RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 WRAP73Q9P2S5 460 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 HCSTQ9UBK5 93 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 FGF18O76093 207 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 LAG3P18627 525 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 YWHABP31946 246 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 IRS1P35568 1242 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 LTBRP36941 435 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 UBE3AQ05086 875 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 SPIRE1Q08AE8 756 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 CALCRLQ16602 461 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 KSR1Q8IVT5 923 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 TPH2Q8IWU9 490 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 ZNF579Q8NAF0 562 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 NLRP4Q96MN2 994 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 CWH43Q9H720 699 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-232ENST00000568443 RFC5P40937 340 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CYP4A11Q02928 519 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ADAM15Q13444 863 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CTTNQ14247 550 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 SAFBQ15424 915 aaKnown RBP eCLIP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 XKR9Q5GH70 373 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 DHX33Q9H6R0 707 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 RNF19AQ9NV58 838 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 COL4A3BPQ9Y5P4 624 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ST3GAL1Q11201 340 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 LRRC55Q6ZSA7 311 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CATSPER4Q7RTX7 472 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CCDC83Q8IWF9 413 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 LRRC43Q8N309 656 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PRPF31Q8WWY3 499 aaKnown RBP25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 C1QTNF1Q9BXJ1 281 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PLXNA4Q9HCM2 1894 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 NEMFO60524 1076 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 SLITRK3O94933 977 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 SSTR3P32745 418 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 DLX2Q07687 328 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CLLU1OSQ5K130 101 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TWF2Q6IBS0 349 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ADGRD2Q7Z7M1 963 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 RBM23Q86U06 439 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ZNF598Q86UK7 904 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 GJD3Q8N144 294 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PSPC1Q8WXF1 523 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TMEM143Q96AN5 459 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 EIF2AK1Q9BQI3 630 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TTC12Q9H892 705 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CD320Q9NPF0 282 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TLR9Q9NR96 1032 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PUF60Q9UHX1 559 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PIN4Q9Y237 131 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ZBTB39O15060 712 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 LINC01565O15544 149 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 SRGAP2CP0DJJ0 459 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 SKIP12755 728 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TXKP42681 527 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PHKA2P46019 1235 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 NRIP1P48552 1158 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 GUCY1B3Q02153 619 aa25.1■■□□□ 1.61
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CLN3-232ENST00000568443 KCNT2Q6UVM3 1135 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 HELQQ8TDG4 1101 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TCP11Q8WWU5 503 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ZSCAN31Q96LW9 406 aaPredicted RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ZNF558Q96NG5 402 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 LLPHQ9BRT6 129 aaKnown RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TLE6Q9H808 572 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 IFT122Q9HBG6 1241 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 GAS2O43903 313 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ATP2B1P20020 1258 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 NDUFV1P49821 464 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 LAMTOR4Q0VGL1 99 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 EMC2Q15006 297 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PDE12Q6L8Q7 609 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 EFHBQ8N7U6 833 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 C8orf76Q96K31 380 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 HSD17B14Q9BPX1 270 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TRAIPQ9BWF2 469 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 EPHX3Q9H6B9 360 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 WNT7AO00755 349 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ASAP2O43150 1006 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 TBX10O75333 385 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ATF7P17544 494 aaPredicted RBP25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PPM1AP35813 382 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 ERVFC1P60507 584 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 PLCB3Q01970 1234 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 KRT17Q04695 432 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 SRGAP1Q7Z6B7 1085 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 MRPS27Q92552 414 aaKnown RBP25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 MTMR9Q96QG7 549 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 MRPL9Q9BYD2 267 aaKnown RBP25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 CD207Q9UJ71 328 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 LZTS1Q9Y250 596 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-232ENST00000568443 MCM7P33993 719 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-232ENST00000568443 RAB27AP51159 221 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-232ENST00000568443 MTRQ99707 1265 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-232ENST00000568443 SPG21Q9NZD8 308 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-232ENST00000568443 PRKAG3Q9UGI9 489 aa25.07■■□□□ 1.6
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