RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 FAM71AQ8IYT1 594 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 C1orf131Q8NDD1 294 aaKnown RBP23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DNASE2BQ8WZ79 361 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SLC2A13Q96QE2 648 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PDCL3Q9H2J4 239 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SLC32A1Q9H598 525 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DDIT4Q9NX09 232 aa23.26■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 CHD8Q9HCK8 2581 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SYNJ2BP-COX16A0A087WUM0 186 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 METTL12A8MUP2 240 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 OPHN1O60890 802 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 HSF2BPO75031 334 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 GRAP2O75791 330 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 LUC7L3O95232 432 aaKnown RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MOCS3O95396 460 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PNMA6AP0CW24 399 aaPredicted RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ABCB4P21439 1286 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ZBTB16Q05516 673 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 RAPGEF1Q13905 1077 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 KCNJ12Q14500 433 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 FSCBQ5H9T9 825 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DCAF12L1Q5VU92 463 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 CLEC17AQ6ZS10 378 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 FAM183BPQ6ZVS7 135 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MINDY1Q8N5J2 469 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DEFB124Q8NES8 71 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MIR1-1HGQ9H1L0 117 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SAMSN1Q9NSI8 373 aaKnown RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 LMBRD1Q9NUN5 540 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 COX16Q9P0S2 106 aa23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 KIAA1522Q9P206 1035 aaPredicted RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 INTS6Q9UL03 887 aaKnown RBP23.25■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 F5H5T6 163 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DNTTP04053 509 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 CCR1P32246 355 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 RPS14P62263 151 aaKnown RBP23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ZNF252P-AS1Q0IIN9 211 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 KCNMA1Q12791 1236 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 EIF4EBP2Q13542 120 aaPredicted RBP23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DRAP1Q14919 205 aaPredicted RBP23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MMS22LQ6ZRQ5 1243 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PLCB1Q9NQ66 1216 aa23.24■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 A0A1B0GTW7 788 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ERBB2P04626 1255 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 C7P10643 843 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SLC6A3Q01959 620 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SEMA3BQ13214 749 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 TCP11X2Q5H9J9 407 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PITRM1Q5JRX3 1037 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 KLHDC7AQ5VTJ3 777 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DPY19L2P1Q6NXN4 242 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 OR2I1PQ8NGU4 316 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PCED1AQ9H1Q7 454 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MTG2Q9H4K7 406 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ERVW-1Q9UQF0 538 aa23.23■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 CACNA1EQ15878 2313 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MUC22E2RYF6 1773 aaPredicted RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PCNX2A6NKB5 2137 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 UPK3BL1B0FP48 263 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 UPK3BL2E5RIL1 263 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 EEF1GP26641 437 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SHC2P98077 582 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 NME3Q13232 169 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 HNRNPA1L2Q32P51 320 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 TTC31Q49AM3 519 aaPredicted RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PTPN20Q4JDL3 420 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 RABGAP1LQ5R372 815 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ZNF776Q68DI1 518 aaPredicted RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 OLFML1Q6UWY5 402 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SLC26A9Q7LBE3 791 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ZCCHC9Q8N567 271 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 KDM1BQ8NB78 822 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 TMEM35BQ8NCS4 154 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MYO19Q96H55 970 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PRMT1Q99873 361 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ZDHHC5Q9C0B5 715 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 BTBD1Q9H0C5 482 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 EIF2B4Q9UI10 523 aaKnown RBP23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 FHOD1Q9Y613 1164 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 EPG5Q9HCE0 2579 aa23.22■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PCDH15Q96QU1 1955 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 BCAT2O15382 392 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 RNASEH1O60930 286 aaKnown RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SRPRAP08240 638 aaKnown RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 CYP11B1P15538 503 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ACSL1P33121 698 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 NOS2P35228 1153 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ECT2LQ008S8 904 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MTA1Q13330 715 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 RNF219Q5W0B1 726 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 PIP4P1Q86T03 277 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 ZDHHC17Q8IUH5 632 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 APCDD1Q8J025 514 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 MRGPRX3Q96LB0 322 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 RSPH9Q9H1X1 276 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 DNAAF2Q9NVR5 837 aaKnown RBP23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 NCKAP1Q9Y2A7 1128 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 NUMA1Q14980 2115 aa23.21■■□□□ 1.31
CLN3-215ENST00000565236 SIN3BO75182 1162 aa23.2■■□□□ 1.3
CLN3-215ENST00000565236 DAB1O75553 588 aa23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27 ms