown RBP eCLIP24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 FDXRP22570 491 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 CORO1AP31146 461 aaKnown RBP24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 SULT2A1Q06520 285 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 PTPRCAPQ14761 206 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 GPR158Q5T848 1215 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 TMEM207Q6UWW9 146 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 AFAP1L2Q8N4X5 818 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 FAR2Q96K12 515 aa24.03■■□□□ 1.44
TRIM54-201ENST00000296098 VN1R3Q9BXE9 311 aa24.03■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 45.7 ms