RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565379.1

NME3-208, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, human

TSL 2

Gene NME3, Length 911 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NME3-208	ENST00000565379	CNKSR3	Q6P9H4	555 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	POTEG	Q6S5H5	508 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	SHC4	Q6S5L8	630 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	PPM1E	Q8WY54	764 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB10	Q96DT7	871 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	SLC9A7	Q96T83	725 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	JPH2	Q9BR39	696 aa	Predicted RBP	28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	CERS4	Q9HA82	394 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	GDPD2	Q9HCC8	539 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	PRDM6	Q9NQX0	595 aa		28.89	■■■□□ 2.22
NME3-208	ENST00000565379	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	ADAM17	P78536	824 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TARBP2	Q15633	366 aa	Known RBP	28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	CCDC73	Q6ZRK6	1079 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TMEM87A	Q8NBN3	555 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	CEP170P1	Q96L14	293 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	CYP26B1	Q9NR63	512 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TCHH	Q07283	1943 aa		28.88	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	WDR81	Q562E7	1941 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	LCHN	A4D1U4	455 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	MBLAC1	A4D2B0	266 aa	Predicted RBP	28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	EPOP	A6NHQ4	379 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RFXAP	O00287	272 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	BAIAP3	O94812	1187 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RFC5	P40937	340 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	GRB10	Q13322	594 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	ECM1	Q16610	540 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RUFY4	Q6ZNE9	571 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	PNMA5	Q96PV4	448 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	STK17A	Q9UEE5	414 aa		28.87	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RSPH10B2	B2RC85	870 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	EYA4	O95677	639 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RSPH10B	P0C881	870 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	IGFBP4	P22692	258 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RARRES1	P49788	294 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	KARS	Q15046	597 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	XKR9	Q5GH70	373 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	USP49	Q70CQ1	688 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TRMT1L	Q7Z2T5	733 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	ATXN2L	Q8WWM7	1075 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		28.86	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	KCNJ6	P48051	423 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TBC1D8B	Q0IIM8	1120 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	MTERF2	Q49AM1	385 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	RRAGB	Q5VZM2	374 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TAF2	Q6P1X5	1199 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	PHOSPHO2	Q8TCD6	241 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	PIGO	Q8TEQ8	1089 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		28.85	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	GAS2	O43903	313 aa	Known RBP	28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	PLCG1	P19174	1290 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	KLRC1	P26715	233 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	IGBP1	P78318	339 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	MARCH8	Q5T0T0	291 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	LIN28B	Q6ZN17	250 aa	Known RBP eCLIP	28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	SLC7A3	Q8WY07	619 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	CUEDC2	Q9H467	287 aa		28.84	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	FAM237A	A0A1B0GTK4	181 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	DGAT1	O75907	488 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TMOD1	P28289	359 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	TAP1	Q03518	808 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	CCDC85B	Q15834	202 aa	Predicted RBP	28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	PLA2G4F	Q68DD2	849 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	FAM117B	Q6P1L5	589 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	IQUB	Q8NA54	791 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	CEP89	Q96ST8	783 aa		28.83	■■■□□ 2.21
NME3-208	ENST00000565379	KAT6A	Q92794	2004 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MAF	O75444	373 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PARN	O95453	639 aa	Known RBP	28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	C22orf31	O95567	290 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	NPEPPS	P55786	919 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	MKRN4P	Q13434	485 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	BHMT2	Q9H2M3	363 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	DHX33	Q9H6R0	707 aa	Known RBP	28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	KCND2	Q9NZV8	630 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	KCNH3	Q9ULD8	1083 aa		28.82	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PRRC2B	Q5JSZ5	2229 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379		E9PMD0	336 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	GOLGA6L22	H0YM25	854 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ZBTB39	O15060	712 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	TLL1	O43897	1013 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	CAND2	O75155	1236 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	STAT6	P42226	847 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	POLG	P54098	1239 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	RPAIN	Q86UA6	219 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	RSPH3	Q86UC2	560 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	ZNF710	Q8N1W2	664 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SYT2	Q8N9I0	419 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	RAD54L	Q92698	747 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	PLIN2	Q99541	437 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	THEG	Q9P2T0	379 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	USP25	Q9UHP3	1055 aa		28.81	■■■□□ 2.2
NME3-208	ENST00000565379	SPTBN5	Q9NRC6	3674 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2

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