RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496298.5

USP40-217, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 665 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-217ENST00000496298 FAM105AQ9NUU6 356 aa21.61■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 H3BQ06 376 aaPredicted RBP21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 OR52Z1P0C646 297 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 HOXA11P31270 313 aaPredicted RBP21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 ARL2P36404 184 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 PTENP60484 403 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 TTC38Q5R3I4 469 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 MRPL10Q7Z7H8 261 aaKnown RBP21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 ADGRD2Q7Z7M1 963 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 CATSPER3Q86XQ3 398 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 FAM178BQ8IXR5 827 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 THNSL1Q8IYQ7 743 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 RNF149Q8NC42 400 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 HELQQ8TDG4 1101 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 PIGOQ8TEQ8 1089 aa21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 MRPL9Q9BYD2 267 aaKnown RBP21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP21.6■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 FSCN2O14926 492 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 PPM1AP35813 382 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 TECP42680 631 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 ERVFC1P60507 584 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 DLX2Q07687 328 aaPredicted RBP21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 EFHBQ8N7U6 833 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 MRPS27Q92552 414 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 ZNF558Q96NG5 402 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 TLR9Q9NR96 1032 aa21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 DBR1Q9UK59 544 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 NOL7Q9UMY1 257 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 MED24O75448 989 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 IL9P15248 144 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 MUTP22033 750 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 RPA1P27694 616 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 TOB1P50616 345 aaPredicted RBP21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 GNL2Q13823 731 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 UBXN11Q5T124 520 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 TMX3Q96JJ7 454 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 NACC1Q96RE7 527 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 NFKBIZQ9BYH8 718 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 IGFLR1Q9H665 355 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 SPG21Q9NZD8 308 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 PCDHB2Q9Y5E7 798 aa21.58■■□□□ 1.05
USP40-217ENST00000496298 A0A087WWV3 80 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 LINC01565O15544 149 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 TBX10O75333 385 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 OFD1O75665 1012 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CD2BP2O95400 341 aaKnown RBP21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 AXLP30530 894 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 FXR2P51116 673 aaKnown RBP eCLIP21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 TFDP1Q14186 410 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 EP400NLQ6ZTU2 488 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 SLC39A11Q8N1S5 342 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 ASAP3Q8TDY4 903 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 LPPQ93052 612 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 PGBD4Q96DM1 585 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 MSLNLQ96KJ4 702 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 TBC1D32Q96NH3 1257 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CD320Q9NPF0 282 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 PUF60Q9UHX1 559 aaKnown RBP21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 FAM50BQ9Y247 325 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 KIF3AQ9Y496 699 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa21.57■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CARNS1A5YM72 827 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 MEIS3P2A8K0S8 358 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CSPG5O95196 566 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 GLRA2P23416 452 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 MCM2P49736 904 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CAPSQ13938 189 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 PDIA5Q14554 519 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 GLB1LQ6UWU2 654 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 AGMOQ6ZNB7 445 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 ERMNQ8TAM6 284 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 MICAL1Q8TDZ2 1067 aa21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CCDC43Q96MW1 224 aaKnown RBP21.56■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 FSD2A1L4K1 749 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 TSPAN1O60635 241 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 PBX3P40426 434 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 NRIP1P48552 1158 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 BCAR1P56945 870 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 KRT17Q04695 432 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 NBR1Q14596 966 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 AMHR2Q16671 573 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 NOMO2Q5JPE7 1267 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CCDC51Q96ER9 411 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CDCA3Q99618 268 aaPredicted RBP21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 TLE6Q9H808 572 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 NGRNQ9NPE2 291 aaKnown RBP21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 TBC1D13Q9NVG8 400 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CLEC1BQ9P126 229 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 PRKAG3Q9UGI9 489 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CNTNAP2Q9UHC6 1331 aa21.55■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 ERLIN2O94905 339 aa21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 EYA4O95677 639 aa21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 NCLP19338 710 aaKnown RBP21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 MBTD1Q05BQ5 628 aa21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 DUSP6Q16828 381 aa21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 IGSF22Q8N9C0 903 aa21.54■■□□□ 1.04
USP40-217ENST00000496298 CNNM3Q8NE01 707 aa21.54■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.6 ms