RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	RGPD4	Q7Z3J3	1758 aa		6.99	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CYP3A7-CYP3A51P	A0A087WV96	503 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CTAGE9	A4FU28	777 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TRIM49B	A6NDI0	452 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TBX3	O15119	743 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SLC37A4	O43826	429 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	EDIL3	O43854	480 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ENTPD3	O75355	529 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	KIF20A	O95235	890 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TDP2	O95551	362 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TUBB	P07437	444 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CYP3A7	P24462	503 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CYLC1	P35663	651 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ARHGAP25	P42331	645 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TXK	P42681	527 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	MTIF2	P46199	727 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TNNI2	P48788	182 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	MMP14	P50281	582 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	USP11	P51784	963 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PMS1	P54277	932 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	KRT83	P78385	493 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ZBED6	P86452	979 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	EHHADH	Q08426	723 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	DACT2	Q5SW24	774 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TATDN1	Q6P1N9	297 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TMCO3	Q6UWJ1	677 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM179	Q6ZVK1	233 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SRGAP1	Q7Z6B7	1085 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	COL23A1	Q86Y22	540 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC170	Q8IYT3	715 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	KIAA0895	Q8NCT3	520 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	GMCL1P1	Q8NEA9	526 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SNX29	Q8TEQ0	813 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	LRRC15	Q8TF66	581 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	COA7	Q96BR5	231 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	GMCL1	Q96IK5	515 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	NAPG	Q99747	312 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TSG101	Q99816	390 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	EDEM3	Q9BZQ6	932 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PI4KB	Q9UBF8	816 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	DDX25	Q9UHL0	483 aa	Known RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SERPINA10	Q9UK55	444 aa		6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	EPN1	Q9Y6I3	576 aa	Predicted RBP	6.98	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TTC26	A0AVF1	554 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	MYMK	A6NI61	221 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	EIF3CL	B5ME19	914 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	USP17L10	C9JJH3	530 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472		F8W031	263 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PPP1R11	O60927	126 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ZRANB2	O95218	330 aa	Known RBP eCLIP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	NDUFA10	O95299	355 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	GNA14	O95837	355 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	FOS	P01100	380 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	MMP10	P09238	476 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PRKCSH	P14314	528 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	HNRNPH3	P31942	346 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SCNN1D	P51172	638 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CLCN6	P51797	869 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CBX1	P83916	185 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TBC1D8B	Q0IIM8	1120 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	STK4	Q13043	487 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	BRD3	Q15059	726 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	MAN2A1	Q16706	1144 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	DOK7	Q18PE1	504 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CERKL	Q49MI3	558 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF569	Q5MCW4	686 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	HAUS3	Q68CZ6	603 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	SLFN13	Q68D06	897 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ANKRD40	Q6AI12	368 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	C2CD5	Q86YS7	1000 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TXLNB	Q8N3L3	684 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	LRRN4CL	Q8ND94	238 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CNKSR1	Q969H4	720 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	CEP63	Q96MT8	703 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PLIN2	Q99541	437 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	EIF3C	Q99613	913 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	NOC4L	Q9BVI4	516 aa	Known RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TRIM34	Q9BYJ4	488 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ANO3	Q9BYT9	981 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	TSGA10	Q9BZW7	698 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	DNAJC18	Q9H819	358 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PSTPIP2	Q9H939	334 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	KCNMB3	Q9NPA1	279 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	NOL12	Q9UGY1	213 aa	Known RBP eCLIP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	MAPK8IP1	Q9UQF2	711 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472		V9GYY5	206 aa	Predicted RBP	6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	PITPNM2	Q9BZ72	1349 aa		6.97	□□□□□ -1.29
CLN3-223	ENST00000566472	ANO9	A1A5B4	782 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC151	A5D8V7	595 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLN3-223	ENST00000566472		B4DLN1	442 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLN3-223	ENST00000566472		H0YIN7	160 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLN3-223	ENST00000566472	PSMD14	O00487	310 aa		6.96	□□□□□ -1.3
CLN3-223	ENST00000566472	MPHOSPH10	O00566	681 aa	Known RBP	6.96	□□□□□ -1.3
CLN3-223	ENST00000566472	ECE2	O60344	883 aa		6.96	□□□□□ -1.3

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