RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 IWS1Q96ST2 819 aa26.13■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 SENP2Q9HC62 589 aa26.13■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 COL20A1Q9P218 1284 aa26.13■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 COL6A3P12111 3177 aa26.12■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 SMAD3P84022 425 aaKnown RBP26.12■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 STXBP2Q15833 593 aa26.12■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF16Q5VV41 709 aa26.12■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 CATIPQ7Z7H3 387 aa26.12■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 PCDHA1Q9Y5I3 950 aa26.12■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 PURAQ00577 322 aaKnown RBP26.11■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 TRAF1Q13077 416 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 ZNF697Q5TEC3 545 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 HOMER1Q86YM7 354 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 COPS5Q92905 334 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 TRPV6Q9H1D0 765 aa26.11■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 KPNA6O60684 536 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 CSF2RAP15509 400 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 CYP2C18P33260 490 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 TROAPQ12815 778 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 SEPT14Q6ZU15 432 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 CENPQQ7L2Z9 268 aaPredicted RBP26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 MB21D2Q8IYB1 491 aaPredicted RBP26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 IGDCC4Q8TDY8 1250 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 FAM161BQ96MY7 647 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 MTG1Q9BT17 334 aaPredicted RBP26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 HIPK3Q9H422 1215 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 RIOX1Q9H6W3 641 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 STXBP5LQ9Y2K9 1186 aa26.1■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 A6NJR5 290 aa26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 PPP1R11O60927 126 aaPredicted RBP26.09■■□□□ 1.77
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CLN3-232ENST00000568443 ANTXR2P58335 489 aa26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 PIGSQ96S52 555 aa26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 BUD13Q9BRD0 619 aaKnown RBP eCLIP26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 ESYT1Q9BSJ8 1104 aa26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 LSG1Q9H089 658 aaKnown RBP26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 MAP3K20Q9NYL2 800 aaKnown RBP26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 BAZ2BQ9UIF8 2168 aaKnown RBP26.09■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 OPLAHO14841 1288 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 B4GALT4O60513 344 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 ARIH2O95376 493 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 HSD17B4P51659 736 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 CCDC62Q6P9F0 684 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 CASC1Q6TDU7 716 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 ALDH8A1Q9H2A2 487 aaPredicted RBP26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 PXMP2Q9NR77 195 aa26.08■■□□□ 1.77
CLN3-232ENST00000568443 PNMA6FA0A0J9YX94 578 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 EIF3JO75822 258 aaKnown RBP26.07■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 NR3C2P08235 984 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SLC35G1Q2M3R5 365 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 C16orf59Q7L2K0 433 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SAMD3Q8N6K7 520 aa26.07■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 GH1P01241 217 aa26.06■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SUPT20HL2P0C7V6 817 aa26.06■■□□□ 1.76
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CLN3-232ENST00000568443 HSFX4A0A1B0GTS1 333 aaPredicted RBP26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 HSFX3A0A1B0GWH4 333 aaPredicted RBP26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SLC27A2O14975 620 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 PRC1O43663 620 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 CYTH3O43739 400 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 ACRP10323 421 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 MCM5P33992 734 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 NBPF20Q3BBV1 942 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 BMP2KLQ5H9B9 411 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 FAM47CQ5HY64 1035 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 PSRC1Q6PGN9 363 aaPredicted RBP26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 TMTC2Q8N394 836 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SLC17A8Q8NDX2 589 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SEMA6BQ9H3T3 888 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 LY9Q9HBG7 655 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 IL23AQ9NPF7 189 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 ANO2Q9NQ90 1003 aa26.05■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP26.04■■□□□ 1.76
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CLN3-232ENST00000568443 MYCLP12524 364 aaPredicted RBP26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 HOXA13P31271 388 aaPredicted RBP26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 NFXL1Q6ZNB6 911 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 ZNF365Q70YC5 407 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 ZNF654Q8IZM8 581 aa26.04■■□□□ 1.76
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CLN3-232ENST00000568443 AFG1LQ8WV93 481 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 GUCD1Q96NT3 240 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 MAP3K14Q99558 947 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 TRMT13Q9NUP7 481 aaKnown RBP26.04■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 DDAH1O94760 285 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 KIF5BP33176 963 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 CCL23P55773 120 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 CREB3L3Q68CJ9 461 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 SKAP1Q86WV1 359 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 PIBF1Q8WXW3 757 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 TMEM87BQ96K49 555 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 DDX41Q9UJV9 622 aaKnown RBP26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 MRVI1Q9Y6F6 885 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 KIAA1217Q5T5P2 1943 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 UMODL1Q5DID0 1318 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-232ENST00000568443 CCDC69A6NI79 296 aa26.02■■□□□ 1.76
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