RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556778.5

PRKCH-222, Transcript of protein kinase C eta, human

TSL 4

Gene PRKCH, Length 545 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PRKCH-222	ENST00000556778	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PRKCH-222	ENST00000556778	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		13.54	□□□□□ -0.24
PRKCH-222	ENST00000556778	PTPRK	Q15262	1439 aa		13.53	□□□□□ -0.24
PRKCH-222	ENST00000556778	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	13.52	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	DAPK1	P53355	1430 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	ATP7A	Q04656	1500 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	ABCA6	Q8N139	1617 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		13.52	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	GGT6	Q6P531	493 aa		13.51	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	A2M	P01023	1474 aa		13.5	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	13.5	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	KIF3B	O15066	747 aa		13.49	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
PRKCH-222	ENST00000556778	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	KIF15	Q9NS87	1388 aa		13.45	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	NCOA1	Q15788	1441 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	AGL	P35573	1532 aa		13.44	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	PTPRM	P28827	1452 aa		13.43	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	RERE	Q9P2R6	1566 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		13.42	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	PLXNC1	O60486	1568 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	MADD	Q8WXG6	1647 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	13.41	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		13.41	□□□□□ -0.26
PRKCH-222	ENST00000556778	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	ZMYM3	Q14202	1370 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	ADGRL2	O95490	1459 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		13.36	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	ROCK1	Q13464	1354 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		13.34	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
PRKCH-222	ENST00000556778	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PRKCH-222	ENST00000556778	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		13.33	□□□□□ -0.28
PRKCH-222	ENST00000556778	HSPA2	P54652	639 aa		13.32	□□□□□ -0.28
PRKCH-222	ENST00000556778	NAIP	Q13075	1403 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PRKCH-222	ENST00000556778	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		13.3	□□□□□ -0.28
PRKCH-222	ENST00000556778	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		13.28	□□□□□ -0.28
PRKCH-222	ENST00000556778	ABCC3	O15438	1527 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		13.27	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	SPDYE2B	A6NHP3	402 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	NUP155	O75694	1391 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	SPDYE6	P0CI01	402 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	13.26	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	SPDYE2	Q495Y8	402 aa		13.26	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	KANK1	Q14678	1352 aa		13.25	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	HFM1	A2PYH4	1435 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	TRIM52	Q96A61	297 aa		13.24	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	AKT1S1	Q96B36	256 aa		13.23	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	NPAT	Q14207	1427 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	C3	P01024	1663 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	PZP	P20742	1482 aa		13.22	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	TNR	Q92752	1358 aa		13.21	□□□□□ -0.29
PRKCH-222	ENST00000556778	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		13.2	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	DEPDC5	O75140	1603 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		13.19	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	IDI1	Q13907	227 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	SSUH2	Q9Y2M2	353 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		13.18	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	ERVK-7	P63135	1459 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		13.17	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	MROH2A	A6NES4	1674 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	PKD2	Q13563	968 aa		13.16	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	ZNF692	Q9BU19	519 aa	Predicted RBP	13.15	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	CEP152	O94986	1710 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	UNC13B	O14795	1591 aa		13.15	□□□□□ -0.3
PRKCH-222	ENST00000556778	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		13.14	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	NOS1	P29475	1434 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		13.13	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		13.12	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	13.12	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		13.11	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	REM2	Q8IYK8	340 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	13.11	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	13.11	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	13.1	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		13.1	□□□□□ -0.31
PRKCH-222	ENST00000556778	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		13.09	□□□□□ -0.31

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 25.4 ms