RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000470531.5

CHD3-208, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 3, human

TSL 2

Gene CHD3, Length 3,744 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD3-208	ENST00000470531	SHROOM1	Q2M3G4	852 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	KCNV1	Q6PIU1	500 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	UNC13D	Q70J99	1090 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SLF2	Q8IX21	1173 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ADGRF4	Q8IZF3	695 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ANKS4B	Q8N8V4	417 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	MICAL1	Q8TDZ2	1067 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	FGFBP2	Q9BYJ0	223 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	NUCKS1	Q9H1E3	243 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RASA1	P20936	1047 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	KCNA1	Q09470	495 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	INTS5	Q6P9B9	1019 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	TTC16	Q8NEE8	873 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	KCNV2	Q8TDN2	545 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	LMBR1	Q8WVP7	490 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	HAUS1	Q96CS2	278 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	FAM84A	Q96KN4	292 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CCT8L2	Q96SF2	557 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SERPINB13	Q9UIV8	391 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RPL17-C18orf32	A0A0A6YYL6	228 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ARHGEF35	A5YM69	484 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PGRMC1	O00264	195 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SERPING1	P05155	500 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	MYB	P10242	640 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	LSP1	P33241	339 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	GKAP1	Q5VSY0	366 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CCDC97	Q96F63	343 aa	Predicted RBP	11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PPP1R12C	Q9BZL4	782 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	OSGEP	Q9NPF4	335 aa		11.64	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PLCG2	P16885	1265 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	GCLM	P48507	274 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PSMC6	P62333	389 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CYP2W1	Q8TAV3	490 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CASKIN2	Q8WXE0	1202 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	UBE2T	Q9NPD8	197 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	HAUS2	Q9NVX0	235 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	DBR1	Q9UK59	544 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PNMA2	Q9UL42	364 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ZC3H4	Q9UPT8	1303 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	POC1B-GALNT4	F8VUJ3	575 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	GAS7	O60861	476 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	FAM182A	Q5T1J6	154 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	AADACL2	Q6P093	401 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	FAM186B	Q8IYM0	893 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RAD54L	Q92698	747 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ZNF668	Q96K58	619 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	BTBD6	Q96KE9	485 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ACP6	Q9NPH0	428 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	C5	P01031	1676 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SEPT2	Q15019	361 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PDXDC1	Q6P996	788 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RUFY4	Q6ZNE9	571 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SPATA20	Q8TB22	786 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	ARHGEF1	Q92888	912 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	INTS9	Q9NV88	658 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	NOC2L	Q9Y3T9	749 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	DAAM1	Q9Y4D1	1078 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		11.63	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PDE4DIP	Q5VU43	2346 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531		H0Y3Z8	333 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	EIF3H	O15372	352 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55	5e-6	■■■□□ 14.9
CHD3-208	ENST00000470531	AFP	P02771	609 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	AARS	P49588	968 aa	Known RBP eCLIP	11.62	□□□□□ -0.55	1e-6	■■■■■ 36.1
CHD3-208	ENST00000470531	ICA1	Q05084	483 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	GRB10	Q13322	594 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	GRM4	Q14833	912 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	TTMP	Q5BVD1	217 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	LMBRD2	Q68DH5	695 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	NLRP14	Q86W24	1093 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CREG2	Q8IUH2	290 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	N4BP2L2	Q92802	583 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CD209	Q9NNX6	404 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RABGAP1	Q9Y3P9	1069 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	RIC1	Q4ADV7	1423 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531		K7ENM7	598 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PPP1R12A	O14974	1030 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CAND2	O75155	1236 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CALCA	P01258	141 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PSMD2	Q13200	908 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SEL1L2	Q5TEA6	688 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	NAIF1	Q69YI7	327 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	KIF2B	Q8N4N8	673 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	FMO2	Q99518	471 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PLCB1	Q9NQ66	1216 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	TMOD2	Q9NZR1	351 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	MTRF1L	Q9UGC7	380 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	TTC7A	Q9ULT0	858 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531		A0A1W2PQC6	194 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	CALU	O43852	315 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	SKAP2	O75563	359 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	TNIP1	Q15025	636 aa		11.62	□□□□□ -0.55
CHD3-208	ENST00000470531	PPP1R18	Q6NYC8	613 aa		11.62	□□□□□ -0.55

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