RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF4A	O95239	1232 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	CES1	P23141	567 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	IARS	P41252	1262 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	HDLBP	Q00341	1268 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	HYAL2	Q12891	473 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT40	Q6A162	431 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	RCSD1	Q6JBY9	416 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM173B	Q6P4H8	233 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	HHIPL2	Q6UWX4	724 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	ADAMTSL4	Q6UY14	1074 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	NFXL1	Q6ZNB6	911 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	CD163	Q86VB7	1156 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	MICU3	Q86XE3	530 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	FANCB	Q8NB91	859 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00301	Q8NCQ3	95 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNG4	Q8TDN1	519 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	ALKBH8	Q96BT7	664 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	MRRF	Q96E11	262 aa	Known RBP	6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	USP28	Q96RU2	1077 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	EYA3	Q99504	573 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	ALG1	Q9BT22	464 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	RNF19A	Q9NV58	838 aa		6.4	□□□□□ -1.38
ATG4A-208	ENST00000489247	TAF1	P21675	1872 aa		6.4	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	COL11A2	P13942	1736 aa	Predicted RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP2D7	A0A087X1C5	515 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PNMA6F	A0A0J9YX94	578 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SYCE3	A1L190	88 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MINDY4B	A8MYZ0	360 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF28P	B7ZC32	967 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SMIM22	K7EJ46	135 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PRPF3	O43395	683 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DTNB	O60941	627 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PPP6R2	O75170	966 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPA1	O75762	1119 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GHRH	P01286	108 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MMP1	P03956	469 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	POLR3D	P05423	398 aa	Predicted RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	LIG1	P18858	919 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SMARCA1	P28370	1054 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GABPA	Q06546	454 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SSRP1	Q08945	709 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC173	Q0VFZ6	552 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	HS1BP3	Q53T59	392 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	MFSD14B	Q5SR56	506 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	IFIT1B	Q5T764	474 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ADAL	Q6DHV7	355 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	C16orf86	Q6ZW13	317 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TMTC3	Q6ZXV5	915 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CEP120	Q8N960	986 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ENGASE	Q8NFI3	743 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SH3RF3	Q8TEJ3	882 aa	Predicted RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FBXO41	Q8TF61	875 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NOL10	Q9BSC4	688 aa	Known RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	RBSN	Q9H1K0	784 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXP1	Q9H334	677 aa	Predicted RBP	6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TSPY26P	Q9H489	355 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF287	Q9HBT7	754 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	STK32B	Q9NY57	414 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FRRS1L	Q9P0K9	344 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SALL4	Q9UJQ4	1053 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM33	Q9UPN9	1127 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		6.39	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247		H0YIN7	160 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	EIF1AY	O14602	144 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CTAGE5	O15320	804 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PHACTR2	O75167	634 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CAVIN2	O95810	425 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP2D6	P10635	497 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	BTD	P43251	543 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAQ	P50148	359 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM160A1	Q05DH4	1040 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SNW1	Q13573	536 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SLC39A14	Q15043	492 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PTPA	Q15257	358 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ENOX2	Q16206	610 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PKN1	Q16512	942 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	RRP12	Q5JTH9	1297 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	AXDND1	Q5T1B0	1012 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	STRIP1	Q5VSL9	837 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ANO1	Q5XXA6	986 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	GDF6	Q6KF10	455 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CATIP	Q7Z7H3	387 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NCAPG2	Q86XI2	1143 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DMRTC2	Q8IXT2	367 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	AMOTL1	Q8IY63	956 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOA2	Q8IYF1	753 aa	Predicted RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CERS5	Q8N5B7	392 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PHKB	Q93100	1093 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	HHIP	Q96QV1	700 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	CSRNP1	Q96S65	589 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	DUSP9	Q99956	384 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	PANK2	Q9BZ23	570 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	NUP62CL	Q9H1M0	184 aa		6.38	□□□□□ -1.39
ATG4A-208	ENST00000489247	EHD4	Q9H223	541 aa		6.38	□□□□□ -1.39

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