RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000359947.8

PTPRF-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 7,727 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-201ENST00000359947 ATP6V1B2P21281 511 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 AXLP30530 894 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PCYT1AP49585 367 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MRPS6P82932 125 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TERF2Q15554 542 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 POTEAQ6S8J7 498 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 LRIG3Q6UXM1 1119 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ZCCHC2Q9C0B9 1178 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 INTS13Q9NVM9 706 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 KLHL41O60662 606 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ALBP02768 609 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF23P17027 643 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GRK4P32298 578 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PKN1Q16512 942 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GATAD2AQ86YP4 633 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ISCUQ9H1K1 167 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ACKR2O00590 384 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 RAP1GAP2Q684P5 730 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 SEC16BQ96JE7 1060 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 FOXP3Q9BZS1 431 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MSCO60682 206 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 UBA1P22314 1058 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 USP6NLQ92738 828 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TM6SF2Q9BZW4 377 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MKL2Q9ULH7 1088 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TISP43B9A030 160 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PSMA4P25789 261 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MAPK7Q13164 816 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ARMC12Q5T9G4 340 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC149Q6ZUS6 474 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 COLGALT2Q8IYK4 626 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TPD52L3Q96J77 140 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ULBP1Q9BZM6 244 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MROH7Q68CQ1 1323 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CXCL14O95715 111 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 COPAP53621 1224 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 LRRC8DQ7L1W4 858 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 POMGNT2Q8NAT1 580 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TDRD5Q8NAT2 981 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 NOA1Q8NC60 698 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PARVBQ9HBI1 364 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 RGS18Q9NS28 235 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 POLR1DQ9Y2S0 133 aa15.94■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ABCA9Q8IUA7 1624 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TBL1XO60907 577 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MGAT1P26572 445 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MAGEA9P43362 315 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 NOGQ13253 232 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF571Q7Z3V5 609 aaPredicted RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CASKIN2Q8WXE0 1202 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CCDC126Q96EE4 140 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 DEPDC7Q96QD5 511 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GAS2L1Q99501 681 aaPredicted RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 SLC24A3Q9HC58 644 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PALMDQ9NP74 551 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GEMIN8Q9NWZ8 242 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 NRCAMQ92823 1304 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 LSM8O95777 96 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PSMA3P25788 255 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PFKPQ01813 784 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 FBXW10Q5XX13 1052 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ABRAQ8N0Z2 381 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 DNAJC1Q96KC8 554 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 APBA2Q99767 749 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 BLOC1S6Q9UL45 172 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 LINC00854A0A1B0GVQ3 168 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 TOMM70O94826 608 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 IFNA16P05015 189 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CYP4Z1Q86W10 505 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MTPAPQ9NVV4 582 aaKnown RBP eCLIP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ACOT9Q9Y305 439 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 USP12O75317 370 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 DAB1O75553 588 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 POLR2LP62875 67 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CSTF3Q12996 717 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 CATSPERGQ6ZRH7 1159 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 BPIFA1Q9NP55 256 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 EML1O00423 815 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GJB1P08034 283 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 SEL1L3Q68CR1 1132 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 RAET1GQ6H3X3 334 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 MICU2Q8IYU8 434 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 USP7Q93009 1102 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 RGS5O15539 181 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 UMPSP11172 480 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ZNF7P17097 686 aaPredicted RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 HSD17B3P37058 310 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 OAZ1P54368 228 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ROPN1BQ9BZX4 212 aaPredicted RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PPCSQ9HAB8 311 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 ROPN1Q9HAT0 212 aaPredicted RBP15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 IL1RAPL1Q9NZN1 696 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PRKAG3Q9UGI9 489 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 DNAJC16Q9Y2G8 782 aa15.93■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GAKO14976 1311 aa15.92■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 E5RJQ4 531 aa15.92■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 BUD23O43709 281 aaKnown RBP15.92■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 GSSP48637 474 aa15.92■□□□□ 0.14
PTPRF-201ENST00000359947 PABPC1LQ4VXU2 614 aaKnown RBP15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.7 ms