RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000574099.1

CCDC40-211, Transcript of coiled-coil domain containing 40, humanhuman

TSL 4

Gene CCDC40, Length 537 nt, Biotype protein coding.

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40-211ENST00000574099 CKMP06732 381 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CSH1P0DML2 217 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CSH2P0DML3 217 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CEACAM1P13688 526 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 DHPSP49366 369 aaPredicted RBP18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 HMGN5P82970 282 aaKnown RBP18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 FAM160A1Q05DH4 1040 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 USP4Q13107 963 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 DDR2Q16832 855 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 USP39Q53GS9 565 aaKnown RBP18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 MYCT1Q8N699 235 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ZCCHC14Q8WYQ9 949 aaKnown RBP18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 PIGKQ92643 395 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ATP2A3Q93084 1043 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CYP2S1Q96SQ9 504 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CIZ1Q9ULV3 898 aaPredicted RBP18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 DERAQ9Y315 318 aa18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 HELZP42694 1942 aaKnown RBP18.89■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ANAPC1Q9H1A4 1944 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ZFYVE26Q68DK2 2539 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 VWA3AA6NCI4 1184 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 FAM13AO94988 1023 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CSRP1P21291 193 aaKnown RBP18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 IRX4P78413 519 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TSPY1Q01534 308 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ACAP1Q15027 740 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 EML3Q32P44 896 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TMEM119Q4V9L6 283 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 C2orf27AQ580R0 203 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 GPBP1Q86WP2 473 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ZHX3Q9H4I2 956 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ODF2LQ9ULJ1 636 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 PTPRDP23468 1912 aa18.88■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TRAV19A0A0A6YYK7 116 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TMEM8BA6NDV4 472 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 KPNA7A9QM74 516 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ANKRD63C9JTQ0 380 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ACAT1P24752 427 aaKnown RBP18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CCDC142Q17RM4 750 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 SV2CQ496J9 727 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ADALQ6DHV7 355 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ARMCX6Q7L4S7 300 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 C11orf74Q86VG3 221 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 EFCAB13Q8IY85 973 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CCDC33Q8N5R6 958 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 MDGA1Q8NFP4 955 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ASB7Q9H672 318 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 C2CD2Q9Y426 696 aa18.87■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TNRC6BQ9UPQ9 1833 aaKnown RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 HYAL3O43820 417 aaPredicted RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TRAK2O60296 914 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 USP17L7P0C7H9 530 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CYP2F1P24903 491 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 MAPK8P45983 427 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ATP2C1P98194 919 aaPredicted RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ZC2HC1CQ53FD0 456 aaPredicted RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ARL14EPQ8N8R7 260 aaPredicted RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 SH3RF2Q8TEC5 729 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 USP33Q8TEY7 942 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 LRRC15Q8TF66 581 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 KCNN1Q92952 543 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CNOT6LQ96LI5 555 aaKnown RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 CCSER1Q9C0I3 900 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 IKZF4Q9H2S9 585 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TMEM206Q9H813 350 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 PARVGQ9HBI0 331 aa18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 UXTQ9UBK9 157 aaPredicted RBP18.86■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ASCC3Q8N3C0 2202 aaKnown RBP18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ATXN2Q99700 1313 aaKnown RBP18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 C2orf78A6NCI8 922 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 SOBPA7XYQ1 873 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 NOL4O94818 638 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 RING1Q06587 406 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 NR1H3Q13133 447 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 NFE2Q16621 373 aaPredicted RBP18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TRIM61Q5EBN2 209 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 MCTP1Q6DN14 999 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 RASSF3Q86WH2 238 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 PDCL2Q8N4E4 241 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 RLN3Q8WXF3 142 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF560Q96MR9 790 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 LINC00597Q9H2U6 94 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 DDX43Q9NXZ2 648 aaKnown RBP18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 AGO2Q9UKV8 859 aaKnown RBP18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 LHX6Q9UPM6 363 aa18.85■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 K7EQS6 105 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 KRT18P05783 430 aaKnown RBP18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 OPRD1P41143 372 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ZNF131P52739 623 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 RPL10AP62906 217 aaKnown RBP18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 KCNB1Q14721 858 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 SCN4BQ8IWT1 228 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 KCTD17Q8N5Z5 321 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 LEO1Q8WVC0 666 aaPredicted RBP18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 TRMT2BQ96GJ1 504 aaKnown RBP18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 MMP17Q9ULZ9 603 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 L1RE1Q9UN81 338 aa18.84■□□□□ 0.61
CCDC40-211ENST00000574099 ADAMTS9Q9P2N4 1935 aa18.83■□□□□ 0.6
CCDC40-211ENST00000574099 MSANTD3-TMEFF1A0A0A6YYJ0 341 aa18.83■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.5 ms