RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000534705.5

USP48-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 48, human

TSL 4

Gene USP48, Length 566 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP48-215	ENST00000534705	CLEC14A	Q86T13	490 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	UNC5B	Q8IZJ1	945 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ZNF496	Q96IT1	587 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	PTGFRN	Q9P2B2	879 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	FAM184B	Q9ULE4	1060 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	NUMBL	Q9Y6R0	609 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP48-215	ENST00000534705	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GRIN2A	Q12879	1464 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NRP2	O60462	931 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RAB11FIP3	O75154	756 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SEC24D	O94855	1032 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	FSBP	O95073	299 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NUDT3	O95989	172 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GC	P02774	474 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ADCY7	P51828	1080 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ADAM15	Q13444	863 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	UNQ6494/PRO21346	Q6UXR6	183 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ZNF662	Q6ZS27	426 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	STRA8	Q7Z7C7	330 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RPUSD2	Q8IZ73	545 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	CLRN3	Q8NCR9	226 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	OR14K1	Q8NGZ2	314 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GCDH	Q92947	438 aa	Predicted RBP	4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ACAP3	Q96P50	834 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	KCNG1	Q9UIX4	513 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PPP2R3B	Q9Y5P8	575 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ARAP1	Q96P48	1450 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NUP160	Q12769	1436 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705		A0A0A6YYK5	440 aa	Predicted RBP	4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PCDH8	O95206	1070 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	VSIG10L2	P0DP72	767 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PTGS2	P35354	604 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	KRTAP10-11	P60412	298 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ADAM8	P78325	824 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	TCIRG1	Q13488	830 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RRP1B	Q14684	758 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	STAT4	Q14765	748 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ANKRD35	Q8N283	1001 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	UBR7	Q8N806	425 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SHCBP1	Q8NEM2	672 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SOX7	Q9BT81	388 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SPC25	Q9HBM1	224 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	DNAI1	Q9UI46	699 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	TMPRSS11E	Q9UL52	423 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NOC2L	Q9Y3T9	749 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PRSS38	A1L453	326 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	C2orf78	A6NCI8	922 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705		K7ESF4	209 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GPR39	O43194	453 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	DAPK3	O43293	454 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	DNAJC6	O75061	913 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	LMNA	P02545	664 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	JUN	P05412	331 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	CNGA1	P29973	690 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ID4	P47928	161 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NRG3	P56975	720 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	MEF2A	Q02078	507 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RIN1	Q13671	783 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	FSCN1	Q16658	493 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RNF187	Q5TA31	235 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RNF219	Q5W0B1	726 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SYCE2	Q6PIF2	218 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	HDGFL2	Q7Z4V5	671 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PRIMA1	Q86XR5	153 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SPATS2	Q86XZ4	545 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SLC41A1	Q8IVJ1	513 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GPR135	Q8IZ08	494 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PLA2G15	Q8NCC3	412 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ZNF764	Q96H86	408 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PAWR	Q96IZ0	340 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	MS4A5	Q9H3V2	200 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	SLTM	Q9NWH9	1034 aa	Known RBP eCLIP	4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	NRP1	O14786	923 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	POU3F3	P20264	500 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ENPP1	P22413	925 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	XPA	P23025	273 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	BPIFB4	P59827	614 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	LYSMD2	Q8IV50	215 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GLB1L2	Q8IW92	636 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	OR14C36	Q8NHC7	312 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	GAB3	Q8WWW8	586 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	HAS1	Q92839	578 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RAX2	Q96IS3	184 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ORAI2	Q96SN7	254 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RIOX1	Q9H6W3	641 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	ADARB2	Q9NS39	739 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	PRSS50	Q9UI38	385 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	MAGEL2	Q9UJ55	1249 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	MCM8	Q9UJA3	840 aa		4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	RBM8A	Q9Y5S9	174 aa	Known RBP	4.8	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	4.79	□□□□□ -1.64
USP48-215	ENST00000534705	LCHN	A4D1U4	455 aa		4.79	□□□□□ -1.64

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