RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	NAA15	Q9BXJ9	866 aa	Known RBP	27.57	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	RHOBTB2	Q9BYZ6	727 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	IRF2BPL	Q9H1B7	796 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	KIAA1257	Q9ULG3	409 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PCDHB4	Q9Y5E5	795 aa		27.57	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	WDR27	A2RRH5	827 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PAEP	P09466	180 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ATF2	P15336	505 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ACAT1	P24752	427 aa	Known RBP	27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	NUBP1	P53384	320 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ARPP19	P56211	112 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SLC39A12	Q504Y0	691 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	FIGN	Q5HY92	759 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	IQCE	Q6IPM2	695 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	FMNL3	Q8IVF7	1028 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SLC7A14	Q8TBB6	771 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	MYCBPAP	Q8TBZ2	947 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	WHAMM	Q8TF30	809 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SHC3	Q92529	594 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	KAT5	Q92993	513 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	FUBP3	Q96I24	572 aa	Known RBP eCLIP	27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PKMYT1	Q99640	499 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	EDEM3	Q9BZQ6	932 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	TRIM5	Q9C035	493 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	KCNK12	Q9HB15	430 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	CACNA1H	O95180	2353 aa		27.56	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	NARS	O43776	548 aa	Known RBP	27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	NOL4	O94818	638 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ELF1	P32519	619 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PBX1	P40424	430 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	KLK7	P49862	253 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	LIN9	Q5TKA1	542 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	GJB7	Q6PEY0	223 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	TMEM270	Q6UE05	265 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	GRASP	Q7Z6J2	395 aa	Predicted RBP	27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SPPL2B	Q8TCT7	592 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ABCB6	Q9NP58	842 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	CEP72	Q9P209	647 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	FHOD1	Q9Y613	1164 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ITIH6	Q6UXX5	1313 aa		27.55	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	POLR2F	P61218	127 aa	Known RBP	27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	APBA1	Q02410	837 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	RAPGEF1	Q13905	1077 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ARHGAP44	Q17R89	818 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PPM1L	Q5SGD2	360 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	CYP26C1	Q6V0L0	522 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	TMEM209	Q96SK2	561 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ELOVL4	Q9GZR5	314 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	HCFC1R1	Q9NWW0	138 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	GTF3C4	Q9UKN8	822 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	NME7	Q9Y5B8	376 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PCDHB5	Q9Y5E4	795 aa		27.54	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	UCHL5	Q9Y5K5	329 aa	Known RBP eCLIP	27.54	■■■□□ 2	4e-11	■■□□□ 14.2
NME3-208	ENST00000565379	ATP8B3	O60423	1300 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	OR4Q2	P0C623	313 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	RAD23B	P54727	409 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	CFAP221	Q4G0U5	840 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	CACNA2D4	Q7Z3S7	1137 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ACOT1	Q86TX2	421 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	LRRTM3	Q86VH5	581 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SPATA2L	Q8IUW3	424 aa	Predicted RBP	27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	TCEAL8	Q8IYN2	117 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	HEXIM2	Q96MH2	286 aa	Known RBP	27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SPAG5	Q96R06	1193 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	DPEP3	Q9H4B8	488 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	HMGXB4	Q9UGU5	601 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	MYO6	Q9UM54	1294 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	NOTCH4	Q99466	2003 aa		27.53	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	MYBPHL	A2RUH7	354 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	MTMR11	A4FU01	709 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	HCRT	O43612	131 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	KRT5	P13647	590 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	BPIFB4	P59827	614 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	PSMC1	P62191	440 aa	Known RBP	27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	DRAP1	Q14919	205 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	ZNF394	Q53GI3	561 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	RNF19B	Q6ZMZ0	732 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	SLC4A11	Q8NBS3	891 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	RBBP8NL	Q8NC74	664 aa	Predicted RBP	27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	TWNK	Q96RR1	684 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	EPS15L1	Q9UBC2	864 aa		27.52	■■■□□ 2
NME3-208	ENST00000565379	VDR	P11473	427 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	TUFM	P49411	452 aa	Known RBP	27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	ZNF132	P52740	706 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	ADCY1	Q08828	1119 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	TDG	Q13569	410 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	TRIM14	Q14142	442 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	MDH1B	Q5I0G3	518 aa		27.51	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379		A0A1W2PQJ5	194 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379		F8VZ95	297 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	EPHB6	O15197	1021 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	ATP2C2	O75185	946 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	FSHR	P23945	695 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	STAT1	P42224	750 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	STIL	Q15468	1287 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	SPECC1L	Q69YQ0	1117 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	FAM71A	Q8IYT1	594 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	ITFG1	Q8TB96	612 aa		27.5	■■□□□ 1.99
NME3-208	ENST00000565379	MYLPF	Q96A32	169 aa		27.5	■■□□□ 1.99

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