RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000616074.4

TRAPPC3-208, Transcript of trafficking protein particle complex 3, human

TSL 5 BASIC

Gene TRAPPC3, Length 1,114 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	34.16	■■■■□ 3.06
TRAPPC3-208	ENST00000616074	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		34.15	■■■■□ 3.06
TRAPPC3-208	ENST00000616074	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	34.15	■■■■□ 3.06
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		34.14	■■■■□ 3.06
TRAPPC3-208	ENST00000616074	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	34.14	■■■■□ 3.06
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	34.14	■■■■□ 3.06
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	34.09	■■■■□ 3.05
TRAPPC3-208	ENST00000616074	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		34.08	■■■■□ 3.05
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CLIP1	P30622	1438 aa		34.07	■■■■□ 3.04
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		34.04	■■■■□ 3.04
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		34.03	■■■■□ 3.04
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		34	■■■■□ 3.03
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		33.99	■■■■□ 3.03
TRAPPC3-208	ENST00000616074	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		33.98	■■■■□ 3.03
TRAPPC3-208	ENST00000616074	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		33.97	■■■■□ 3.03
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ATP10A	O60312	1499 aa		33.96	■■■■□ 3.03
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		33.96	■■■■□ 3.03
TRAPPC3-208	ENST00000616074	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		33.95	■■■■□ 3.02
TRAPPC3-208	ENST00000616074	KDM5C	P41229	1560 aa		33.94	■■■■□ 3.02
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MLEC	Q14165	292 aa		33.94	■■■■□ 3.02
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PREX2	Q70Z35	1606 aa		33.93	■■■■□ 3.02
TRAPPC3-208	ENST00000616074	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		33.9	■■■■□ 3.02
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		33.9	■■■■□ 3.02
TRAPPC3-208	ENST00000616074	AFAP1	Q8N556	730 aa		33.88	■■■■□ 3.01
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		33.88	■■■■□ 3.01
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		33.85	■■■■□ 3.01
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ABCC1	P33527	1531 aa		33.84	■■■■□ 3.01
TRAPPC3-208	ENST00000616074	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		33.84	■■■■□ 3.01
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		33.83	■■■■□ 3.01
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ABCA6	Q8N139	1617 aa		33.8	■■■■□ 3
TRAPPC3-208	ENST00000616074	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		33.78	■■■■□ 3
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		33.77	■■■■□ 3
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		33.77	■■■■□ 3
TRAPPC3-208	ENST00000616074	RERE	Q9P2R6	1566 aa		33.77	■■■■□ 3
TRAPPC3-208	ENST00000616074	HSPA2	P54652	639 aa		33.76	■■■□□ 2.99
TRAPPC3-208	ENST00000616074	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		33.69	■■■□□ 2.98
TRAPPC3-208	ENST00000616074	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		33.68	■■■□□ 2.98
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		33.68	■■■□□ 2.98
TRAPPC3-208	ENST00000616074	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	33.67	■■■□□ 2.98
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	33.65	■■■□□ 2.98
TRAPPC3-208	ENST00000616074	AGL	P35573	1532 aa		33.63	■■■□□ 2.97
TRAPPC3-208	ENST00000616074	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		33.63	■■■□□ 2.97
TRAPPC3-208	ENST00000616074	FBXO41	Q8TF61	875 aa		33.62	■■■□□ 2.97
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	33.62	■■■□□ 2.97
TRAPPC3-208	ENST00000616074	C3	P01024	1663 aa		33.57	■■■□□ 2.96
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		33.54	■■■□□ 2.96
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		33.53	■■■□□ 2.96
TRAPPC3-208	ENST00000616074	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	33.52	■■■□□ 2.96
TRAPPC3-208	ENST00000616074	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	33.51	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	33.5	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		33.5	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CEP162	Q5TB80	1403 aa		33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	33.49	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ATP7A	Q04656	1500 aa		33.48	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		33.48	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	TIAM1	Q13009	1591 aa		33.47	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	33.47	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	33.46	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	33.46	■■■□□ 2.95
TRAPPC3-208	ENST00000616074	STRC	Q7RTU9	1775 aa		33.44	■■■□□ 2.94
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		33.42	■■■□□ 2.94
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PLXNC1	O60486	1568 aa		33.4	■■■□□ 2.94
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MROH2A	A6NES4	1674 aa		33.39	■■■□□ 2.94
TRAPPC3-208	ENST00000616074	A2M	P01023	1474 aa		33.36	■■■□□ 2.93
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	33.35	■■■□□ 2.93
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		33.32	■■■□□ 2.92
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MBD5	Q9P267	1494 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CERK	Q8TCT0	537 aa		33.31	■■■□□ 2.92
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	33.31	■■■□□ 2.92
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ZMYM3	Q14202	1370 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TRAPPC3-208	ENST00000616074	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		33.27	■■■□□ 2.92
TRAPPC3-208	ENST00000616074	NPAT	Q14207	1427 aa		33.26	■■■□□ 2.91
TRAPPC3-208	ENST00000616074	NCOA2	Q15596	1464 aa		33.25	■■■□□ 2.91
TRAPPC3-208	ENST00000616074	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		33.2	■■■□□ 2.91
TRAPPC3-208	ENST00000616074	GGT6	Q6P531	493 aa		33.2	■■■□□ 2.91
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PTPRT	O14522	1441 aa		33.19	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		33.19	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	NCOA1	Q15788	1441 aa		33.18	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		33.17	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		33.16	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		33.15	■■■□□ 2.9
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PTPRK	Q15262	1439 aa		33.13	■■■□□ 2.89
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	33.13	■■■□□ 2.89
TRAPPC3-208	ENST00000616074	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	33.11	■■■□□ 2.89
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		33.1	■■■□□ 2.89
TRAPPC3-208	ENST00000616074	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		33.09	■■■□□ 2.89
TRAPPC3-208	ENST00000616074	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		33.07	■■■□□ 2.88
TRAPPC3-208	ENST00000616074	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	33.07	■■■□□ 2.88
TRAPPC3-208	ENST00000616074	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		33.04	■■■□□ 2.88
TRAPPC3-208	ENST00000616074	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		33.03	■■■□□ 2.88
TRAPPC3-208	ENST00000616074	KIF3B	O15066	747 aa		33	■■■□□ 2.87
TRAPPC3-208	ENST00000616074	PLA2R1	Q13018	1463 aa		32.99	■■■□□ 2.87
TRAPPC3-208	ENST00000616074	MAP3K1	Q13233	1512 aa		32.98	■■■□□ 2.87
TRAPPC3-208	ENST00000616074	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		32.98	■■■□□ 2.87
TRAPPC3-208	ENST00000616074	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		32.97	■■■□□ 2.87
TRAPPC3-208	ENST00000616074	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		32.96	■■■□□ 2.87

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