RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	NRDE2	Q9H7Z3	1164 aa		9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DZANK1	Q9NVP4	752 aa		9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DNAJB4	Q9UDY4	337 aa		9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	FBXL21	Q9UKT6	434 aa		9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	INPP5F	Q9Y2H2	1132 aa		9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	PDCD11	Q14690	1871 aa	Known RBP	9.67	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	VWA8	A3KMH1	1905 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DNAH14	Q0VDD8	3507 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	MEIS3P2	A8K0S8	358 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	NARS	O43776	548 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	EDIL3	O43854	480 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ZNF862	O60290	1169 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	YEATS4	O95619	227 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	P4HB	P07237	508 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	MYB	P10242	640 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CTSA	P10619	480 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DARS	P14868	501 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	NPR3	P17342	541 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	LONP1	P36776	959 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	RNASEL	Q05823	741 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	PPP2R5C	Q13362	524 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DRP2	Q13474	957 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ANGPT1	Q15389	498 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	UGCG	Q16739	394 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	LCE2C	Q5TA81	110 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TPH2	Q8IWU9	490 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	SIX5	Q8N196	739 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	HAS1	Q92839	578 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	IRF7	Q92985	503 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	GJA10	Q969M2	543 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CALML4	Q96GE6	196 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	IGSF21	Q96ID5	467 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	FAM167A	Q96KS9	214 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	AK8	Q96MA6	479 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	USP28	Q96RU2	1077 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	SH2D3A	Q9BRG2	576 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DACT1	Q9NYF0	836 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CCDC39	Q9UFE4	941 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	UST	Q9Y2C2	406 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ZDHHC9	Q9Y397	364 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	SRPRB	Q9Y5M8	271 aa	Known RBP	9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	NOTCH4	Q99466	2003 aa		9.66	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WZ62	844 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TMEM150B	A6NC51	233 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	WIPF1	O43516	503 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	PPP6R2	O75170	966 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	GALT	P07902	379 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	AOC1	P19801	751 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	KLRC2	P26717	231 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CCT6A	P40227	531 aa	Known RBP	9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	PHKA2	P46019	1235 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	QARS	P47897	775 aa	Known RBP	9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	NASP	P49321	788 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	PSMC5	P62195	406 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	PRKCE	Q02156	737 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D8B	Q0IIM8	1120 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TDG	Q13569	410 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	MTERF2	Q49AM1	385 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CCDC149	Q6ZUS6	474 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ERMP1	Q7Z2K6	904 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CYP2U1	Q7Z449	544 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	GPR149	Q86SP6	731 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DTWD2	Q8NBA8	298 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	LINC00301	Q8NCQ3	95 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	FDXACB1	Q9BRP7	624 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	VN1R3	Q9BXE9	311 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	GCOM2	Q9BZD3	368 aa	Predicted RBP	9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	KCNK12	Q9HB15	430 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	FAM13B	Q9NYF5	915 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	RCOR1	Q9UKL0	485 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	DUSP12	Q9UNI6	340 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CACNA1A	O00555	2505 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	CEP250	Q9BV73	2442 aa		9.65	□□□□□ -0.86
USP4-213	ENST00000488520	COL4A3	Q01955	1670 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	OTOGL	Q3ZCN5	2332 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	C2CD2L	O14523	706 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	B4GALT3	O60512	393 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	CUTA	O60888	179 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	OFD1	O75665	1012 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	RFX1	P22670	979 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	DDIT3	P35638	169 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SOX11	P35716	441 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SCTR	P47872	440 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	SLC11A1	P49279	550 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	POLG	P54098	1239 aa	Predicted RBP	9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	GIT2	Q14161	759 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	PTPN14	Q15678	1187 aa		9.64	□□□□□ -0.87
USP4-213	ENST00000488520	NOMO2	Q5JPE7	1267 aa		9.64	□□□□□ -0.87

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