RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 ZNF112Q9UJU3 913 aa9.54□□□□□ -0.88
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CUX1-201ENST00000292535 REXO4Q9GZR2 422 aaKnown RBP9.53□□□□□ -0.88
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