RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428064.5

LIMS1-208, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, humanhuman

TSL 2

Gene LIMS1, Length 637 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1-208ENST00000428064 SOS2Q07890 1332 aaPredicted RBP31.13■■■□□ 2.57
LIMS1-208ENST00000428064 ORAI2Q96SN7 254 aa31.11■■■□□ 2.57
LIMS1-208ENST00000428064 NUTM2BA6NNL0 878 aaPredicted RBP31.1■■■□□ 2.57
LIMS1-208ENST00000428064 NUTM2EB1AL46 878 aaPredicted RBP31.1■■■□□ 2.57
LIMS1-208ENST00000428064 NUTM2AQ8IVF1 878 aaPredicted RBP31.1■■■□□ 2.57
LIMS1-208ENST00000428064 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP31.08■■■□□ 2.57
LIMS1-208ENST00000428064 COL22A1Q8NFW1 1626 aaPredicted RBP31.07■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 CDK12Q9NYV4 1490 aaPredicted RBP31.06■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 SIRT1Q96EB6 747 aa31.04■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP31.04■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 FMN2Q9NZ56 1722 aa31.04■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 AFF2P51816 1311 aa31.03■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 TMEM132EQ6IEE7 984 aa31.03■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 STK26Q9P289 416 aa31.03■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 WAPLQ7Z5K2 1190 aa31.02■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 PXDNQ92626 1479 aa31.01■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 NPHP3Q7Z494 1330 aa31.01■■■□□ 2.56
LIMS1-208ENST00000428064 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa31.01■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 RXRBP28702 533 aa30.99■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 KIF1AQ12756 1690 aa30.98■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 HRCP23327 699 aa30.98■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 ESCO1Q5FWF5 840 aa30.98■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP30.97■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 C8orf37Q96NL8 207 aa30.96■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 DLC1Q96QB1 1528 aa30.95■■■□□ 2.55
LIMS1-208ENST00000428064 CFAP70Q5T0N1 1121 aa30.93■■■□□ 2.54
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRB1O14514 1584 aa30.91■■■□□ 2.54
LIMS1-208ENST00000428064 ADAMTS2O95450 1211 aa30.89■■■□□ 2.54
LIMS1-208ENST00000428064 MARF1Q9Y4F3 1742 aaKnown RBP30.88■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 FOXO3O43524 673 aa30.88■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 ADGRB2O60241 1585 aa30.88■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 NGLY1Q96IV0 654 aa30.87■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 RBM6P78332 1123 aaKnown RBP30.86■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 STAC3Q96MF2 364 aa30.86■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 QTRT2Q9H974 415 aaKnown RBP30.86■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 RGS12O14924 1447 aa30.85■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 NUTM2FA1L443 756 aa30.85■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 FNBP4Q8N3X1 1017 aaPredicted RBP30.84■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 RGPD8O14715 1765 aaPredicted RBP30.83■■■□□ 2.53
LIMS1-208ENST00000428064 UPF1Q92900 1129 aaKnown RBP eCLIP30.82■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 PRAM1Q96QH2 718 aa30.82■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 XPCQ01831 940 aaPredicted RBP30.8■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 USP21Q9UK80 565 aa30.8■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 ANKARQ7Z5J8 1434 aa30.8■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 SPATA31A3Q5VYP0 1347 aa30.78■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 USP32Q8NFA0 1604 aa30.78■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 ATRNO75882 1429 aa30.77■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 TRPC5Q9UL62 973 aaPredicted RBP30.77■■■□□ 2.52
LIMS1-208ENST00000428064 DCAF11Q8TEB1 546 aa30.76■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 PHF8Q9UPP1 1060 aa30.75■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 TNKS1BP1Q9C0C2 1729 aaKnown RBP30.75■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 POGKQ9P215 609 aa30.74■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 BCL9LQ86UU0 1499 aa30.74■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 TNS3Q68CZ2 1445 aa30.73■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 KRT28Q7Z3Y7 464 aa30.73■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP30.72■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 SBNO1A3KN83 1393 aa30.71■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 EIF3AQ14152 1382 aaKnown RBP30.71■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa30.7■■■□□ 2.51
LIMS1-208ENST00000428064 PSME1Q06323 249 aa30.69■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 TRAK1Q9UPV9 953 aa30.69■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF28Q8N1W1 1705 aaKnown RBP30.69■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 TULP4Q9NRJ4 1543 aa30.68■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 SLIT2O94813 1529 aa30.68■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 ABCA3Q99758 1704 aa30.67■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 KIAA1210Q9ULL0 1709 aa30.66■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 ARHGEF10O15013 1369 aa30.65■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 TRPM3Q9HCF6 1732 aaPredicted RBP30.64■■■□□ 2.5
LIMS1-208ENST00000428064 ATAD2Q6PL18 1390 aa30.62■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 NWD2Q9ULI1 1742 aa30.59■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 MINK1Q8N4C8 1332 aaPredicted RBP30.59■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 WASLO00401 505 aaPredicted RBP30.59■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP30.59■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 ITSN1Q15811 1721 aa30.59■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 ALS2Q96Q42 1657 aa30.58■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 PRR36Q9H6K5 1346 aa30.58■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 UNC5CLQ8IV45 518 aa30.58■■■□□ 2.49
LIMS1-208ENST00000428064 PMFBP1Q8TBY8 1022 aa30.57■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 GJD4Q96KN9 370 aaPredicted RBP30.57■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 PLCH1Q4KWH8 1693 aa30.57■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 GLI3P10071 1580 aa30.56■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 EP400Q96L91 3159 aa30.54■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 ATP7BP35670 1465 aa30.54■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 GPRASP1Q5JY77 1395 aa30.54■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 RALGAPBQ86X10 1494 aa30.53■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 HAP1P54257 671 aaPredicted RBP30.53■■■□□ 2.48
LIMS1-208ENST00000428064 CABLES1Q8TDN4 633 aa30.5■■■□□ 2.47
LIMS1-208ENST00000428064 LMOD2Q6P5Q4 547 aa30.49■■■□□ 2.47
LIMS1-208ENST00000428064 CRYBG1Q9Y4K1 1723 aa30.49■■■□□ 2.47
LIMS1-208ENST00000428064 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa30.48■■■□□ 2.47
LIMS1-208ENST00000428064 NRAPQ86VF7 1730 aa30.45■■■□□ 2.47
LIMS1-208ENST00000428064 VPS72Q15906 364 aa30.45■■■□□ 2.47
LIMS1-208ENST00000428064 COL14A1Q05707 1796 aaKnown RBP30.43■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 NGDNQ8NEJ9 315 aaKnown RBP30.43■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 NUDT16Q96DE0 195 aaKnown RBP30.42■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 CCDC125Q86Z20 511 aa30.41■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 POLR3AO14802 1390 aaPredicted RBP30.4■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 BRWD3Q6RI45 1802 aa30.39■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 FAM83GA6ND36 823 aa30.39■■■□□ 2.46
LIMS1-208ENST00000428064 CDK19Q9BWU1 502 aa30.38■■■□□ 2.45
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