RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472398.5

TTC3-214, Transcript of tetratricopeptide repeat domain 3, human

TSL 1 (best)

Gene TTC3, Length 2,305 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TTC3-214	ENST00000472398	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SLC14A2	Q15849	920 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TBC1D25	Q3MII6	688 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TTLL5	Q6EMB2	1281 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SYDE1	Q6ZW31	735 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SDCCAG8	Q86SQ7	713 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ZBTB46	Q86UZ6	589 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC116	Q8IYX3	515 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CBARP	Q8N350	705 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	USP38	Q8NB14	1042 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TNIP2	Q8NFZ5	429 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SSH3	Q8TE77	659 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	COG1	Q8WTW3	980 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	RTF1	Q92541	710 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MAML1	Q92585	1016 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SGCD	Q92629	289 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SEC16B	Q96JE7	1060 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MAK16	Q9BXY0	300 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TSPYL1	Q9H0U9	437 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SEMA4A	Q9H3S1	761 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	VEZT	Q9HBM0	779 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ABCF3	Q9NUQ8	709 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	DNAAF2	Q9NVR5	837 aa	Known RBP	3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TOR4A	Q9NXH8	423 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PCDHGB5	Q9Y5G0	923 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TLL2	Q9Y6L7	1015 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TMEM94	Q12767	1356 aa		3.66	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PLOD2	O00469	737 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ZBTB39	O15060	712 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PDPK1	O15530	556 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CYP11B2	P19099	503 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CD9	P21926	228 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MATR3	P43243	847 aa	Known RBP eCLIP	3.65	□□□□□ -1.82	3e-8	■■□□□ 13.3
TTC3-214	ENST00000472398	TM4SF4	P48230	202 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PLCB3	Q01970	1234 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	AKAP17A	Q02040	695 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	AP3B2	Q13367	1082 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PPP2R5D	Q14738	602 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	DDR2	Q16832	855 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MUM1L1	Q5H9M0	696 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	RETSAT	Q6NUM9	610 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CRTC1	Q6UUV9	634 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ABRAXAS1	Q6UWZ7	409 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MTERF4	Q7Z6M4	381 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF619	Q8N2I2	560 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	SNIP1	Q8TAD8	396 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ADAMTS18	Q8TE60	1221 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	NINJ1	Q92982	152 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	DDX11	Q96FC9	970 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	RMDN2	Q96LZ7	410 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TARS2	Q9BW92	718 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	KLF16	Q9BXK1	252 aa	Predicted RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	TOPORS	Q9NS56	1045 aa	Predicted RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	ETAA1	Q9NY74	926 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MTRR	Q9UBK8	725 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MAPK8IP1	Q9UQF2	711 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	JAG2	Q9Y219	1238 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	CRYL1	Q9Y2S2	319 aa		3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	MTF2	Q9Y483	593 aa	Predicted RBP	3.65	□□□□□ -1.82
TTC3-214	ENST00000472398	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	SLC7A4	O43246	635 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	FZD6	O60353	706 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	BRINP1	O60477	761 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	TLR5	O60602	858 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	GFRA3	O60609	400 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	ZNF254	O75437	659 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	CYP11A1	P05108	521 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	NR3C2	P08235	984 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	PC	P11498	1178 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	IMPDH2	P12268	514 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	FSHR	P23945	695 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	TNNT3	P45378	269 aa	Predicted RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	NOP2	P46087	812 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	TPD52	P55327	224 aa	Predicted RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	AP2B1	P63010	937 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	GTF2I	P78347	998 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	IL1RL1	Q01638	556 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	PPP2R3A	Q06190	1150 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	SGCG	Q13326	291 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	SSPN	Q14714	243 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	ANKRD1	Q15327	319 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	MEA1	Q16626	185 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	MMEL1	Q495T6	779 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	TTC31	Q49AM3	519 aa	Predicted RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	HEATR6	Q6AI08	1181 aa	Known RBP	3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC81	Q6ZN84	652 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	TRIM67	Q6ZTA4	783 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	ERMP1	Q7Z2K6	904 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	GPR155	Q7Z3F1	870 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC65	Q8IXS2	484 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		3.65	□□□□□ -1.83
TTC3-214	ENST00000472398	MSANTD4	Q8NCY6	345 aa		3.65	□□□□□ -1.83

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