RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512193.5

NEK1-208, Transcript of NIMA related kinase 1, human

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene NEK1, Length 4,430 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NEK1-208	ENST00000512193	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	9.88	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		9.88	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	PHF14	O94880	888 aa		9.88	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	9.88	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	ARHGEF11	O15085	1522 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	CDC45	O75419	566 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	TAF7L	Q5H9L4	462 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	NUTM2G	Q5VZR2	741 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	CABP1	Q9NZU7	370 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	IFT140	Q96RY7	1462 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	TWISTNB	Q3B726	338 aa	Predicted RBP	9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	WDR63	Q8IWG1	891 aa		9.87	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	NUCB2	P80303	420 aa		9.86	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	9.86	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	FAM69C	Q0P6D2	419 aa		9.86	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	C1orf141	Q5JVX7	400 aa		9.85	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		9.85	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	ATP6V1D	Q9Y5K8	247 aa		9.85	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	IQGAP2	Q13576	1575 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	MRE11	P49959	708 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	RAPGEF3	O95398	923 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193	CDK19	Q9BWU1	502 aa		9.84	□□□□□ -0.83
NEK1-208	ENST00000512193		H3BQV1	296 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	ZKSCAN1	P17029	563 aa	Predicted RBP	9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	IFFO2	Q5TF58	517 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	VPS37C	A5D8V6	355 aa	Predicted RBP	9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	NLRP6	P59044	892 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	RNF214	Q8ND24	703 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	RUFY2	Q8WXA3	655 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	NEK4	P51957	841 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	FAM184A	Q8NB25	1140 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	THUMPD2	Q9BTF0	503 aa	Known RBP	9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	FAM43A	Q8N2R8	423 aa		9.83	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	NSD3	Q9BZ95	1437 aa		9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	TOMM22	Q9NS69	142 aa		9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	CAVIN1	Q6NZI2	390 aa	Known RBP	9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	ANO8	Q9HCE9	1232 aa	Predicted RBP	9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		9.82	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	BIVM-ERCC5	R4GMW8	1640 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	GCC1	Q96CN9	775 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	SMC3	Q9UQE7	1217 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	KIF3A	Q9Y496	699 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	SLC4A2	P04920	1241 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	VSIG10	Q8N0Z9	540 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	PSME1	Q06323	249 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	9.81	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	AIMP1	Q12904	312 aa	Known RBP	9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	RRS1	Q15050	365 aa	Known RBP	9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	DISP3	Q9P2K9	1392 aa		9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	BECN2	A8MW95	431 aa		9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	MCM4	P33991	863 aa		9.8	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	GOLGA6L19	H0YKK7	550 aa		9.79	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	9.79	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	GNAI3	P08754	354 aa		9.79	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	TPM4	P67936	248 aa		9.79	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	RABEP1	Q15276	862 aa		9.79	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		9.79	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	CUL7	Q14999	1698 aa		9.78	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	NINL	Q9Y2I6	1382 aa		9.78	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	AMER1	Q5JTC6	1135 aa	Predicted RBP	9.78	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	TTC5	Q8N0Z6	440 aa		9.78	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	BICD2	Q8TD16	824 aa		9.78	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	9.77	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	IGHD	P01880	384 aa		9.77	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	CREBRF	Q8IUR6	639 aa		9.77	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	9.77	□□□□□ -0.84
NEK1-208	ENST00000512193	FCHSD2	O94868	740 aa		9.77	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	FOSB	P53539	338 aa		9.77	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	HSP90AB4P	Q58FF6	505 aa		9.77	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	ZNF428	Q96B54	188 aa		9.77	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		9.77	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193		K7ELQ4	463 aa	Predicted RBP	9.76	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	DCTN1	Q14203	1278 aa		9.76	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	CCDC27	Q2M243	656 aa		9.76	□□□□□ -0.85
NEK1-208	ENST00000512193	ERC2	O15083	957 aa		9.76	□□□□□ -0.85

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