RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	NCLN	Q969V3	563 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	PHF20	Q9BVI0	1012 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC7A5P2	Q9GIP4	190 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC38A7	Q9NVC3	462 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	PNPLA6	Q8IY17	1366 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	GPS1	Q13098	491 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	SNX17	Q15036	470 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	STIL	Q15468	1287 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR75	Q8IWA0	830 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	TSR3	Q9UJK0	312 aa	Known RBP	13.9	□□□□□ -0.18
PTPRF-215	ENST00000496447	GTF2A2	P52657	109 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	SPARCL1	Q14515	664 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	RAPGEF5	Q92565	580 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	OSBPL9	Q96SU4	736 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	SEPT5	Q99719	369 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	MOV10L1	Q9BXT6	1211 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ERAP1	Q9NZ08	941 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PLAA	Q9Y263	795 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ANP32D	O95626	131 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CD4	P01730	458 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ESRRA	P11474	423 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PTK2B	Q14289	1009 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TSGA10IP	Q3SY00	556 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	RNF180	Q86T96	592 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PPM1N	Q8N819	430 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ATG4C	Q96DT6	458 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM54	Q9BYV2	358 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	WDR3	Q9UNX4	943 aa	Known RBP eCLIP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	RASA4B	C9J798	803 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	RASA4	O43374	803 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNB1	Q14721	858 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	LBR	Q14739	615 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	EFHB	Q8N7U6	833 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	AGPAT1	Q99943	283 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	EXOSC10	Q01780	885 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBTB41	Q5SVQ8	909 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	THEMIS2	Q5TEJ8	643 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC30A9	Q6PML9	568 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PID1	Q7Z2X4	250 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TBC1D1	Q86TI0	1168 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TRAIP	Q9BWF2	469 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	UPF3A	Q9H1J1	476 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ANO9	A1A5B4	782 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CFAP73	A6NFT4	308 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TFRC	P02786	760 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	C18orf8	Q96DM3	657 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	REEP2	Q9BRK0	252 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM15	Q9C019	465 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	MRPL46	Q9H2W6	279 aa	Known RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	KRT14	P02533	472 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	HMBS	P08397	361 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD40	Q6AI12	368 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	EFCAB12	Q6NXP0	572 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CCNYL1	Q8N7R7	359 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	MXRA8	Q9BRK3	442 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	KCND2	Q9NZV8	630 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	UNC13B	O14795	1591 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PGBD3	Q8N328	593 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CCDC138	Q96M89	665 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF512	Q96ME7	567 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	AGBL1	Q96MI9	1066 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	EHD2	Q9NZN4	543 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PACSIN2	Q9UNF0	486 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXN1	O15353	648 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF189	O75820	626 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PDCL	Q13371	301 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	NCOA4	Q13772	614 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PDXDC1	Q6P996	788 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CCSER1	Q9C0I3	900 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO2	Q9UK22	296 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	HBP1	O60381	514 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	PDGFRB	P09619	1106 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	CHRNA3	P32297	505 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	RGS7	P49802	495 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXW4	P57775	412 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ESRRG	P62508	458 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	NAA30	Q147X3	362 aa	Predicted RBP	13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ARID5B	Q14865	1188 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	SGSM1	Q2NKQ1	1148 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ATF7IP2	Q5U623	682 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ACAD11	Q709F0	780 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM59	Q8IWR1	403 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	IGDCC4	Q8TDY8	1250 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	RFFL	Q8WZ73	363 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	GLT1D1	Q96MS3	346 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TTC26	A0AVF1	554 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	MAFG	O15525	162 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	OR1G1	P47890	313 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	NUGGC	Q68CJ6	796 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ZC3H18	Q86VM9	953 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	DCP1B	Q8IZD4	617 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	DCUN1D1	Q96GG9	259 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	TRIM9	Q9C026	710 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF609	O15014	1411 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A0G2JND7	137 aa		13.87	□□□□□ -0.19
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2Q2L	H0YL09	131 aa		13.87	□□□□□ -0.19

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