RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000509638.5

LIMCH1-211, Transcript of LIM and calponin homology domains 1, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMCH1, Length 1,570 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1-211ENST00000509638 C12orf50Q8NA57 414 aaPredicted RBP29.98■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 RNF14Q9UBS8 474 aa29.98■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 KPNA3O00505 521 aaPredicted RBP29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 DNTTP04053 509 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 UGT2B4P06133 528 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 ANGPT1Q15389 498 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 CYP1B1Q16678 543 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 TMIEQ8NEW7 156 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC110Q8TBZ0 833 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 MAGOHBQ96A72 148 aaKnown RBP29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 LRIG1Q96JA1 1093 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 NSMCE3Q96MG7 304 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 SPATA13Q96N96 652 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 ATP13A3Q9H7F0 1226 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 EBF1Q9UH73 591 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 FBXO4Q9UKT5 387 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 TRHDEQ9UKU6 1024 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 PLXND1Q9Y4D7 1925 aa29.97■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 URI1O94763 535 aaPredicted RBP29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 C7P10643 843 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 HOXA6P31267 233 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC8A1P32418 973 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 CD68P34810 354 aaPredicted RBP29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 KCNJ1P48048 391 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 NIPAL4Q0D2K0 466 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 TTC31Q49AM3 519 aaPredicted RBP29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 RALGPS1Q5JS13 557 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 FAM46CQ5VWP2 391 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 KIF18AQ8NI77 898 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 TUBGCP5Q96RT8 1024 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 OSBPL1AQ9BXW6 950 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 CPEB1Q9BZB8 566 aaKnown RBP29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 GLOD4Q9HC38 313 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 CD93Q9NPY3 652 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 VPS13AQ96RL7 3174 aa29.96■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 ESPNB1AK53 854 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 GALR2O43603 387 aaPredicted RBP29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 PHF2O75151 1096 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 ACADMP11310 421 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 NFKB1P19838 968 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 ZBTB16Q05516 673 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 GRM3Q14832 879 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 TTC27Q6P3X3 843 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 NCEH1Q6PIU2 408 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 PID1Q7Z2X4 250 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 ARRDC2Q8TBH0 407 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 RTP4Q96DX8 246 aa29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 PABPC3Q9H361 631 aaKnown RBP29.95■■■□□ 2.39
LIMCH1-211ENST00000509638 F5H423 210 aaPredicted RBP29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 IFNB1P01574 187 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 C5AR1P21730 350 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 SERPINA4P29622 427 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 NUBP1P53384 320 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD20A2Q5SQ80 823 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD20A1Q5TYW2 823 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ANKRD20A3Q5VUR7 823 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 GDPD4Q6W3E5 623 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 CAMK1DQ8IU85 385 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 AADATQ8N5Z0 425 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 PPP1R16AQ96I34 528 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 GBA3Q9H227 469 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 RSPH14Q9UHP6 348 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 C5orf60A6NFR6 353 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 AXIN1O15169 862 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 OPHN1O60890 802 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 CD86P42081 329 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 BCL2L1Q07817 233 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 IMP4Q96G21 291 aaKnown RBP29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 KLHL32Q96NJ5 620 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 SLC25A51Q9H1U9 297 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 SERGEFQ9UGK8 458 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 SCML1Q9UN30 329 aa29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 DRG1Q9Y295 367 aaKnown RBP29.94■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 LOC107983988A0A1B0GUW6 1196 aaPredicted RBP29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 MMP2P08253 660 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 CES1P23141 567 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ITGB7P26010 798 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 STIP1P31948 543 aaKnown RBP29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 FNTBP49356 437 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 IHHQ14623 411 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ITPRIPL1Q6GPH6 555 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC137Q6PK04 289 aaKnown RBP29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 CCDC89Q8N998 374 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ARRDC3Q96B67 414 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 RBM15Q96T37 977 aaKnown RBP eCLIP29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 DYRK4Q9NR20 520 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 USP36Q9P275 1121 aaKnown RBP29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 CDC23Q9UJX2 597 aa29.93■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 NUMA1Q14980 2115 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 A0A1W2PP55 124 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 SERPINF2P08697 491 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 DRD3P35462 400 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 COILP38432 576 aaPredicted RBP29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 FNTAP49354 379 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 TPMTP51580 245 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF805Q5CZA5 627 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ARHGEF18Q6ZSZ5 1173 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 GSTA5Q7RTV2 222 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 GANCQ8TET4 914 aa29.92■■■□□ 2.38
LIMCH1-211ENST00000509638 ZNF641Q96N77 438 aaPredicted RBP29.92■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.2 ms