RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, human

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP40-215	ENST00000484528	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	31.93	■■■□□ 2.7
USP40-215	ENST00000484528	TECPR2	O15040	1411 aa		31.92	■■■□□ 2.7
USP40-215	ENST00000484528	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		31.91	■■■□□ 2.7
USP40-215	ENST00000484528	ZNF772	Q68DY9	489 aa	Predicted RBP	31.9	■■■□□ 2.7
USP40-215	ENST00000484528	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		31.89	■■■□□ 2.7
USP40-215	ENST00000484528	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	31.87	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	ABCC11	Q96J66	1382 aa		31.86	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	MYOM2	P54296	1465 aa		31.85	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	AFF2	P51816	1311 aa		31.85	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	31.84	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	NUTM2F	A1L443	756 aa		31.84	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		31.84	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		31.83	■■■□□ 2.69
USP40-215	ENST00000484528	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		31.82	■■■□□ 2.68
USP40-215	ENST00000484528	C8orf37	Q96NL8	207 aa		31.81	■■■□□ 2.68
USP40-215	ENST00000484528	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		31.8	■■■□□ 2.68
USP40-215	ENST00000484528	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	31.8	■■■□□ 2.68
USP40-215	ENST00000484528	ADAMTS2	O95450	1211 aa		31.78	■■■□□ 2.68
USP40-215	ENST00000484528	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	31.76	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	PXDN	Q92626	1479 aa		31.76	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	31.76	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		31.75	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	31.75	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	RXRB	P28702	533 aa		31.74	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	31.73	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	FOXO3	O43524	673 aa		31.73	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	KIF1A	Q12756	1690 aa		31.7	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	31.7	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	NGLY1	Q96IV0	654 aa		31.7	■■■□□ 2.67
USP40-215	ENST00000484528	ADGRB1	O14514	1584 aa		31.66	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	SIRT1	Q96EB6	747 aa		31.66	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	PRAM1	Q96QH2	718 aa		31.66	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		31.66	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	CDK12	Q9NYV4	1490 aa	Predicted RBP	31.65	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	QTRT2	Q9H974	415 aa	Known RBP	31.65	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	31.65	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	DLC1	Q96QB1	1528 aa		31.64	■■■□□ 2.66
USP40-215	ENST00000484528	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		31.63	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	RGS12	O14924	1447 aa		31.61	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	HRC	P23327	699 aa		31.61	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	POGK	Q9P215	609 aa		31.6	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	RBM6	P78332	1123 aa	Known RBP	31.59	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	USP21	Q9UK80	565 aa		31.58	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		31.58	■■■□□ 2.65
USP40-215	ENST00000484528	USP32	Q8NFA0	1604 aa		31.57	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	UPF1	Q92900	1129 aa	Known RBP eCLIP	31.57	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	ADGRB2	O60241	1585 aa		31.56	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		31.56	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		31.54	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		31.53	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	31.52	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	31.52	■■■□□ 2.64
USP40-215	ENST00000484528	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	31.5	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	ARHGEF28	Q8N1W1	1705 aa	Known RBP	31.49	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	31.49	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	ATRN	O75882	1429 aa		31.49	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		31.49	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		31.48	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	PLEKHG5	O94827	1062 aa		31.47	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		31.47	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		31.46	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	ABCA3	Q99758	1704 aa		31.46	■■■□□ 2.63
USP40-215	ENST00000484528	STAC3	Q96MF2	364 aa		31.44	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	PSME1	Q06323	249 aa		31.43	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		31.43	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	31.43	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		31.42	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		31.42	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		31.41	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	31.4	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	31.4	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	SBNO1	A3KN83	1393 aa		31.4	■■■□□ 2.62
USP40-215	ENST00000484528	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	31.37	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	31.37	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	SLIT2	O94813	1529 aa		31.37	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		31.37	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		31.37	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	ARHGEF10	O15013	1369 aa		31.35	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	ITSN1	Q15811	1721 aa		31.35	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	ALS2	Q96Q42	1657 aa		31.34	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	GLI3	P10071	1580 aa		31.33	■■■□□ 2.61
USP40-215	ENST00000484528	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		31.32	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		31.32	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	31.31	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		31.3	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		31.3	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		31.29	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	ATP7B	P35670	1465 aa		31.29	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	31.27	■■■□□ 2.6
USP40-215	ENST00000484528	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		31.26	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		31.25	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		31.24	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	TOPAZ1	Q8N9V7	1692 aa		31.23	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	NUDT16	Q96DE0	195 aa	Known RBP	31.23	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	EP400	Q96L91	3159 aa		31.22	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	PAK3	O75914	559 aa	Predicted RBP	31.21	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	CDK19	Q9BWU1	502 aa		31.21	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	NRAP	Q86VF7	1730 aa		31.21	■■■□□ 2.59
USP40-215	ENST00000484528	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	31.19	■■■□□ 2.58
USP40-215	ENST00000484528	FAM83G	A6ND36	823 aa		31.18	■■■□□ 2.58

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