RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636147.1

CLN3-244, Transcript of CLN3, battenin, human

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 3,832 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-244	ENST00000636147	DDB1	Q16531	1140 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC137	Q6PK04	289 aa	Known RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FAM178B	Q8IXR5	827 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SLC17A8	Q8NDX2	589 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R14C	Q8TAE6	165 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SLC35G2	Q8TBE7	412 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	LRRC8C	Q8TDW0	803 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PIGO	Q8TEQ8	1089 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TRIM4	Q9C037	500 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	OSGEP	Q9NPF4	335 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SIK3	Q9Y2K2	1263 aa		11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	USP15	Q9Y4E8	981 aa	Predicted RBP	11.92	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TOM1	O60784	492 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ATF2	P15336	505 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RASSF2	P50749	326 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GRB10	Q13322	594 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SLMAP	Q14BN4	828 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NSUN4	Q96CB9	384 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CEP95	Q96GE4	821 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CEP63	Q96MT8	703 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	UBE2T	Q9NPD8	197 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MINPP1	Q9UNW1	487 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CDK8	P49336	464 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SNAP25	P60880	206 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	KAZN	Q674X7	775 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF571	Q7Z3V5	609 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	JAML	Q86YT9	394 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	C1orf54	Q8WWF1	131 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NUDT12	Q9BQG2	462 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ERP44	Q9BS26	406 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	HOMER2	Q9NSB8	354 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NKRF	O15226	690 aa	Known RBP eCLIP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	UFL1	O94874	794 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NR3C1	P04150	777 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ELF3	P78545	371 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TCP10	Q12799	353 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF18	Q6ZSZ5	1173 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RFX8	Q6ZV50	586 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	GBP7	Q8N8V2	638 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TPCN2	Q8NHX9	752 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF653	Q96CK0	615 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RIOK1	Q9BRS2	568 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	HEMGN	Q9BXL5	484 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SEMA4A	Q9H3S1	761 aa		11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ZNF219	Q9P2Y4	722 aa	Predicted RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	11.91	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM120B	A0PK00	339 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147		F8VZ95	297 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TXNDC9	O14530	226 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SLC37A4	O43826	429 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SPAG7	O75391	227 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CA4	P22748	312 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	UBXN2A	P68543	259 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BARGIN	Q6ZT62	677 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SPATA21	Q7Z572	469 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	HOOK2	Q96ED9	719 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	BICD1	Q96G01	975 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	NUDCD1	Q96RS6	583 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ABCF3	Q9NUQ8	709 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CNOT8	Q9UFF9	292 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DCTN4	Q9UJW0	460 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ANAPC5	Q9UJX4	755 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SBDS	Q9Y3A5	250 aa	Known RBP eCLIP	11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MEGF6	O75095	1541 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CFB	P00751	764 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FECH	P22830	423 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ODR4	Q5SWX8	454 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	YTHDF3	Q7Z739	585 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	SMC6	Q96SB8	1091 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	CARD10	Q9BWT7	1032 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RASA4B	C9J798	803 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	RASA4	O43374	803 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	UPP2	O95045	317 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FGFR2	P21802	821 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	PSMC2	P35998	433 aa	Known RBP	11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	MYL7	Q01449	175 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	FUT2	Q10981	343 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	TMC3	Q7Z5M5	1100 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	DGCR8	Q8WYQ5	773 aa	Known RBP eCLIP	11.9	□□□□□ -0.5	5e-8	■■■■■ 65.3
CLN3-244	ENST00000636147	ATP6V0A4	Q9HBG4	840 aa		11.9	□□□□□ -0.5
CLN3-244	ENST00000636147	ERVV-1	B6SEH8	477 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	FTL	P02792	175 aa	Predicted RBP	11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	TNIP1	Q15025	636 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	TMEM132A	Q24JP5	1023 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	TATDN2	Q93075	761 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	FAM129A	Q9BZQ8	928 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	TXLNG	Q9NUQ3	528 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	SHBG	P04278	402 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	NQO1	P15559	274 aa	Known RBP	11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	ATF7	P17544	494 aa	Predicted RBP	11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	KLRK1	P26718	216 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	KCNJ2	P63252	427 aa		11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	IRX1	P78414	480 aa	Predicted RBP	11.89	□□□□□ -0.51
CLN3-244	ENST00000636147	CCDC62	Q6P9F0	684 aa		11.89	□□□□□ -0.51

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