RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636351.1

CLN3-247, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,292 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-247ENST00000636351 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP27.68■■■□□ 2.02
CLN3-247ENST00000636351 KIF3BO15066 747 aa27.68■■■□□ 2.02
CLN3-247ENST00000636351 A2ML1A8K2U0 1454 aa27.66■■■□□ 2.02
CLN3-247ENST00000636351 RSPH4AQ5TD94 716 aa27.66■■■□□ 2.02
CLN3-247ENST00000636351 DISP3Q9P2K9 1392 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-247ENST00000636351 KDM5DQ9BY66 1539 aa27.64■■■□□ 2.02
CLN3-247ENST00000636351 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP27.63■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 ARHGEF5Q12774 1597 aa27.62■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP27.62■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 FAM135AQ9P2D6 1515 aa27.61■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 TNRQ92752 1358 aa27.6■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 PZPP20742 1482 aa27.6■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa27.6■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 TSPY4P0CV99 314 aa27.58■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 TSPY10P0CW01 314 aa27.58■■■□□ 2.01
CLN3-247ENST00000636351 MYOM3Q5VTT5 1437 aa27.57■■■□□ 2
CLN3-247ENST00000636351 UBAP1LF5GYI3 381 aa27.53■■■□□ 2
CLN3-247ENST00000636351 ILDR2Q71H61 639 aa27.52■■■□□ 2
CLN3-247ENST00000636351 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP27.52■■■□□ 2
CLN3-247ENST00000636351 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa27.52■■■□□ 2
CLN3-247ENST00000636351 NEURL4Q96JN8 1562 aa27.5■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP27.5■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 MIA2Q96PC5 1412 aa27.5■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 MAST1Q9Y2H9 1570 aa27.49■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP27.48■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP27.47■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 NLRP1Q9C000 1473 aa27.46■■□□□ 1.99
CLN3-247ENST00000636351 UGGT1Q9NYU2 1555 aa27.44■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 ABCC3O15438 1527 aa27.44■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 FGD6Q6ZV73 1430 aa27.43■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 ANKLE2Q86XL3 938 aa27.43■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP27.43■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 EIF2AK4Q9P2K8 1649 aaKnown RBP27.41■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP27.41■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 PTPN23Q9H3S7 1636 aa27.41■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 SHANK2Q9UPX8 1470 aa27.4■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 CPS1P31327 1500 aa27.4■■□□□ 1.98
CLN3-247ENST00000636351 MROH1Q8NDA8 1641 aa27.38■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP27.37■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 ERVK-7P63135 1459 aa27.36■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 DEPDC5O75140 1603 aa27.35■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 SOCS7O14512 581 aa27.35■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 MED14O60244 1454 aa27.35■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 VWDEQ8N2E2 1590 aa27.35■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 DUOX2Q9NRD8 1548 aa27.34■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP27.33■■□□□ 1.97
CLN3-247ENST00000636351 CEP152O94986 1710 aa27.32■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 PIP4K2BP78356 416 aa27.31■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP27.31■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 KIF15Q9NS87 1388 aa27.3■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 IQGAP1P46940 1657 aa27.29■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 ABCC5O15440 1437 aa27.28■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 TOM1O60784 492 aa27.28■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 CROCC2H7BZ55 1655 aa27.27■■□□□ 1.96
CLN3-247ENST00000636351 HSPA1LP34931 641 aa27.26■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP27.26■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa27.25■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 ERBINQ96RT1 1412 aa27.24■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 UBR1Q8IWV7 1749 aa27.22■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 DAPK1P53355 1430 aa27.22■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa27.21■■□□□ 1.95
CLN3-247ENST00000636351 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP27.19■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 ALKQ9UM73 1620 aa27.18■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP27.18■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 STRCP1A6NGW2 1772 aa27.17■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP27.17■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 LRRC7Q96NW7 1537 aa27.16■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 ARHGAP23Q9P227 1491 aa27.15■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 LTKP29376 864 aa27.14■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 SLIT1O75093 1534 aa27.14■■□□□ 1.94
CLN3-247ENST00000636351 SYNMO15061 1565 aa27.14■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 KANK1Q14678 1352 aa27.13■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 CHIC2Q9UKJ5 165 aa27.13■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 TXNDC2Q86VQ3 553 aa27.12■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP27.12■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP27.12■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa27.11■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 PIK3C2BO00750 1634 aa27.1■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 ITGAEP38570 1179 aa27.09■■□□□ 1.93
CLN3-247ENST00000636351 LMTK2Q8IWU2 1503 aa27.07■■□□□ 1.92
CLN3-247ENST00000636351 EID1Q9Y6B2 187 aa27.07■■□□□ 1.92
CLN3-247ENST00000636351 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP27.05■■□□□ 1.92
CLN3-247ENST00000636351 STAG3Q9UJ98 1225 aa27.05■■□□□ 1.92
CLN3-247ENST00000636351 TMEM2Q9UHN6 1383 aa27.05■■□□□ 1.92
CLN3-247ENST00000636351 EFCAB6Q5THR3 1501 aa27.02■■□□□ 1.92
CLN3-247ENST00000636351 ADGRL2O95490 1459 aa27.01■■□□□ 1.91
CLN3-247ENST00000636351 IDI1Q13907 227 aa27.01■■□□□ 1.91
CLN3-247ENST00000636351 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP26.98■■□□□ 1.91
CLN3-247ENST00000636351 NOS1P29475 1434 aa26.98■■□□□ 1.91
CLN3-247ENST00000636351 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP26.94■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 ADGRB3O60242 1522 aa26.94■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP26.93■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 ROCK1Q13464 1354 aa26.92■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa26.91■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 SLC26A8Q96RN1 970 aa26.9■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 TET3O43151 1660 aa26.89■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 TMEM94Q12767 1356 aa26.89■■□□□ 1.9
CLN3-247ENST00000636351 SLC52A1Q9NWF4 448 aa26.88■■□□□ 1.89
CLN3-247ENST00000636351 KCNA6P17658 529 aa26.87■■□□□ 1.89
CLN3-247ENST00000636351 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 86.2 ms