RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437607.1

PTPRF-208, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 788 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-208	ENST00000437607	RRN3P2	A6NIE6	340 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MAFG	O15525	162 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ITGB1	P05556	798 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	AR	P10275	920 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF76	P36508	570 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ME1	P48163	572 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	GATM	P50440	423 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	NFKBIB	Q15653	356 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ZNF174	Q15697	407 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MOXD1	Q6UVY6	613 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ADGRD2	Q7Z7M1	963 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CMTR2	Q8IYT2	770 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SPPL3	Q8TCT6	385 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	UIMC1	Q96RL1	719 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MXRA8	Q9BRK3	442 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	TMX1	Q9H3N1	280 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	IGFLR1	Q9H665	355 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC9A2	Q9UBY0	812 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PADI3	Q9ULW8	664 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	TRPV2	Q9Y5S1	764 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SQOR	Q9Y6N5	450 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	NFASC	O94856	1347 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	LAD1	O00515	517 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	WNT7A	O00755	349 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	TDP2	O95551	362 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	OR52Z1	P0C646	297 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	USP11	P51784	963 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ACTR2	P61160	394 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ATP2C1	P98194	919 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SET	Q01105	290 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ITGB3BP	Q13352	177 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SMAD4	Q13485	552 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC39A14	Q15043	492 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PTPA	Q15257	358 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PAN2	Q504Q3	1202 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	IER5	Q5VY09	327 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PLPPR4	Q7Z2D5	763 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ALYREF	Q86V81	257 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MSLNL	Q96KJ4	702 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MORC2	Q9Y6X9	1032 aa	Predicted RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	KDM3A	Q9Y4C1	1321 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MGEA5	O60502	916 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PPP6R2	O75170	966 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PRPF40A	O75400	957 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ATG7	O95352	703 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	GLP2R	O95838	553 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MARCKS	P29966	332 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	UBE2H	P62256	183 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CALCRL	Q16602	461 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	HFE2	Q6ZVN8	426 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	POTED	Q86YR6	584 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	NPAS4	Q8IUM7	802 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	KRI1	Q8N9T8	703 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	KLHL23	Q8NBE8	558 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	FTHL17	Q9BXU8	183 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CELF4	Q9BZC1	486 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	AZI2	Q9H6S1	392 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CDHR5	Q9HBB8	845 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	AGO4	Q9HCK5	861 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CLEC1B	Q9P126	229 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MUTYH	Q9UIF7	546 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CD207	Q9UJ71	328 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	RCOR1	Q9UKL0	485 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	TRPC6	Q9Y210	931 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PCDHGC5	Q9Y5F6	944 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	ZDBF2	Q9HCK1	2354 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	IGKV6D-21	A0A0A0MT36	114 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	SLC37A4	O43826	429 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MARCH6	O60337	910 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	EYA4	O95677	639 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MBD3	O95983	291 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CYP3A4	P08684	503 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	STAT5B	P51692	787 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PAK2	Q13177	524 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	PTGDR	Q13258	359 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	TMEM266	Q2M3C6	531 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	TPRN	Q4KMQ1	711 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	NAALADL2	Q58DX5	795 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	HERC4	Q5GLZ8	1057 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	RNF135	Q8IUD6	432 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	POF1B	Q8WVV4	589 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	CRYGN	Q8WXF5	182 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	FBXL18	Q96ME1	805 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	DMD	P11532	3685 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607	MYO15A	Q9UKN7	3530 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PTPRF-208	ENST00000437607		M0QZ92	97 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	MEIS1	O00470	390 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CUTA	O60888	179 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CCNE2	O96020	404 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CIITA	P33076	1130 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	PRPH	P41219	470 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	NHLH1	Q02575	133 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PTPRF-208	ENST00000437607	CEP55	Q53EZ4	464 aa		13.58	□□□□□ -0.24

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