RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488279.6

PTPN4-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 5

Gene PTPN4, Length 662 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-211	ENST00000488279	TECPR2	O15040	1411 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PTPN4-211	ENST00000488279	IFT172	Q9UG01	1749 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PTPN4-211	ENST00000488279	HRC	P23327	699 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PTPN4-211	ENST00000488279	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		33.26	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	33.26	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	SIRT1	Q96EB6	747 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		33.2	■■■□□ 2.91
PTPN4-211	ENST00000488279	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	33.2	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	MYOM2	P54296	1465 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	NUTM2F	A1L443	756 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	C8orf37	Q96NL8	207 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	AFF2	P51816	1311 aa		33.18	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	LAMC1	P11047	1609 aa		33.17	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	RXRB	P28702	533 aa		33.16	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	FOXO3	O43524	673 aa		33.15	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	ADAMTS2	O95450	1211 aa		33.14	■■■□□ 2.9
PTPN4-211	ENST00000488279	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		33.12	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	NGLY1	Q96IV0	654 aa		33.11	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		33.11	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		33.1	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	STAC3	Q96MF2	364 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	PRAM1	Q96QH2	718 aa		33.09	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	33.08	■■■□□ 2.89
PTPN4-211	ENST00000488279	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.88
PTPN4-211	ENST00000488279	POGK	Q9P215	609 aa		33.06	■■■□□ 2.88
PTPN4-211	ENST00000488279	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	33.05	■■■□□ 2.88
PTPN4-211	ENST00000488279	PXDN	Q92626	1479 aa		33.03	■■■□□ 2.88
PTPN4-211	ENST00000488279	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	33	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		33	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	USP21	Q9UK80	565 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		32.98	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		32.97	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	32.97	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	32.96	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	DLC1	Q96QB1	1528 aa		32.96	■■■□□ 2.87
PTPN4-211	ENST00000488279	ADGRB1	O14514	1584 aa		32.94	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	32.94	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	PSME1	Q06323	249 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		32.93	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	32.91	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	32.91	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	KIF1A	Q12756	1690 aa		32.89	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	32.89	■■■□□ 2.86
PTPN4-211	ENST00000488279	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	32.86	■■■□□ 2.85
PTPN4-211	ENST00000488279	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		32.85	■■■□□ 2.85
PTPN4-211	ENST00000488279	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		32.84	■■■□□ 2.85
PTPN4-211	ENST00000488279	RGS12	O14924	1447 aa		32.83	■■■□□ 2.85
PTPN4-211	ENST00000488279	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	32.82	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	SBNO1	A3KN83	1393 aa		32.81	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	32.81	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		32.8	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	32.8	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	ATRN	O75882	1429 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	ADGRB2	O60241	1585 aa		32.79	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		32.78	■■■□□ 2.84
PTPN4-211	ENST00000488279	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		32.75	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	ARHGEF10	O15013	1369 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	PLEKHG5	O94827	1062 aa		32.74	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		32.73	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	32.73	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	USP32	Q8NFA0	1604 aa		32.72	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	32.7	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		32.7	■■■□□ 2.83
PTPN4-211	ENST00000488279	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	32.69	■■■□□ 2.82
PTPN4-211	ENST00000488279	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPN4-211	ENST00000488279	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	32.67	■■■□□ 2.82
PTPN4-211	ENST00000488279	SLIT2	O94813	1529 aa		32.67	■■■□□ 2.82
PTPN4-211	ENST00000488279	CDK19	Q9BWU1	502 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPN4-211	ENST00000488279	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		32.65	■■■□□ 2.82
PTPN4-211	ENST00000488279	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	32.62	■■■□□ 2.81
PTPN4-211	ENST00000488279	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	32.61	■■■□□ 2.81
PTPN4-211	ENST00000488279	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		32.6	■■■□□ 2.81
PTPN4-211	ENST00000488279	FAM83G	A6ND36	823 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPN4-211	ENST00000488279	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		32.59	■■■□□ 2.81
PTPN4-211	ENST00000488279	VPS72	Q15906	364 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		32.57	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		32.56	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	ATP7B	P35670	1465 aa		32.55	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	32.54	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	EP400	Q96L91	3159 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	NEUROD1	Q13562	356 aa		32.53	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	CENPJ	Q9HC77	1338 aa	Predicted RBP	32.51	■■■□□ 2.8
PTPN4-211	ENST00000488279	PLEKHG3	A1L390	1219 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPN4-211	ENST00000488279	ACE	P12821	1306 aa		32.5	■■■□□ 2.79
PTPN4-211	ENST00000488279	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		32.49	■■■□□ 2.79
PTPN4-211	ENST00000488279	BTG4	Q9NY30	223 aa		32.49	■■■□□ 2.79

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.7 ms