RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558285.5

USP3-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 3, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene USP3, Length 1,742 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3-208ENST00000558285 CUL4AQ13619 759 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PDE12Q6L8Q7 609 aaKnown RBP9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 GLB1LQ6UWU2 654 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 FERMT3Q86UX7 667 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PHF6Q8IWS0 365 aaKnown RBP eCLIP9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 MICALL1Q8N3F8 863 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 RNF149Q8NC42 400 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 URGCPQ8TCY9 931 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PRPF31Q8WWY3 499 aaKnown RBP9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 KIFAP3Q92845 792 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 P2RX5Q93086 422 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 SNX21Q969T3 373 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PPP1R16BQ96T49 567 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TRIM6Q9C030 488 aaPredicted RBP9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 KCND2Q9NZV8 630 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 KANSL3Q9P2N6 904 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 THEGQ9P2T0 379 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 MTUS1Q9ULD2 1270 aa9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PIN4Q9Y237 131 aaKnown RBP9.61□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 CNTNAP2Q9UHC6 1331 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 A0A087WZ62 844 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 A0A0U1RQF3 1178 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 H0YCG3 227 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 H3BNC9 293 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 IBSPP21815 317 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 BMPR1AP36894 532 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 RARRES1P49788 294 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 EFNA5P52803 228 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 NPEPPSP55786 919 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 KRT17Q04695 432 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 E2F4Q16254 413 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 EPC2Q52LR7 807 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 NOTUMQ6P988 496 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 CATSPER3Q86XQ3 398 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ATXN2LQ8WWM7 1075 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TMEM143Q96AN5 459 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ZBTB10Q96DT7 871 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 MRPL38Q96DV4 380 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PRIMPOLQ96LW4 560 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 DRC1Q96MC2 740 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 FDXACB1Q9BRP7 624 aaPredicted RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TRAIPQ9BWF2 469 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 NFKBIZQ9BYH8 718 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 CERS4Q9HA82 394 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 C17orf75Q9HAS0 396 aa9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 EIF4ENIF1Q9NRA8 985 aaKnown RBP9.6□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TBKBP1A7MCY6 615 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ESPNB1AK53 854 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 C9IYK1 514 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 C5orf67F2Z3F1 127 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 INO80B-WBP1J3KQ70 363 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 USO1O60763 962 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 STBD1O95210 358 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 LONP1P36776 959 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ATP2C1P98194 919 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 GRB10Q13322 594 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PUS10Q3MIT2 529 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 FAM102BQ5T8I3 360 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PADI6Q6TGC4 694 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 IGSF22Q8N9C0 903 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TMEM87AQ8NBN3 555 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 RNF169Q8NCN4 708 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 DEPTORQ8TB45 409 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PPM1EQ8WY54 764 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 CLP1Q92989 425 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ZNF396Q96N95 335 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 FAM193BQ96PV7 902 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ADPGKQ9BRR6 497 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TMEM60Q9H2L4 133 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PRMT7Q9NVM4 692 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 CCDC39Q9UFE4 941 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 LCHNA4D1U4 455 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 LRRIQ4A6NIV6 560 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 CYP11B2P19099 503 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 SMTNP53814 917 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 FAM189BP81408 668 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 MRPS5P82675 430 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 RNASELQ05823 741 aaKnown RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 MAPK6Q16659 721 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 SMYD5Q6GMV2 418 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ECHDC2Q86YB7 292 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 THNSL1Q8IYQ7 743 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PIGOQ8TEQ8 1089 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TMEM40Q8WWA1 233 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 ZNF689Q96CS4 500 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 POLR3FQ9H1D9 316 aaPredicted RBP9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 TMX1Q9H3N1 280 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 AGPAT5Q9NUQ2 364 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 KIAA1024Q9UPX6 916 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 PCDHB6Q9Y5E3 794 aa9.59□□□□□ -0.87
USP3-208ENST00000558285 MICAL3Q7RTP6 2002 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DTNBO60941 627 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ZNF623O75123 536 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 EYA4O95677 639 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 NAMPTP43490 491 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 PTENP60484 403 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DMP1Q13316 513 aaPredicted RBP9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 DSC3Q14574 896 aa9.58□□□□□ -0.88
USP3-208ENST00000558285 ZRSR1Q15695 479 aaKnown RBP9.58□□□□□ -0.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.7 ms