RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000569950.1

VPS35-211, Transcript of VPS35, retromer complex component, humanhuman

TSL 5

Gene VPS35, Length 1,096 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35-211ENST00000569950 RPL17P18621 184 aaKnown RBP9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 WARSP23381 471 aaKnown RBP9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PAX3P23760 479 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 GLUD2P49448 558 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 COL19A1Q14993 1142 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 USP41Q3LFD5 358 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ZNF667Q5HYK9 610 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 SLC8B1Q6J4K2 584 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 SARM1Q6SZW1 724 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 LRRTM3Q86VH5 581 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MRPL43Q8N983 215 aaKnown RBP9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MRPL38Q96DV4 380 aaKnown RBP9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 FAM161BQ96MY7 647 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ZSWIM1Q9BR11 485 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TTPALQ9BTX7 342 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 NIF3L1Q9GZT8 377 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 LMAN2LQ9H0V9 348 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CRISPLD1Q9H336 500 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CRTAC1Q9NQ79 661 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TLR9Q9NR96 1032 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TMLHEQ9NVH6 421 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MTMR10Q9NXD2 777 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MAGEC2Q9UBF1 373 aaPredicted RBP9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 FBXL5Q9UKA1 691 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CNTN6Q9UQ52 1028 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MTCH2Q9Y6C9 303 aa9.96□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TEX28O15482 410 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PHACTR2O75167 634 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ATP2C2O75185 946 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CILPO75339 1184 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 FAM163BP0C2L3 166 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 OR4Q2P0C623 313 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ZNF132P52740 706 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 RBM10P98175 930 aaKnown RBP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 GCNT1Q02742 428 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 LRMPQ12912 555 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ELAVL2Q12926 359 aaKnown RBP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MYO1EQ12965 1108 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TRPC3Q13507 836 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CUL2Q13617 745 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 SYCP1Q15431 976 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PSMD5Q16401 504 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 EXOC3L4Q17RC7 722 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 KLHDC7AQ5VTJ3 777 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 IQCEQ6IPM2 695 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 LILRA6Q6PI73 481 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 SCARA5Q6ZMJ2 495 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 GBP6Q6ZN66 633 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 DPH6Q7L8W6 267 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CREBRFQ8IUR6 639 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 OLIG1Q8TAK6 271 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 SLC22A17Q8WUG5 538 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 RIN2Q8WYP3 895 aaPredicted RBP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 FAXDC2Q96IV6 333 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 KLHL5Q96PQ7 755 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TCF25Q9BQ70 676 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 XPO4Q9C0E2 1151 aaKnown RBP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ELOVL4Q9GZR5 314 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 DPEP3Q9H4B8 488 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PLCB1Q9NQ66 1216 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TMEM30AQ9NV96 361 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 IFNKQ9P0W0 207 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 NXF1Q9UBU9 619 aaKnown RBP9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 STXBP5LQ9Y2K9 1186 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 BACE2Q9Y5Z0 518 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 FHOD1Q9Y613 1164 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 OBSL1O75147 1896 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 DENND4CQ5VZ89 1909 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 MYH10P35580 1976 aa9.95□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 DENND4AQ7Z401 1863 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 A0A1W2PQC6 194 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 WDR27A2RRH5 827 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 C2CD2LO14523 706 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TRAPPC3O43617 180 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ABLIM3O94929 683 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CSPG5O95196 566 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PAPLNO95428 1278 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CXCL14O95715 111 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 GLP2RO95838 553 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 CALCAP01258 141 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PNMA6AP0CW24 399 aaPredicted RBP9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ODC1P11926 461 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ACAT1P24752 427 aaKnown RBP9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 JAM2P57087 298 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ROR1Q01973 937 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 KRT17Q04695 432 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ORC1Q13415 861 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ZNF697Q5TEC3 545 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PLPP4Q5VZY2 271 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 E4F1Q66K89 784 aaPredicted RBP9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 OVOS1Q6IE37 1185 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 FAM171BQ6P995 826 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 DSTYKQ6XUX3 929 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 PAQR9Q6ZVX9 377 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 RRAGAQ7L523 313 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 ADGRF2Q8IZF7 708 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 TMEM86AQ8N2M4 240 aa9.94□□□□□ -0.82
VPS35-211ENST00000569950 APPL2Q8NEU8 664 aa9.94□□□□□ -0.82
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.4 ms