RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540445.5

LMO3-222, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 2 BASIC

Gene LMO3, Length 906 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-222	ENST00000540445	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	13.27	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	13.26	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	ABCC11	Q96J66	1382 aa		13.26	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	ORAI2	Q96SN7	254 aa		13.26	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	13.25	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	MEX3C	Q5U5Q3	659 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		13.24	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	PXDN	Q92626	1479 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		13.22	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	KIF1A	Q12756	1690 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	HRC	P23327	699 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	SIRT1	Q96EB6	747 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		13.21	□□□□□ -0.29
LMO3-222	ENST00000540445	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	13.21	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	AFF2	P51816	1311 aa		13.2	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	DLC1	Q96QB1	1528 aa		13.2	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	ADGRB1	O14514	1584 aa		13.2	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		13.19	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		13.18	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	NUTM2F	A1L443	756 aa		13.18	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		13.18	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		13.18	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	13.18	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	USP32	Q8NFA0	1604 aa		13.17	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	ADGRB2	O60241	1585 aa		13.17	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	RXRB	P28702	533 aa		13.16	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	C8orf37	Q96NL8	207 aa		13.16	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	13.15	□□□□□ -0.3
LMO3-222	ENST00000540445	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	13.14	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	FOXO3	O43524	673 aa		13.14	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	13.14	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	POGK	Q9P215	609 aa		13.14	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	RGS12	O14924	1447 aa		13.13	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	ABCA3	Q99758	1704 aa		13.13	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	ADAMTS2	O95450	1211 aa		13.13	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	NGLY1	Q96IV0	654 aa		13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	STAC3	Q96MF2	364 aa		13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	PRAM1	Q96QH2	718 aa		13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		13.12	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		13.11	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	ATRN	O75882	1429 aa		13.11	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		13.11	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		13.11	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		13.1	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	ALS2	Q96Q42	1657 aa		13.09	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	USP21	Q9UK80	565 aa		13.09	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		13.09	□□□□□ -0.31
LMO3-222	ENST00000540445	ITSN1	Q15811	1721 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		13.08	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	SBNO1	A3KN83	1393 aa		13.07	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	13.07	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	SLIT2	O94813	1529 aa		13.07	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	EP400	Q96L91	3159 aa		13.06	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	13.06	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		13.05	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	PSME1	Q06323	249 aa		13.05	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	GLI3	P10071	1580 aa		13.05	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		13.05	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	PLEKHG5	O94827	1062 aa		13.04	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		13.04	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		13.04	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		13.04	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	NRAP	Q86VF7	1730 aa		13.04	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	13.04	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	13.03	□□□□□ -0.32
LMO3-222	ENST00000540445	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	13.02	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	ARHGEF10	O15013	1369 aa		13.02	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	ATP7B	P35670	1465 aa		13.02	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	NEUROD1	Q13562	356 aa		13.01	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		13.01	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		13	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		13	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	13	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		13	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	COL14A1	Q05707	1796 aa	Known RBP	12.99	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		12.99	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	12.99	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		12.98	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	12.98	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		12.98	□□□□□ -0.33
LMO3-222	ENST00000540445	QRICH2	Q9H0J4	1663 aa		12.98	□□□□□ -0.33

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