RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637699.1

CLN3-262, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,228 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-262ENST00000637699 NCOA2Q15596 1464 aa31.05■■■□□ 2.56
CLN3-262ENST00000637699 CCDC141Q6ZP82 1450 aa31.05■■■□□ 2.56
CLN3-262ENST00000637699 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa31.03■■■□□ 2.56
CLN3-262ENST00000637699 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP31.03■■■□□ 2.56
CLN3-262ENST00000637699 TNRQ92752 1358 aa31.02■■■□□ 2.56
CLN3-262ENST00000637699 RSPH4AQ5TD94 716 aa31.01■■■□□ 2.55
CLN3-262ENST00000637699 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa31■■■□□ 2.55
CLN3-262ENST00000637699 KDM5DQ9BY66 1539 aa30.97■■■□□ 2.55
CLN3-262ENST00000637699 PZPP20742 1482 aa30.96■■■□□ 2.55
CLN3-262ENST00000637699 TSPY4P0CV99 314 aa30.94■■■□□ 2.54
CLN3-262ENST00000637699 TSPY10P0CW01 314 aa30.94■■■□□ 2.54
CLN3-262ENST00000637699 FAM135AQ9P2D6 1515 aa30.9■■■□□ 2.54
CLN3-262ENST00000637699 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP30.9■■■□□ 2.54
CLN3-262ENST00000637699 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP30.9■■■□□ 2.54
CLN3-262ENST00000637699 ANKLE2Q86XL3 938 aa30.89■■■□□ 2.54
CLN3-262ENST00000637699 MIA2Q96PC5 1412 aa30.89■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 ARHGEF5Q12774 1597 aa30.88■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 NEURL4Q96JN8 1562 aa30.88■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP30.88■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP30.87■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 SHANK2Q9UPX8 1470 aa30.84■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 PIP4K2BP78356 416 aa30.84■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 NLRP1Q9C000 1473 aa30.82■■■□□ 2.53
CLN3-262ENST00000637699 CPS1P31327 1500 aa30.82■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa30.82■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 UGGT1Q9NYU2 1555 aa30.81■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 TOM1O60784 492 aa30.8■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 VPS8Q8N3P4 1428 aa30.79■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa30.78■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 HSPA1LP34931 641 aa30.78■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP30.77■■■□□ 2.52
CLN3-262ENST00000637699 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP30.76■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 ABCC3O15438 1527 aa30.74■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP30.74■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 VWDEQ8N2E2 1590 aa30.74■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 MAST1Q9Y2H9 1570 aa30.74■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 MED14O60244 1454 aa30.73■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 DEPDC5O75140 1603 aa30.71■■■□□ 2.51
CLN3-262ENST00000637699 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP30.68■■■□□ 2.5
CLN3-262ENST00000637699 ERVK-7P63135 1459 aa30.67■■■□□ 2.5
CLN3-262ENST00000637699 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP30.66■■■□□ 2.5
CLN3-262ENST00000637699 MYOM3Q5VTT5 1437 aa30.66■■■□□ 2.5
CLN3-262ENST00000637699 IQGAP1P46940 1657 aa30.65■■■□□ 2.5
CLN3-262ENST00000637699 MROH1Q8NDA8 1641 aa30.64■■■□□ 2.5
CLN3-262ENST00000637699 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP30.63■■■□□ 2.49
CLN3-262ENST00000637699 MAP3K1Q13233 1512 aa30.63■■■□□ 2.49
CLN3-262ENST00000637699 CEP152O94986 1710 aa30.61■■■□□ 2.49
CLN3-262ENST00000637699 DUOX2Q9NRD8 1548 aa30.6■■■□□ 2.49
CLN3-262ENST00000637699 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP30.59■■■□□ 2.49
CLN3-262ENST00000637699 STRCP1A6NGW2 1772 aa30.57■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP30.57■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 ALKQ9UM73 1620 aa30.57■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa30.56■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 LRRC7Q96NW7 1537 aa30.56■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 KIF15Q9NS87 1388 aa30.55■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 UBR1Q8IWV7 1749 aa30.54■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP30.53■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 LTKP29376 864 aa30.52■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 TXNDC2Q86VQ3 553 aa30.52■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP30.51■■■□□ 2.48
CLN3-262ENST00000637699 ABCC5O15440 1437 aa30.51■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa30.48■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 ERBINQ96RT1 1412 aa30.47■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP30.47■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 APLP2Q06481 763 aa30.47■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP30.47■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 SYNMO15061 1565 aa30.46■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 ARHGAP23Q9P227 1491 aa30.45■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 PTPN23Q9H3S7 1636 aa30.45■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 EID1Q9Y6B2 187 aa30.45■■■□□ 2.47
CLN3-262ENST00000637699 CROCC2H7BZ55 1655 aa30.45■■■□□ 2.46
CLN3-262ENST00000637699 SLIT1O75093 1534 aa30.44■■■□□ 2.46
CLN3-262ENST00000637699 DAPK1P53355 1430 aa30.42■■■□□ 2.46
CLN3-262ENST00000637699 STAG3Q9UJ98 1225 aa30.42■■■□□ 2.46
CLN3-262ENST00000637699 KANK1Q14678 1352 aa30.41■■■□□ 2.46
CLN3-262ENST00000637699 CHIC2Q9UKJ5 165 aa30.41■■■□□ 2.46
CLN3-262ENST00000637699 PIK3C2BO00750 1634 aa30.38■■■□□ 2.45
CLN3-262ENST00000637699 TMEM2Q9UHN6 1383 aa30.37■■■□□ 2.45
CLN3-262ENST00000637699 FGD6Q6ZV73 1430 aa30.36■■■□□ 2.45
CLN3-262ENST00000637699 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa30.34■■■□□ 2.45
CLN3-262ENST00000637699 IDI1Q13907 227 aa30.34■■■□□ 2.45
CLN3-262ENST00000637699 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP30.3■■■□□ 2.44
CLN3-262ENST00000637699 EFCAB6Q5THR3 1501 aa30.29■■■□□ 2.44
CLN3-262ENST00000637699 LMTK2Q8IWU2 1503 aa30.28■■■□□ 2.44
CLN3-262ENST00000637699 SLC26A8Q96RN1 970 aa30.27■■■□□ 2.44
CLN3-262ENST00000637699 KCNA6P17658 529 aa30.24■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 TMEM94Q12767 1356 aa30.24■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP30.23■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP30.22■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP30.21■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 NOS1P29475 1434 aa30.21■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 BCANQ96GW7 911 aa30.2■■■□□ 2.43
CLN3-262ENST00000637699 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP30.19■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 TET3O43151 1660 aa30.19■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 FAM135BQ49AJ0 1406 aa30.19■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 SLC52A1Q9NWF4 448 aa30.18■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP30.18■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 ADGRB3O60242 1522 aa30.17■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 ADGRL2O95490 1459 aa30.14■■■□□ 2.42
CLN3-262ENST00000637699 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa30.11■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 11.4 ms