RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601592.5

USE1-209, Transcript of unconventional SNARE in the ER 1, human

TSL 3

Gene USE1, Length 575 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USE1-209	ENST00000601592	PIGR	P01833	764 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SLFN14	P0C7P3	912 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CXCL8	P10145	99 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	GTF2F1	P35269	517 aa	Known RBP eCLIP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	KCNA1	Q09470	495 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CUL4B	Q13620	913 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	ALCAM	Q13740	583 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SMC1A	Q14683	1233 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	FAM26F	Q5R3K3	315 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SLC39A4	Q6P5W5	647 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	DDX53	Q86TM3	631 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	HASPIN	Q8TF76	798 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	AUTS2	Q8WXX7	1259 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	POMGNT1	Q8WZA1	660 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	KCNN1	Q92952	543 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	FAM212A	Q96EL1	285 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PAGE5	Q96GU1	130 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SNX27	Q96L92	541 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	COLEC11	Q9BWP8	271 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	FGFBP2	Q9BYJ0	223 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	HAPLN2	Q9GZV7	340 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	IKZF4	Q9H2S9	585 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	UBE2Z	Q9H832	354 aa	Predicted RBP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	NGRN	Q9NPE2	291 aa	Known RBP	13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	MARCH5	Q9NX47	278 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	USP25	Q9UHP3	1055 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	COG5	Q9UP83	839 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	HPSE	Q9Y251	543 aa		13.98	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	HIDE1	A8MVS5	230 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	FSCN2	O14926	492 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PER2	O15055	1255 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	OGT	O15294	1046 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	TADA2A	O75478	443 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PPP1R37	O75864	691 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CXCL14	O95715	111 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	KCNA5	P22460	613 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	TNFSF9	P41273	254 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	NDUFV1	P49821	464 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	HSP90AA2P	Q14568	343 aa	Predicted RBP	13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	ZBTB41	Q5SVQ8	909 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	UNC13D	Q70J99	1090 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	GLIS3	Q8NEA6	775 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	NOC3L	Q8WTT2	800 aa	Known RBP	13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PAAF1	Q9BRP4	392 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	ZBP1	Q9H171	429 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	GOLGA2P5	Q9HBQ8	144 aa		13.97	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	VWA8	A3KMH1	1905 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592		A0A0B4J269	797 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SMIM28	A0A1B0GU29	152 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	C2CD2L	O14523	706 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	LINC01565	O15544	149 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	UROD	P06132	367 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CLTA	P09496	248 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CTSA	P10619	480 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	ACOT2	P49753	483 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	MRPS5	P82675	430 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PPP2R3A	Q06190	1150 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SPAG1	Q07617	926 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	KYAT1	Q16773	422 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	AAK1	Q2M2I8	961 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SLC10A6	Q3KNW5	377 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SLFN12L	Q6IEE8	588 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CNNM4	Q6P4Q7	775 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	PPP1R10	Q96QC0	940 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	STRA6	Q9BX79	667 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	VN1R3	Q9BXE9	311 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	RPF1	Q9H9Y2	349 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	EXOC1	Q9NV70	894 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	SLC38A7	Q9NVC3	462 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	CHMP5	Q9NZZ3	219 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	ADAM28	Q9UKQ2	775 aa		13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	AGO2	Q9UKV8	859 aa	Known RBP	13.96	□□□□□ -0.17
USE1-209	ENST00000601592	UNC80	Q8N2C7	3258 aa		13.96	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	PLXNA3	P51805	1871 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	C2orf71	A6NGG8	1288 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592		H3BQ06	376 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	NCK2	O43639	380 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	KIF4A	O95239	1232 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	CLUL1	Q15846	466 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	DUSP6	Q16828	381 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	KIAA1841	Q6NSI8	718 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	LLGL2	Q6P1M3	1020 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	FUT10	Q6P4F1	479 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	C18orf25	Q96B23	403 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	KIF12	Q96FN5	646 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	ZMAT2	Q96NC0	199 aa	Known RBP	13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	HERC2P3	Q9BVR0	1158 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	TMEM206	Q9H813	350 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	SLC39A2	Q9NP94	309 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	CNTN3	Q9P232	1028 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	STK39	Q9UEW8	545 aa		13.95	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	SF3B1	O75533	1304 aa	Known RBP eCLIP	13.94	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	FAM237A	A0A1B0GTK4	181 aa		13.94	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	PVALEF	A0A1B0GWK0	134 aa		13.94	□□□□□ -0.18
USE1-209	ENST00000601592	B3GAT3	O94766	335 aa		13.94	□□□□□ -0.18

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