RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000530520.5

ME3-209, Transcript of malic enzyme 3, human

TSL 5

Gene ME3, Length 1,573 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ME3-209	ENST00000530520	CGNL1	Q0VF96	1302 aa		33.9	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	33.89	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	33.89	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	SSH2	Q76I76	1423 aa		33.89	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	PXDN	Q92626	1479 aa		33.89	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	33.89	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		33.89	■■■■□ 3.02
ME3-209	ENST00000530520	AHDC1	Q5TGY3	1603 aa	Predicted RBP	33.87	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	33.85	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		33.85	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	33.84	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	PHLPP1	O60346	1717 aa		33.83	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	PIK3C2A	O00443	1686 aa		33.82	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	33.82	■■■■□ 3.01
ME3-209	ENST00000530520	ANKRD26	Q9UPS8	1709 aa		33.82	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	CC2D1B	Q5T0F9	858 aa	Known RBP	33.81	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	NME9	Q86XW9	330 aa		33.81	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	SBNO1	A3KN83	1393 aa		33.81	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	NSD2	O96028	1365 aa		33.8	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	FYB1	O15117	783 aa		33.8	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	NPC1L1	Q9UHC9	1359 aa		33.79	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	ALS2	Q96Q42	1657 aa		33.79	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		33.78	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		33.78	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		33.77	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	ABTB2	Q8N961	1025 aa		33.77	■■■■□ 3
ME3-209	ENST00000530520	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		33.74	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	COL16A1	Q07092	1604 aa	Predicted RBP	33.73	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		33.73	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	ANP32C	O43423	234 aa		33.72	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		33.72	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	USP54	Q70EL1	1684 aa		33.72	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	NLRP6	P59044	892 aa		33.72	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	COG3	Q96JB2	828 aa		33.72	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	33.7	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	ARHGEF10	O15013	1369 aa		33.7	■■■□□ 2.99
ME3-209	ENST00000530520	USP31	Q70CQ4	1352 aa		33.7	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		33.69	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		33.69	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	MORC1	Q86VD1	984 aa		33.69	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	33.68	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	NLRP13	Q86W25	1043 aa		33.67	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	33.66	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		33.66	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	PLEKHG5	O94827	1062 aa		33.64	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	RALBP1	Q15311	655 aa		33.64	■■■□□ 2.98
ME3-209	ENST00000530520	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	33.62	■■■□□ 2.97
ME3-209	ENST00000530520	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	33.61	■■■□□ 2.97
ME3-209	ENST00000530520	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		33.59	■■■□□ 2.97
ME3-209	ENST00000530520	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	33.59	■■■□□ 2.97
ME3-209	ENST00000530520	SOX12	O15370	315 aa		33.58	■■■□□ 2.97
ME3-209	ENST00000530520	USP19	O94966	1318 aa		33.57	■■■□□ 2.97
ME3-209	ENST00000530520	SLIT3	O75094	1523 aa		33.57	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	HSPA1L	P34931	641 aa		33.56	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	33.56	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		33.56	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	ABCA3	Q99758	1704 aa		33.56	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	33.55	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	SHPRH	Q149N8	1683 aa		33.53	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		33.53	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		33.53	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
ME3-209	ENST00000530520	NFAT5	O94916	1531 aa		33.51	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	GC	P02774	474 aa		33.51	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	FBLN1	P23142	703 aa		33.51	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	FBXO41	Q8TF61	875 aa		33.51	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	AATK	Q6ZMQ8	1374 aa		33.5	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	PPP2R1A	P30153	589 aa		33.5	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	33.5	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	MIER1	Q8N108	512 aa		33.5	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	JCAD	Q9P266	1359 aa		33.49	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	LTN1	O94822	1766 aa		33.48	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	33.46	■■■□□ 2.95
ME3-209	ENST00000530520	POLK	Q9UBT6	870 aa		33.43	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		33.42	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	MAP3K19	Q56UN5	1328 aa		33.41	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		33.41	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	33.41	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	MTHFS	P49914	203 aa		33.41	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	ZC3H6	P61129	1189 aa	Known RBP	33.4	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	33.4	■■■□□ 2.94
ME3-209	ENST00000530520	PEAK1	Q9H792	1746 aa		33.38	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	AMPH	P49418	695 aa		33.36	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		33.36	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	KIAA0232	Q92628	1395 aa		33.36	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	CPD	O75976	1380 aa		33.35	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	SPATA31A6	Q5VVP1	1343 aa		33.33	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	RTL1	A6NKG5	1358 aa		33.33	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	FLT4	P35916	1363 aa		33.33	■■■□□ 2.93
ME3-209	ENST00000530520	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		33.32	■■■□□ 2.92
ME3-209	ENST00000530520	CFAP53	Q96M91	514 aa		33.32	■■■□□ 2.92
ME3-209	ENST00000530520	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		33.32	■■■□□ 2.92
ME3-209	ENST00000530520	CCER2	I3L3R5	266 aa		33.31	■■■□□ 2.92
ME3-209	ENST00000530520	MRS2	Q9HD23	443 aa		33.3	■■■□□ 2.92
ME3-209	ENST00000530520	HOXC9	P31274	260 aa		33.29	■■■□□ 2.92
ME3-209	ENST00000530520	CHRNA2	Q15822	529 aa		33.29	■■■□□ 2.92

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