RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000564574.5

CLN3-212, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,159 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-212ENST00000564574 KRT28Q7Z3Y7 464 aa28.33■■■□□ 2.13
CLN3-212ENST00000564574 CARD14Q9BXL6 1004 aa28.33■■■□□ 2.13
CLN3-212ENST00000564574 KIF20BQ96Q89 1820 aa28.32■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 PHLPP1O60346 1717 aa28.32■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 KNSTRNQ9Y448 316 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP28.31■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 TTC21AQ8NDW8 1320 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 SBNO1A3KN83 1393 aa28.31■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 PER1O15534 1290 aaPredicted RBP28.3■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 TTC21BQ7Z4L5 1316 aa28.29■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP28.28■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 ALS2Q96Q42 1657 aa28.28■■■□□ 2.12
CLN3-212ENST00000564574 CGNL1Q0VF96 1302 aa28.26■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa28.26■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP28.25■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 PIK3C2AO00443 1686 aa28.25■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 USP54Q70EL1 1684 aa28.25■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 TNS3Q68CZ2 1445 aa28.25■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP28.25■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 NSD2O96028 1365 aa28.24■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 NPC1L1Q9UHC9 1359 aa28.24■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP28.23■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 SUGP2Q8IX01 1082 aaKnown RBP eCLIP28.23■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa28.21■■■□□ 2.11
CLN3-212ENST00000564574 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP28.2■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 ARHGEF10O15013 1369 aa28.2■■■□□ 2.1
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CLN3-212ENST00000564574 FYB1O15117 783 aa28.18■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 ABTB2Q8N961 1025 aa28.18■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 SOCS7O14512 581 aa28.17■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 NME9Q86XW9 330 aa28.17■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP28.17■■■□□ 2.1
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CLN3-212ENST00000564574 OVOS2Q6IE36 1432 aa28.15■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP28.15■■■□□ 2.1
CLN3-212ENST00000564574 COL22A1Q8NFW1 1626 aaPredicted RBP28.14■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 LMOD2Q6P5Q4 547 aa28.13■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 NLRP13Q86W25 1043 aa28.13■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 COG3Q96JB2 828 aa28.13■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 GGNBP2Q9H3C7 697 aa28.13■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 NLRP6P59044 892 aa28.12■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 SHPRHQ149N8 1683 aa28.12■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 CRYBG1Q9Y4K1 1723 aa28.12■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP28.1■■■□□ 2.09
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CLN3-212ENST00000564574 PHRF1Q9P1Y6 1649 aaKnown RBP28.09■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 PNPLA6Q8IY17 1366 aa28.09■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 ZRANB1Q9UGI0 708 aa28.08■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 USP19O94966 1318 aa28.08■■■□□ 2.09
CLN3-212ENST00000564574 ABCA3Q99758 1704 aa28.07■■■□□ 2.08
CLN3-212ENST00000564574 MORC1Q86VD1 984 aa28.07■■■□□ 2.08
CLN3-212ENST00000564574 NUTM2GQ5VZR2 741 aa28.06■■■□□ 2.08
CLN3-212ENST00000564574 JCADQ9P266 1359 aa28.06■■■□□ 2.08
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CLN3-212ENST00000564574 PARD3Q8TEW0 1356 aa28.05■■■□□ 2.08
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CLN3-212ENST00000564574 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP28■■■□□ 2.07
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CLN3-212ENST00000564574 LTN1O94822 1766 aa27.96■■■□□ 2.07
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CLN3-212ENST00000564574 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa27.94■■■□□ 2.06
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CLN3-212ENST00000564574 PLEKHG5O94827 1062 aa27.91■■■□□ 2.06
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CLN3-212ENST00000564574 SOX12O15370 315 aa27.9■■■□□ 2.06
CLN3-212ENST00000564574 PPP2R1AP30153 589 aa27.9■■■□□ 2.06
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CLN3-212ENST00000564574 ARHGEF25Q86VW2 580 aa27.88■■■□□ 2.05
CLN3-212ENST00000564574 RTL1A6NKG5 1358 aa27.87■■■□□ 2.05
CLN3-212ENST00000564574 POLKQ9UBT6 870 aa27.87■■■□□ 2.05
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CLN3-212ENST00000564574 ZC3H6P61129 1189 aaKnown RBP27.85■■■□□ 2.05
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CLN3-212ENST00000564574 FLT4P35916 1363 aa27.83■■■□□ 2.05
CLN3-212ENST00000564574 NUTM2BA6NNL0 878 aaPredicted RBP27.82■■■□□ 2.04
CLN3-212ENST00000564574 NUTM2EB1AL46 878 aaPredicted RBP27.82■■■□□ 2.04
CLN3-212ENST00000564574 MTHFSP49914 203 aa27.82■■■□□ 2.04
CLN3-212ENST00000564574 NUTM2AQ8IVF1 878 aaPredicted RBP27.82■■■□□ 2.04
CLN3-212ENST00000564574 AMPHP49418 695 aa27.81■■■□□ 2.04
CLN3-212ENST00000564574 PRDM11Q9NQV5 511 aa27.81■■■□□ 2.04
CLN3-212ENST00000564574 LMO7Q8WWI1 1683 aa27.81■■■□□ 2.04
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