RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 MYLK3Q32MK0 819 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 TMEM259Q4ZIN3 620 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 KIAA1161Q6NSJ0 714 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 TMC6Q7Z403 805 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 OR6K2Q8NGY2 324 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 SLC17A9Q9BYT1 436 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 CATSPERBQ9H7T0 1116 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 FADS3Q9Y5Q0 445 aa22.85■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 C16orf96A6NNT2 1141 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 AP1G1O43747 822 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 GKP32189 559 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 YBEYP58557 167 aaPredicted RBP22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 MAMLD1Q13495 774 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 ZNF805Q5CZA5 627 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 SFMBT2Q5VUG0 894 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 DHRS13Q6UX07 377 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 PARS2Q7L3T8 475 aaKnown RBP22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 HAUS4Q9H6D7 363 aa22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 NOL6Q9H6R4 1146 aaKnown RBP22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 COL5A1P20908 1838 aaPredicted RBP22.84■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 FREM2Q5SZK8 3169 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 A0A1W2PQC6 194 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 NEMP1O14524 444 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 SDC3O75056 442 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 PAK4O96013 591 aaPredicted RBP22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 C1SP09871 688 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 CLDN2P57739 230 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 OGDHQ02218 1023 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 DNAJC3Q13217 504 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 SMAD1Q15797 465 aaKnown RBP22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 OR13H1Q8NG92 308 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 FAM174AQ8TBP5 190 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 RAB7BQ96AH8 199 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 NAP1L5Q96NT1 182 aaPredicted RBP22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 CALN1Q9BXU9 219 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 CCDC86Q9H6F5 360 aaKnown RBP22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 KLHL11Q9NVR0 708 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 DONSONQ9NYP3 566 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 AIPL1Q9NZN9 384 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 PCDHGA1Q9Y5H4 931 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 HS3ST3A1Q9Y663 406 aa22.83■■□□□ 1.25
CLN3-215ENST00000565236 KNTC1P50748 2209 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 A0A1B0GTH6 734 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 WASH4PA8MWX3 477 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 RASA4BC9J798 803 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 FGF10O15520 208 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 RASA4O43374 803 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 TSPAN6O43657 245 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 TMCC1O94876 653 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 SERPINC1P01008 464 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 CAPNS1P04632 268 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 UGT2B4P06133 528 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 CDK4P11802 303 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 PSMA2P25787 234 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 RAD51Q06609 339 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 SGCGQ13326 291 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 PARP15Q460N3 678 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 INO80DQ53TQ3 878 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ATXN7L2Q5T6C5 722 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 PLEKHA7Q6IQ23 1121 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 KANSL1Q7Z3B3 1105 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ZSCAN30Q86W11 494 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 UMODL1-AS1Q8N2C9 162 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 HMCESQ96FZ2 354 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 GDAP1L1Q96MZ0 367 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 OSBPL1AQ9BXW6 950 aa22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ARID1BQ8NFD5 2236 aaPredicted RBP22.82■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 A6NNZ2 444 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 FTLP02792 175 aaPredicted RBP22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 GZMAP12544 262 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 HTR7P34969 479 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 TPI1P60174 286 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 SERINC3Q13530 473 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 GDPD4Q6W3E5 623 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 GCNT7Q6ZNI0 430 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 Q6ZSR6 202 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ZNF571Q7Z3V5 609 aaPredicted RBP22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ABI3BPQ7Z7G0 1075 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 MARCH9Q86YJ5 346 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 DCP2Q8IU60 420 aaKnown RBP22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 KLHL32Q96NJ5 620 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 EDEM3Q9BZQ6 932 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 TTYH3Q9C0H2 523 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 KLC2Q9H0B6 622 aa22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ANKRD11Q6UB99 2663 aaPredicted RBP22.81■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 FAM149AA5PLN7 773 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 IGLON5A6NGN9 336 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ATMINO43313 823 aaPredicted RBP22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 RFPL3O75679 317 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 IGSF6O95976 241 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 PRKCIP41743 596 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 ABL2P42684 1182 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 RHOAP61586 193 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 KLHL30Q0D2K2 578 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 FGL2Q14314 439 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 NR1I3Q14994 352 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 IQCB1Q15051 598 aa22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 PTAR1Q7Z6K3 402 aaPredicted RBP22.8■■□□□ 1.24
CLN3-215ENST00000565236 TTC7BQ86TV6 843 aa22.8■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 41.8 ms