RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		33.86	■■■■□ 3.01
USP4-208	ENST00000464168	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		33.85	■■■■□ 3.01
USP4-208	ENST00000464168	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		33.82	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	STK26	Q9P289	416 aa		33.82	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	RGS12	O14924	1447 aa		33.81	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		33.81	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		33.8	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	CDC42BPG	Q6DT37	1551 aa		33.79	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	33.78	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	TECPR2	O15040	1411 aa		33.78	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		33.78	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		33.77	■■■■□ 3
USP4-208	ENST00000464168	FNBP4	Q8N3X1	1017 aa	Predicted RBP	33.76	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	USP21	Q9UK80	565 aa		33.76	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	ABCC11	Q96J66	1382 aa		33.75	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	FOXO3	O43524	673 aa		33.75	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	PXDN	Q92626	1479 aa		33.73	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	33.72	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		33.72	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	33.71	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	PIK3C2G	O75747	1445 aa		33.71	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	NUTM2F	A1L443	756 aa		33.71	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	MYOM2	P54296	1465 aa		33.7	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	TRPC5	Q9UL62	973 aa	Predicted RBP	33.7	■■■□□ 2.99
USP4-208	ENST00000464168	IFT172	Q9UG01	1749 aa		33.7	■■■□□ 2.98
USP4-208	ENST00000464168	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	33.65	■■■□□ 2.98
USP4-208	ENST00000464168	ATRN	O75882	1429 aa		33.64	■■■□□ 2.98
USP4-208	ENST00000464168	SIRT1	Q96EB6	747 aa		33.63	■■■□□ 2.97
USP4-208	ENST00000464168	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	33.63	■■■□□ 2.97
USP4-208	ENST00000464168	KNDC1	Q76NI1	1749 aa		33.61	■■■□□ 2.97
USP4-208	ENST00000464168	BCL9L	Q86UU0	1499 aa		33.6	■■■□□ 2.97
USP4-208	ENST00000464168	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	33.59	■■■□□ 2.97
USP4-208	ENST00000464168	ATAD2	Q6PL18	1390 aa		33.58	■■■□□ 2.97
USP4-208	ENST00000464168	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		33.57	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	SPATA31A3	Q5VYP0	1347 aa		33.56	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		33.55	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		33.53	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	33.52	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	SRCAP	Q6ZRS2	3230 aa		33.52	■■■□□ 2.96
USP4-208	ENST00000464168	GJD4	Q96KN9	370 aa	Predicted RBP	33.5	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	EP400	Q96L91	3159 aa		33.5	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		33.49	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	33.48	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	PRAM1	Q96QH2	718 aa		33.48	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	KIF1A	Q12756	1690 aa		33.48	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	33.46	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	UNC5CL	Q8IV45	518 aa		33.46	■■■□□ 2.95
USP4-208	ENST00000464168	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		33.44	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	SLIT2	O94813	1529 aa		33.43	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	PSME1	Q06323	249 aa		33.43	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		33.4	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		33.39	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	POGK	Q9P215	609 aa		33.39	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	33.39	■■■□□ 2.94
USP4-208	ENST00000464168	SBNO1	A3KN83	1393 aa		33.37	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		33.37	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	33.36	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	CCDC125	Q86Z20	511 aa		33.36	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	DLC1	Q96QB1	1528 aa		33.36	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	USP32	Q8NFA0	1604 aa		33.35	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	GLI3	P10071	1580 aa		33.34	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	PLEKHG5	O94827	1062 aa		33.33	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	PMFBP1	Q8TBY8	1022 aa		33.33	■■■□□ 2.93
USP4-208	ENST00000464168	ADGRB1	O14514	1584 aa		33.32	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		33.32	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	ANKAR	Q7Z5J8	1434 aa		33.32	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		33.32	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	ARHGEF10	O15013	1369 aa		33.31	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		33.3	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	VPS72	Q15906	364 aa		33.29	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	33.29	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		33.28	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		33.27	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	ADGRB2	O60241	1585 aa		33.26	■■■□□ 2.92
USP4-208	ENST00000464168	FAM83G	A6ND36	823 aa		33.25	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	SEPT12	Q8IYM1	358 aa		33.25	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	33.25	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	PRR36	Q9H6K5	1346 aa		33.24	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	ONECUT3	O60422	494 aa	Predicted RBP	33.23	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	STAC3	Q96MF2	364 aa		33.21	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	CCDC9	Q9Y3X0	531 aa	Known RBP	33.2	■■■□□ 2.91
USP4-208	ENST00000464168	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	33.19	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	ABCA3	Q99758	1704 aa		33.19	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	33.18	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		33.18	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	PLCH1	Q4KWH8	1693 aa		33.17	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	NWD2	Q9ULI1	1742 aa		33.17	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	HRC	P23327	699 aa		33.17	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	BRWD3	Q6RI45	1802 aa		33.16	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	TULP4	Q9NRJ4	1543 aa		33.15	■■■□□ 2.9
USP4-208	ENST00000464168	KRT27	Q7Z3Y8	459 aa		33.12	■■■□□ 2.89
USP4-208	ENST00000464168	DEFB132	Q7Z7B7	95 aa		33.12	■■■□□ 2.89
USP4-208	ENST00000464168	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	33.12	■■■□□ 2.89
USP4-208	ENST00000464168	BTG4	Q9NY30	223 aa		33.12	■■■□□ 2.89
USP4-208	ENST00000464168	ALS2	Q96Q42	1657 aa		33.1	■■■□□ 2.89
USP4-208	ENST00000464168	SF3B2	Q13435	895 aa	Known RBP	33.07	■■■□□ 2.88

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