RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 WRAP73Q9P2S5 460 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 HCSTQ9UBK5 93 aa25.15■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 FGF18O76093 207 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 LAG3P18627 525 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 YWHABP31946 246 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 GTF2F1P35269 517 aaKnown RBP eCLIP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 IRS1P35568 1242 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 LTBRP36941 435 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 UBE3AQ05086 875 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 SPIRE1Q08AE8 756 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CALCRLQ16602 461 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 KSR1Q8IVT5 923 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 TPH2Q8IWU9 490 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 ZNF579Q8NAF0 562 aaKnown RBP25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 NLRP4Q96MN2 994 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 CWH43Q9H720 699 aa25.14■■□□□ 1.62
CLN3-215ENST00000565236 RFC5P40937 340 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CYP4A11Q02928 519 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ADAM15Q13444 863 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CTTNQ14247 550 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 SAFBQ15424 915 aaKnown RBP eCLIP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 XKR9Q5GH70 373 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 DHX33Q9H6R0 707 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 RNF19AQ9NV58 838 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 COL4A3BPQ9Y5P4 624 aa25.13■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ST3GAL1Q11201 340 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 LRRC55Q6ZSA7 311 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CATSPER4Q7RTX7 472 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CCDC83Q8IWF9 413 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 LRRC43Q8N309 656 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PRPF31Q8WWY3 499 aaKnown RBP25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 C1QTNF1Q9BXJ1 281 aa25.12■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PLXNA4Q9HCM2 1894 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 NEMFO60524 1076 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 SLITRK3O94933 977 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 SSTR3P32745 418 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 DLX2Q07687 328 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CLLU1OSQ5K130 101 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TWF2Q6IBS0 349 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ADGRD2Q7Z7M1 963 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 RBM23Q86U06 439 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ZNF598Q86UK7 904 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 GJD3Q8N144 294 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PSPC1Q8WXF1 523 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TMEM143Q96AN5 459 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 EIF2AK1Q9BQI3 630 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TTC12Q9H892 705 aaPredicted RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CD320Q9NPF0 282 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TLR9Q9NR96 1032 aa25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PUF60Q9UHX1 559 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PIN4Q9Y237 131 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ZBTB39O15060 712 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 LINC01565O15544 149 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 SRGAP2CP0DJJ0 459 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 SKIP12755 728 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TXKP42681 527 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PHKA2P46019 1235 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 NRIP1P48552 1158 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 GUCY1B3Q02153 619 aa25.1■■□□□ 1.61
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CLN3-215ENST00000565236 KCNT2Q6UVM3 1135 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 HELQQ8TDG4 1101 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TCP11Q8WWU5 503 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ZSCAN31Q96LW9 406 aaPredicted RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ZNF558Q96NG5 402 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 LLPHQ9BRT6 129 aaKnown RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TLE6Q9H808 572 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 IFT122Q9HBG6 1241 aa25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 BMP2KQ9NSY1 1161 aaPredicted RBP25.1■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 GAS2O43903 313 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ATP2B1P20020 1258 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 NDUFV1P49821 464 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 LAMTOR4Q0VGL1 99 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 EMC2Q15006 297 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PDE12Q6L8Q7 609 aaKnown RBP25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 EFHBQ8N7U6 833 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 C8orf76Q96K31 380 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 HSD17B14Q9BPX1 270 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TRAIPQ9BWF2 469 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 EPHX3Q9H6B9 360 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PCDHGC5Q9Y5F6 944 aa25.09■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 WNT7AO00755 349 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ASAP2O43150 1006 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 TBX10O75333 385 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ATF7P17544 494 aaPredicted RBP25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PPM1AP35813 382 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 ERVFC1P60507 584 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 PLCB3Q01970 1234 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 KRT17Q04695 432 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 SRGAP1Q7Z6B7 1085 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 MRPS27Q92552 414 aaKnown RBP25.08■■□□□ 1.61
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CLN3-215ENST00000565236 MRPL9Q9BYD2 267 aaKnown RBP25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 CD207Q9UJ71 328 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 LZTS1Q9Y250 596 aa25.08■■□□□ 1.61
CLN3-215ENST00000565236 MCM7P33993 719 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-215ENST00000565236 RAB27AP51159 221 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-215ENST00000565236 MTRQ99707 1265 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-215ENST00000565236 SPG21Q9NZD8 308 aa25.07■■□□□ 1.6
CLN3-215ENST00000565236 PRKAG3Q9UGI9 489 aa25.07■■□□□ 1.6
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