RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000529273.1

ROM1-204, Transcript of retinal outer segment membrane protein 1, human

TSL 4

Gene ROM1, Length 249 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ROM1-204	ENST00000529273	PTPRT	O14522	1441 aa		43.15	■■■■■ 4.5
ROM1-204	ENST00000529273	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		43.15	■■■■■ 4.5
ROM1-204	ENST00000529273	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		43.14	■■■■■ 4.5
ROM1-204	ENST00000529273	ABCC5	O15440	1437 aa		43.13	■■■■■ 4.49
ROM1-204	ENST00000529273	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		43.12	■■■■■ 4.49
ROM1-204	ENST00000529273	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	43.12	■■■■■ 4.49
ROM1-204	ENST00000529273	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		43.11	■■■■■ 4.49
ROM1-204	ENST00000529273	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	43.07	■■■■■ 4.49
ROM1-204	ENST00000529273	PZP	P20742	1482 aa		43.07	■■■■■ 4.49
ROM1-204	ENST00000529273	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	43.06	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		43.06	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	43.05	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	TNR	Q92752	1358 aa		43.04	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	43.04	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		43.03	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		43.03	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	DAPK1	P53355	1430 aa		43.03	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		43.02	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	KIF15	Q9NS87	1388 aa		43.02	■■■■■ 4.48
ROM1-204	ENST00000529273	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	43	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		43	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	PLA2R1	Q13018	1463 aa		42.98	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		42.97	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	PKD2	Q13563	968 aa		42.96	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	42.96	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	ABCC3	O15438	1527 aa		42.96	■■■■■ 4.47
ROM1-204	ENST00000529273	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		42.92	■■■■■ 4.46
ROM1-204	ENST00000529273	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		42.91	■■■■■ 4.46
ROM1-204	ENST00000529273	ERBIN	Q96RT1	1412 aa		42.89	■■■■■ 4.46
ROM1-204	ENST00000529273	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	42.87	■■■■■ 4.45
ROM1-204	ENST00000529273	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		42.87	■■■■■ 4.45
ROM1-204	ENST00000529273	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	42.86	■■■■■ 4.45
ROM1-204	ENST00000529273	NLRP1	Q9C000	1473 aa		42.82	■■■■■ 4.45
ROM1-204	ENST00000529273	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		42.8	■■■■■ 4.44
ROM1-204	ENST00000529273	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	42.79	■■■■■ 4.44
ROM1-204	ENST00000529273	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	42.77	■■■■■ 4.44
ROM1-204	ENST00000529273	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	42.76	■■■■■ 4.44
ROM1-204	ENST00000529273	ERVK-7	P63135	1459 aa		42.75	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		42.75	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	CEP152	O94986	1710 aa		42.74	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	42.73	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	42.73	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		42.71	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	ADGRL2	O95490	1459 aa		42.7	■■■■■ 4.43
ROM1-204	ENST00000529273	KANK1	Q14678	1352 aa		42.69	■■■■■ 4.42
ROM1-204	ENST00000529273	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		42.69	■■■■■ 4.42
ROM1-204	ENST00000529273	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		42.68	■■■■■ 4.42
ROM1-204	ENST00000529273	DEPDC5	O75140	1603 aa		42.66	■■■■■ 4.42
ROM1-204	ENST00000529273	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		42.61	■■■■■ 4.41
ROM1-204	ENST00000529273	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	42.6	■■■■■ 4.41
ROM1-204	ENST00000529273	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		42.59	■■■■■ 4.41
ROM1-204	ENST00000529273	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	42.57	■■■■■ 4.41
ROM1-204	ENST00000529273	ANKRD50	Q9ULJ7	1429 aa		42.54	■■■■■ 4.4
ROM1-204	ENST00000529273	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	42.54	■■■■■ 4.4
ROM1-204	ENST00000529273	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		42.54	■■■■■ 4.4
ROM1-204	ENST00000529273	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		42.54	■■■■■ 4.4
ROM1-204	ENST00000529273	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	42.5	■■■■■ 4.39
ROM1-204	ENST00000529273	MED14	O60244	1454 aa		42.49	■■■■■ 4.39
ROM1-204	ENST00000529273	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		42.43	■■■■■ 4.38
ROM1-204	ENST00000529273	ROCK1	Q13464	1354 aa		42.41	■■■■■ 4.38
ROM1-204	ENST00000529273	ITGAE	P38570	1179 aa		42.39	■■■■■ 4.38
ROM1-204	ENST00000529273	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		42.38	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	IDI1	Q13907	227 aa		42.37	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		42.36	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		42.35	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		42.35	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	LTK	P29376	864 aa		42.34	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	NOS1	P29475	1434 aa		42.34	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		42.34	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	IQGAP1	P46940	1657 aa		42.34	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	CPS1	P31327	1500 aa		42.33	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	42.33	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	SLIT1	O75093	1534 aa		42.32	■■■■■ 4.37
ROM1-204	ENST00000529273	PIK3C2B	O00750	1634 aa		42.31	■■■■■ 4.36
ROM1-204	ENST00000529273	EID1	Q9Y6B2	187 aa		42.3	■■■■■ 4.36
ROM1-204	ENST00000529273	SYNM	O15061	1565 aa		42.29	■■■■■ 4.36
ROM1-204	ENST00000529273	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		42.27	■■■■■ 4.36
ROM1-204	ENST00000529273	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	42.26	■■■■■ 4.36
ROM1-204	ENST00000529273	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		42.25	■■■■■ 4.35
ROM1-204	ENST00000529273	UNC13B	O14795	1591 aa		42.23	■■■■■ 4.35
ROM1-204	ENST00000529273	TET3	O43151	1660 aa		42.2	■■■■■ 4.35
ROM1-204	ENST00000529273	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	42.17	■■■■■ 4.34
ROM1-204	ENST00000529273	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	42.14	■■■■■ 4.34
ROM1-204	ENST00000529273	NUP155	O75694	1391 aa		42.13	■■■■■ 4.33
ROM1-204	ENST00000529273	ADGRB3	O60242	1522 aa		42.12	■■■■■ 4.33
ROM1-204	ENST00000529273	TOM1	O60784	492 aa		42.11	■■■■■ 4.33
ROM1-204	ENST00000529273	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		42.09	■■■■■ 4.33
ROM1-204	ENST00000529273	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		42.06	■■■■■ 4.32
ROM1-204	ENST00000529273	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		42.06	■■■■■ 4.32
ROM1-204	ENST00000529273	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		42.05	■■■■■ 4.32
ROM1-204	ENST00000529273	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	42.04	■■■■■ 4.32
ROM1-204	ENST00000529273	PIP4K2B	P78356	416 aa		42.04	■■■■■ 4.32
ROM1-204	ENST00000529273		E9PCH4	1651 aa		42.01	■■■■■ 4.32
ROM1-204	ENST00000529273	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		41.98	■■■■■ 4.31
ROM1-204	ENST00000529273	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	41.96	■■■■■ 4.31
ROM1-204	ENST00000529273	BCAN	Q96GW7	911 aa		41.93	■■■■■ 4.3
ROM1-204	ENST00000529273	ZFYVE9	O95405	1425 aa		41.93	■■■■■ 4.3
ROM1-204	ENST00000529273	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	41.92	■■■■■ 4.3
ROM1-204	ENST00000529273	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		41.92	■■■■■ 4.3
ROM1-204	ENST00000529273	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		41.91	■■■■■ 4.3

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