RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 FAM189A1O60320 539 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CFHP08603 1231 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 LRPAP1P30533 357 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 HTR4Q13639 388 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ZNF280DQ6N043 979 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SLC39A4Q6P5W5 647 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SIX5Q8N196 739 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TMEM105Q8N8V8 129 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 DDX12PQ92771 950 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 IRF2BPLQ9H1B7 796 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ST6GALNAC4Q9H4F1 302 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 HCFC1R1Q9NWW0 138 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 DNMT3BQ9UBC3 853 aaKnown RBP24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 WNT16Q9UBV4 365 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 PCDHB8Q9UN66 801 aa24.44■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 WDR27A2RRH5 827 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 LRG1P02750 347 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SRFP11831 508 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ATF2P15336 505 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MRE11P49959 708 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 PABPC1LQ4VXU2 614 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TPGS2Q68CL5 300 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SLFN12LQ6IEE8 588 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CCDC73Q6ZRK6 1079 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ZNF720Q7Z2F6 126 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SFR1Q86XK3 245 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CD302Q8IX05 232 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 FGF13Q92913 245 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 PANK2Q9BZ23 570 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CYP4F11Q9HBI6 524 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CPSF3Q9UKF6 684 aaKnown RBP24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 NUMBLQ9Y6R0 609 aa24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MORC2Q9Y6X9 1032 aaPredicted RBP24.43■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ANKRD63C9JTQ0 380 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 GALR2O43603 387 aaPredicted RBP24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ADRB2P07550 413 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ADALQ6DHV7 355 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TCEAL8Q8IYN2 117 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TMEM130Q8N3G9 435 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ST13P5Q8NFI4 369 aaPredicted RBP24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ITFG1Q8TB96 612 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SEL1LQ9UBV2 794 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 KCNH3Q9ULD8 1083 aa24.42■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF37A1IGU5 675 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MYMKA6NI61 221 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 M0QZQ0 153 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 STK25O00506 426 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 NPR3P17342 541 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 GAP43P17677 238 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 PTPN2P17706 415 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 STAT6P42226 847 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 JADE1Q6IE81 842 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 DSTYKQ6XUX3 929 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 BEST2Q8NFU1 509 aa24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MRPL44Q9H9J2 332 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MRPS23Q9Y3D9 190 aaKnown RBP24.41■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 ACOT2P49753 483 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 GUCY2FP51841 1108 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 YWHAHQ04917 246 aaPredicted RBP24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 STK38Q15208 465 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SPATA1Q5VX52 437 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 PARM1Q6UWI2 310 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 MTSS1LQ765P7 747 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 USP37Q86T82 979 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 FGF14Q92915 247 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 SNX21Q969T3 373 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 HVCN1Q96D96 273 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 DNAJC19Q96DA6 116 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 AGO2Q9UKV8 859 aaKnown RBP24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TIMM13Q9Y5L4 95 aaPredicted RBP24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 CACNA1HO95180 2353 aa24.4■■□□□ 1.5
CLN3-232ENST00000568443 TISP43B9A030 160 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 SEC24AO95486 1093 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 RHOP08100 348 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 CPB1P15086 417 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 AOC1P19801 751 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 RFX1P22670 979 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 NASPP49321 788 aaPredicted RBP24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 POSTNQ15063 836 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 CWF19L1Q69YN2 538 aaKnown RBP24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 GPR152Q8TDT2 470 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 ATOH1Q92858 354 aaPredicted RBP24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 RTP3Q9BQQ7 232 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 RPP25Q9BUL9 199 aaKnown RBP24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 OXCT2Q9BYC2 517 aaPredicted RBP24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 TBC1D7Q9P0N9 293 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 AFF4Q9UHB7 1163 aaKnown RBP24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 CA14Q9ULX7 337 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 MAFFQ9ULX9 164 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 EXOC7Q9UPT5 735 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 DERAQ9Y315 318 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 STYXL1Q9Y6J8 313 aa24.39■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 KRBA1A5PL33 1030 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 H0Y858 1186 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 OAZ2O95190 189 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 IDEP14735 1019 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 AARSP49588 968 aaKnown RBP eCLIP24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 ADCY1Q08828 1119 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 TMEM132DQ14C87 1099 aa24.38■■□□□ 1.49
CLN3-232ENST00000568443 NPAS3Q8IXF0 933 aa24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.5 ms