RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555617.5

ABCD4-222, Transcript of ATP binding cassette subfamily D member 4, human

TSL 4

Gene ABCD4, Length 542 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ABCD4-222	ENST00000555617	PRKAB2	O43741	272 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	NRL	P54845	237 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	COLEC12	Q5KU26	742 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	PCSK4	Q6UW60	755 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	LRRC55	Q6ZSA7	311 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	CABP7	Q86V35	215 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	LCORL	Q8N3X6	602 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	CHCHD4	Q8N4Q1	142 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	PPTC7	Q8NI37	304 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	SFXN1	Q9H9B4	322 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	SETD4	Q9NVD3	440 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	CCPG1	Q9ULG6	757 aa		13.46	□□□□□ -0.25
ABCD4-222	ENST00000555617	MGA	Q8IWI9	3026 aa		13.46	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	KAT6A	Q92794	2004 aa		13.46	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	NRCAM	Q92823	1304 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	ATG2B	Q96BY7	2078 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	EPN2	O95208	641 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	SCG2	P13521	617 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CSRP1	P21291	193 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	ADAM17	P78536	824 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CERS3	Q8IU89	383 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CLEC4D	Q8WXI8	215 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	EMID1	Q96A84	441 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CLIP2	Q9UDT6	1046 aa		13.45	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	MAGEB6P1	A0A0J9YX57	407 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	SPAAR	A0A1B0GVQ0	90 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CA8	P35219	290 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	FGD1	P98174	961 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	PRKCQ	Q04759	706 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	HSDL1	Q3SXM5	330 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	C12orf60	Q5U649	245 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	HEATR6	Q6AI08	1181 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	FGF14	Q92915	247 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	NXPE3	Q969Y0	559 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	TMX1	Q9H3N1	280 aa		13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	PUF60	Q9UHX1	559 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CLUH	O75153	1309 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	IGKV6D-41	A0A0C4DH26	115 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	STAG3L1	P0CL83	205 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	BMP3	P12645	472 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	STAT2	P52630	851 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	GAS6	Q14393	721 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	TSHZ1	Q6ZSZ6	1077 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	TPRG1	Q6ZUI0	275 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CRNKL1	Q9BZJ0	848 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CHRD	Q9H2X0	955 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CCDC86	Q9H6F5	360 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	WDR6	Q9NNW5	1121 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	TSC2	P49815	1807 aa		13.43	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	FLNC	Q14315	2725 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	ZC3H11B	A0A1B0GUI2	810 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	MGEA5	O60502	916 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	FDX1	P10109	184 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	FGFR1	P11362	822 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	LAMP2	P13473	410 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	LAG3	P18627	525 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	RPS6	P62753	249 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	KCNT2	Q6UVM3	1135 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	PARM1	Q6UWI2	310 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	BCAS3	Q9H6U6	928 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	C2orf42	Q9NWW7	574 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	PRR12	Q9ULL5	1215 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	COL4A2	P08572	1712 aa		13.42	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	NUP205	Q92621	2012 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617		K7ESF4	209 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	WISP1	O95388	367 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CXCL14	O95715	111 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	RASA1	P20936	1047 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	MPL	P40238	635 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	RAP1GAP	P47736	663 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	SLFN13	Q68D06	897 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CEP68	Q76N32	757 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	WWC1	Q8IX03	1113 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	GLG1	Q92896	1179 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	DNHD1	Q96M86	4753 aa		13.41	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	KIF26A	Q9ULI4	1882 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	MYB	P10242	640 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	RIPPLY3	P57055	190 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	SLFNL1	Q499Z3	407 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	C15orf39	Q6ZRI6	1047 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	KBTBD6	Q86V97	674 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	FAM181A	Q8N9Y4	354 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	STAG1	Q8WVM7	1258 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	SPIRE2	Q8WWL2	714 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	ZBP1	Q9H171	429 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	LRFN2	Q9ULH4	789 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	WDR81	Q562E7	1941 aa		13.4	□□□□□ -0.26
ABCD4-222	ENST00000555617	PTPRB	P23467	1997 aa		13.4	□□□□□ -0.27
ABCD4-222	ENST00000555617	LNP1	A1A4G5	178 aa		13.39	□□□□□ -0.27
ABCD4-222	ENST00000555617		H3BRB1	525 aa		13.39	□□□□□ -0.27
ABCD4-222	ENST00000555617	CDX4	O14627	284 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
ABCD4-222	ENST00000555617	ICAM1	P05362	532 aa		13.39	□□□□□ -0.27

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