RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	CATSPER4	Q7RTX7	472 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FERMT3	Q86UX7	667 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM173	Q86WV6	379 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ABI1	Q8IZP0	508 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PPP2R3C	Q969Q6	453 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	INO80B	Q9C086	356 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TTC12	Q9H892	705 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	C5orf42	Q9H799	3197 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MYH9	P35579	1960 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	GPR37L1	O60883	481 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BAG4	O95429	457 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SPATA31C1	P0DKV0	1188 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PPM1A	P35813	382 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	AFF1	P51825	1210 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	GUCY1B3	Q02153	619 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	AMHR2	Q16671	573 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	XKR9	Q5GH70	373 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PLPP4	Q5VZY2	271 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TWF2	Q6IBS0	349 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PDE12	Q6L8Q7	609 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	OTUD6A	Q7L8S5	288 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL10	Q7Z7H8	261 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TPH2	Q8IWU9	490 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	EXOC8	Q8IYI6	725 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BCL7C	Q8WUZ0	217 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TLE6	Q9H808	572 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SPG21	Q9NZD8	308 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHA12	Q9UN75	941 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM50B	Q9Y247	325 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	POTEM	A6NI47	508 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NT5C1B-RDH14	C9J2C7	533 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MARCH6	O60337	910 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	OFD1	O75665	1012 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SRGAP2C	P0DJJ0	459 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SSTR3	P32745	418 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TXK	P42681	527 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RARRES1	P49788	294 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RAB27A	P51159	221 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BCAR1	P56945	870 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CAPS	Q13938	189 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LONRF3	Q496Y0	759 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM31	Q5JXX7	168 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM184A	Q6ZMB5	413 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF149	Q8NC42	400 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ASAP3	Q8TDY4	903 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RSPH1	Q8WYR4	309 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SUSD6	Q92537	303 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CDCA3	Q99618	268 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TCF25	Q9BQ70	676 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LLPH	Q9BRT6	129 aa	Known RBP	13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL9	Q9BYD2	267 aa	Known RBP	13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NRDE2	Q9H7Z3	1164 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ANKEF1	Q9NU02	776 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TBC1D13	Q9NVG8	400 aa		13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	USP15	Q9Y4E8	981 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464		A0A087WWV3	80 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ASAP2	O43150	1006 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TSPAN1	O60635	241 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SKI	P12755	728 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MCM7	P33993	719 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ARL2	P36404	184 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PTEN	P60484	403 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TRIM29	Q14134	588 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NOMO2	Q5JPE7	1267 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SYCE2	Q6PIF2	218 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SMG8	Q8ND04	991 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MICAL1	Q8TDZ2	1067 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PIGO	Q8TEQ8	1089 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TCP11	Q8WWU5	503 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MTR	Q99707	1265 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	VN1R3	Q9BXE9	311 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ZBP1	Q9H171	429 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	S1PR5	Q9H228	398 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NGRN	Q9NPE2	291 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	DNAJB4	Q9UDY4	337 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PCDHB2	Q9Y5E7	798 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MYO7A	Q13402	2215 aa		13.33	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	C2orf71	A6NGG8	1288 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	LOC730098	B7Z3J9	87 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ZC3H11A	O75152	810 aa	Known RBP eCLIP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MED24	O75448	989 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GALT	P07902	379 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GLRA2	P23416	452 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM25	P49756	843 aa	Known RBP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MBTD1	Q05BQ5	628 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	POU5F1B	Q06416	359 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	CBX2	Q14781	532 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	GLB1L	Q6UWU2	654 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	C4orf32	Q8N8J7	132 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPL43	Q8N983	215 aa	Known RBP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	C8orf76	Q96K31	380 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF2A	Q9BY44	585 aa	Known RBP	13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	NFKBIZ	Q9BYH8	718 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PTPRF-211	ENST00000467464	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	13.33	□□□□□ -0.28

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