RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491592.1

RTN4-215, Transcript of reticulon 4, human

TSL 2

Gene RTN4, Length 860 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RTN4-215	ENST00000491592	A1BG	P04217	495 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CPA1	P15085	419 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TGM1	P22735	817 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MCM3	P25205	808 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PSMB10	P40306	273 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ACAA2	P42765	397 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	AMPH	P49418	695 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ZNF134	P52741	427 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LILRA4	P59901	499 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	HAND2	P61296	217 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	KCNJ10	P78508	379 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	BEX3	Q00994	111 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SCAP	Q12770	1279 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GRSF1	Q12849	480 aa	Known RBP eCLIP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CAMK2D	Q13557	499 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	DYRK1A	Q13627	763 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NFE2L1	Q14494	772 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	HLX	Q14774	488 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GPR68	Q15743	365 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	STK11	Q15831	433 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TDRD12	Q587J7	1177 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	KCNT1	Q5JUK3	1230 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LY6G5C	Q5SRR4	150 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FAXC	Q5TGI0	409 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	DCAF12L1	Q5VU92	463 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	KRT80	Q6KB66	452 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CRIP3	Q6Q6R5	217 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MICALCL	Q6ZW33	695 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PXK	Q7Z7A4	578 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GATAD2A	Q86YP4	633 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PEX5L	Q8IYB4	626 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ULK2	Q8IYT8	1036 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	OR56B2P	Q8NGI1	322 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	OR56A3	Q8NH54	315 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RNF139	Q8WU17	664 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ASB10	Q8WXI3	467 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FUBP1	Q96AE4	644 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	IQCD	Q96DY2	449 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SIPA1	Q96FS4	1042 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CNOT6L	Q96LI5	555 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CTAGE1	Q96RT6	745 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FAM118B	Q9BPY3	351 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TEX12	Q9BXU0	123 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TEX13A	Q9BXU3	409 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TRIM7	Q9C029	511 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MS4A7	Q9GZW8	240 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MMRN2	Q9H8L6	949 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	VIPAS39	Q9H9C1	493 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NOD2	Q9HC29	1040 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CRLF2	Q9HC73	371 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	DECR2	Q9NUI1	292 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ANKFY1	Q9P2R3	1169 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SHOC2	Q9UQ13	582 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PIN4	Q9Y237	131 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MROH5	Q6ZUA9	1318 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LRRC37A3	O60309	1634 aa		4.9	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	EIF3CL	B5ME19	914 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	NPIPB8	E9PQR5	432 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592		F8W8V4	182 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592		H3BNC9	293 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PYCARD-AS1	I3L0S3	204 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592		O00370	1275 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	EBAG9	O00559	213 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FZD7	O75084	574 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TK1	P04183	234 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CLEC3B	P05452	202 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ITGAM	P11215	1152 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CSF2RA	P15509	400 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TYMP	P19971	482 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MAK	P20794	623 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CMA1	P23946	247 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ABCD3	P28288	659 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GDI1	P31150	447 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ACVRL1	P37023	503 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	HSD17B2	P37059	387 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ME1	P48163	572 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	PPP5C	P53041	499 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	HDAC4	P56524	1084 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ACTR1A	P61163	376 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FPGS	Q05932	587 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RIPK1	Q13546	671 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ARHGEF6	Q15052	776 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	RAB30	Q15771	203 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	AADACL4	Q5VUY2	407 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	GARNL3	Q5VVW2	1013 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	ATG16L1	Q676U5	607 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	IGFL4	Q6B9Z1	124 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	SP5	Q6BEB4	398 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TMEM154	Q6P9G4	183 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	LAYN	Q6UX15	382 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	TMEM108	Q6UXF1	575 aa		4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	FAM83H	Q6ZRV2	1179 aa	Predicted RBP	4.89	□□□□□ -1.63
RTN4-215	ENST00000491592	CHST3	Q7LGC8	479 aa		4.89	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.9 ms