RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000553437.1

CCDC88C-206, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, human

TSL 2

Gene CCDC88C, Length 550 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CCDC88C-206	ENST00000553437	SWSAP1	Q6NVH7	229 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MIS18BP1	Q6P0N0	1132 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	POTEB	Q6S5H4	581 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MOXD1	Q6UVY6	613 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	HERC6	Q8IVU3	1022 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SMAP1	Q8IYB5	467 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ATP8B4	Q8TF62	1192 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TRAPPC12	Q8WVT3	735 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	WASF1	Q92558	559 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	GJA10	Q969M2	543 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	RIT2	Q99578	217 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	NKX2-4	Q9H2Z4	354 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ZNF302	Q9NR11	478 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TRPC6	Q9Y210	931 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PCDHA10	Q9Y5I2	948 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MYH7B	A7E2Y1	1941 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ZBTB42	B2RXF5	422 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	BACH1	O14867	736 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PSMD10	O75832	226 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	XBP1	P17861	261 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	DEFB103A	P81534	67 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	IKBKE	Q14164	716 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	FAM160B1	Q5W0V3	765 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PDXDC2P	Q6P474	469 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MTHFD1L	Q6UB35	978 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	B3GNT9	Q6UX72	402 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ETNPPL	Q8TBG4	499 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	DNAJB3	Q8WWF6	145 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MYLIP	Q8WY64	445 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TNPO1	Q92973	898 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TNFRSF25	Q93038	417 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PCDHA2	Q9Y5H9	948 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	CCDC194	A0A1B0GVG4	234 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	WDR64	B1ANS9	1081 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SLC37A4	O43826	429 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	HBP1	O60381	514 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	GAS7	O60861	476 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	EFCAB14	O75071	495 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ARHGEF15	O94989	841 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PSAP	P07602	524 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	KCNJ6	P48051	423 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	NR5A1	Q13285	461 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PPP4R3A	Q6IN85	833 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LIN28B	Q6ZN17	250 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PIK3AP1	Q6ZUJ8	805 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TMCO2	Q7Z6W1	182 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	UNC45A	Q9H3U1	944 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SLC28A3	Q9HAS3	691 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	DISC1	Q9NRI5	854 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	GABBR1	Q9UBS5	961 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	IGSF9B	Q9UPX0	1349 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	DOCK5	Q9H7D0	1870 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SCN5A	Q14524	2016 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SMIM35	A0A1B0GVV1	85 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	FAM205C	A6NFA0	338 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ZNF862	O60290	1169 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	CA3	P07451	260 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	KLRC1	P26715	233 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MRPS6	P82932	125 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LPIN1	Q14693	890 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LETM2	Q2VYF4	491 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ZNF484	Q5JVG2	852 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	FBXO47	Q5MNV8	452 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LRCH2	Q5VUJ6	765 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	NEK8	Q86SG6	692 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	RSPH3	Q86UC2	560 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TET1	Q8NFU7	2136 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SEPT8	Q92599	483 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TEKT3	Q9BXF9	490 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	FAM49A	Q9H0Q0	323 aa	Predicted RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	CDY2A	Q9Y6F7	541 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TANC1	Q9C0D5	1861 aa		11.61	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	COL1A2	P08123	1366 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LOC101059915	A0A1B0GWI6	518 aa	Predicted RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	LCHN	A4D1U4	455 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	BTBD18	B2RXH4	712 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	CHMP2A	O43633	222 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	GJB5	O95377	273 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	C22orf31	O95567	290 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	MMP1	P03956	469 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	RPLP2	P05387	115 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	GHR	P10912	638 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	GCFC2	P16383	781 aa	Known RBP	11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	SFN	P31947	248 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	KRT2	P35908	639 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	JAK3	P52333	1124 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	TAP1	Q03518	808 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	ADGRE1	Q14246	886 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	UGCG	Q16739	394 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	PPP2R2D	Q66LE6	453 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	KRT40	Q6A162	431 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	KIAA0319L	Q8IZA0	1049 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	NME8	Q8N427	588 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	RDM1	Q8NG50	284 aa		11.6	□□□□□ -0.55
CCDC88C-206	ENST00000553437	HAS1	Q92839	578 aa		11.6	□□□□□ -0.55

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