RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601816.3

PNKP-216, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 682 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-216	ENST00000601816	KIF20A	O95235	890 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	PRAMEF12	O95522	483 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	F11	P03951	625 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	NR3C1	P04150	777 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	PDGFRB	P09619	1106 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	DDX6	P26196	483 aa	Known RBP eCLIP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	ATIC	P31939	592 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	AP3M2	P53677	418 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MYL6	P60660	151 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	DPYD	Q12882	1025 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	BIRC3	Q13489	604 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	WDR72	Q3MJ13	1102 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	TMEM150A	Q86TG1	271 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CSGALNACT1	Q8TDX6	532 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	PARD3B	Q8TEW8	1205 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MYLPF	Q96A32	169 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	SYAP1	Q96A49	352 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MRPL45	Q9BRJ2	306 aa	Known RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	SLC46A2	Q9BY10	475 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CRTAC1	Q9NQ79	661 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	SPATA6	Q9NWH7	488 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MAGEC2	Q9UBF1	373 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	NUP210	Q8TEM1	1887 aa	Predicted RBP	27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	COL4A2	P08572	1712 aa		27.86	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	SHISA7	A6NL88	538 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	SLC38A8	A6NNN8	435 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	LRRIQ3	A6PVS8	624 aa	Predicted RBP	27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	TACC1	O75410	805 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	NOL4	O94818	638 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	RHOBTB3	O94955	611 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	FAM163B	P0C2L3	166 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MAGEA11	P43364	429 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	ARHGAP29	Q52LW3	1261 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MRPS31	Q92665	395 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CLDN23	Q96B33	292 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	LRRC3B	Q96PB8	259 aa		27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	NDRG2	Q9UN36	371 aa	Known RBP	27.85	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	TICRR	Q7Z2Z1	1910 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF202	O95125	648 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	GNL1	P36915	607 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	TDRD10	Q5VZ19	366 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CMTM8	Q8IZV2	173 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	OR6B3	Q8NGW1	331 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	BPIFB1	Q8TDL5	484 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	FAM3C	Q92520	227 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	NKD2	Q969F2	451 aa	Predicted RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	TRMT2B	Q96GJ1	504 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	SMG9	Q9H0W8	520 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	XYLT2	Q9H1B5	865 aa		27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	NXF1	Q9UBU9	619 aa	Known RBP	27.84	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CLSTN1	O94985	981 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	AVPR1A	P37288	418 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	RPS9	P46781	194 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CLDN10	P78369	228 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CYP27A1	Q02318	531 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CEP135	Q66GS9	1140 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	VSTM1	Q6UX27	236 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	ASCL5	Q7RTU5	278 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CELF5	Q8N6W0	485 aa	Known RBP	27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MAB21L3	Q8N8X9	362 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MSANTD3	Q96H12	275 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	CCDC34	Q96HJ3	373 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	MYRFL	Q96LU7	910 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	FRMD4B	Q9Y2L6	1034 aa		27.83	■■■□□ 2.05
PNKP-216	ENST00000601816	PRR23A	A6NEV1	266 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	SOBP	A7XYQ1	873 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	LAMTOR5	O43504	91 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	SP9	P0CG40	484 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	BDNF	P23560	247 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	KPNA1	P52294	538 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	MLLT6	P55198	1093 aa	Predicted RBP	27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	NUCB2	P80303	420 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	NCOA4	Q13772	614 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF699	Q32M78	642 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	MYCBPAP	Q8TBZ2	947 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	PCED1B	Q96HM7	432 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	ZFYVE19	Q96K21	471 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	VRTN	Q9H8Y1	702 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	THG1L	Q9NWX6	298 aa	Known RBP	27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	TRAF3IP3	Q9Y228	551 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	NME7	Q9Y5B8	376 aa		27.82	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	C4BPA	P04003	597 aa	Known RBP	27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	PLCB2	Q00722	1185 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	KCNB1	Q14721	858 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	MDH1B	Q5I0G3	518 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	TXNDC8	Q6A555	127 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	MON1A	Q86VX9	555 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	TMC2	Q8TDI7	906 aa		27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	C8orf33	Q9H7E9	229 aa	Predicted RBP	27.81	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	TADA3	O75528	432 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	CCNE1	P24864	410 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	GRIK1	P39086	918 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	DLG4	P78352	724 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	FZD5	Q13467	585 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF667	Q5HYK9	610 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	C1orf228	Q6PIY5	440 aa		27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	MAML2	Q8IZL2	1156 aa	Predicted RBP	27.8	■■■□□ 2.04
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF687	Q8N1G0	1237 aa		27.8	■■■□□ 2.04

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