RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586813.5

TRAF4-216, Transcript of TNF receptor associated factor 4, humanhuman

TSL 3

Gene TRAF4, Length 789 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAF4-216ENST00000586813 MAGI2Q86UL8 1455 aa31.93■■■□□ 2.7
TRAF4-216ENST00000586813 POGZQ7Z3K3 1410 aa31.92■■■□□ 2.7
TRAF4-216ENST00000586813 YEATS2Q9ULM3 1422 aa31.92■■■□□ 2.7
TRAF4-216ENST00000586813 SCAPERQ9BY12 1400 aa31.9■■■□□ 2.7
TRAF4-216ENST00000586813 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP31.89■■■□□ 2.7
TRAF4-216ENST00000586813 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP31.88■■■□□ 2.69
TRAF4-216ENST00000586813 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP31.85■■■□□ 2.69
TRAF4-216ENST00000586813 CLIP1P30622 1438 aa31.83■■■□□ 2.69
TRAF4-216ENST00000586813 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa31.81■■■□□ 2.68
TRAF4-216ENST00000586813 ARHGAP5Q13017 1502 aa31.8■■■□□ 2.68
TRAF4-216ENST00000586813 LMTK3Q96Q04 1460 aa31.8■■■□□ 2.68
TRAF4-216ENST00000586813 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa31.8■■■□□ 2.68
TRAF4-216ENST00000586813 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa31.78■■■□□ 2.68
TRAF4-216ENST00000586813 CCDC18Q5T9S5 1454 aa31.76■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa31.75■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa31.75■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 KDM5CP41229 1560 aa31.74■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 PREX2Q70Z35 1606 aa31.74■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 ATP10AO60312 1499 aa31.73■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 C9orf84Q5VXU9 1444 aa31.73■■■□□ 2.67
TRAF4-216ENST00000586813 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa31.69■■■□□ 2.66
TRAF4-216ENST00000586813 FYCO1Q9BQS8 1478 aa31.66■■■□□ 2.66
TRAF4-216ENST00000586813 MLECQ14165 292 aa31.66■■■□□ 2.66
TRAF4-216ENST00000586813 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa31.65■■■□□ 2.66
TRAF4-216ENST00000586813 ABCC1P33527 1531 aa31.64■■■□□ 2.66
TRAF4-216ENST00000586813 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa31.64■■■□□ 2.65
TRAF4-216ENST00000586813 ITSN2Q9NZM3 1697 aa31.64■■■□□ 2.65
TRAF4-216ENST00000586813 PLPPR3Q6T4P5 718 aa31.62■■■□□ 2.65
TRAF4-216ENST00000586813 AFAP1Q8N556 730 aa31.61■■■□□ 2.65
TRAF4-216ENST00000586813 ABCA6Q8N139 1617 aa31.6■■■□□ 2.65
TRAF4-216ENST00000586813 REREQ9P2R6 1566 aa31.6■■■□□ 2.65
TRAF4-216ENST00000586813 MLH3Q9UHC1 1453 aa31.56■■■□□ 2.64
TRAF4-216ENST00000586813 PREX1Q8TCU6 1659 aa31.54■■■□□ 2.64
TRAF4-216ENST00000586813 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa31.53■■■□□ 2.64
TRAF4-216ENST00000586813 HSPA2P54652 639 aa31.53■■■□□ 2.64
TRAF4-216ENST00000586813 MYT1LQ9UL68 1186 aa31.51■■■□□ 2.63
TRAF4-216ENST00000586813 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa31.49■■■□□ 2.63
TRAF4-216ENST00000586813 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa31.47■■■□□ 2.63
TRAF4-216ENST00000586813 FBXO41Q8TF61 875 aa31.47■■■□□ 2.63
TRAF4-216ENST00000586813 AGLP35573 1532 aa31.45■■■□□ 2.63
TRAF4-216ENST00000586813 SYCP2Q9BX26 1530 aa31.42■■■□□ 2.62
TRAF4-216ENST00000586813 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP31.42■■■□□ 2.62
TRAF4-216ENST00000586813 C3P01024 1663 aa31.41■■■□□ 2.62
TRAF4-216ENST00000586813 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP31.4■■■□□ 2.62
TRAF4-216ENST00000586813 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP31.36■■■□□ 2.61
TRAF4-216ENST00000586813 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP31.35■■■□□ 2.61
TRAF4-216ENST00000586813 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa31.32■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP31.3■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 STRCQ7RTU9 1775 aa31.3■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa31.3■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 MTUS2Q5JR59 1369 aa31.3■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 CCNB3Q8WWL7 1395 aa31.29■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 ATP7AQ04656 1500 aa31.29■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP31.28■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa31.28■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa31.27■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 TIAM1Q13009 1591 aa31.26■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 MROH2AA6NES4 1674 aa31.26■■■□□ 2.6
TRAF4-216ENST00000586813 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP31.25■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 CNTLNQ9NXG0 1405 aa31.25■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP31.25■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP31.25■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP31.24■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 PLXNC1O60486 1568 aa31.24■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 CEP162Q5TB80 1403 aa31.23■■■□□ 2.59
TRAF4-216ENST00000586813 ADGBQ8N7X0 1667 aa31.17■■■□□ 2.58
TRAF4-216ENST00000586813 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP31.16■■■□□ 2.58
TRAF4-216ENST00000586813 A2MP01023 1474 aa31.15■■■□□ 2.58
TRAF4-216ENST00000586813 CERKQ8TCT0 537 aa31.15■■■□□ 2.58
TRAF4-216ENST00000586813 NPATQ14207 1427 aa31.11■■■□□ 2.57
TRAF4-216ENST00000586813 DMRT2Q9Y5R5 561 aa31.11■■■□□ 2.57
TRAF4-216ENST00000586813 MBD5Q9P267 1494 aa31.09■■■□□ 2.57
TRAF4-216ENST00000586813 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP31.08■■■□□ 2.57
TRAF4-216ENST00000586813 ZMYM3Q14202 1370 aa31.06■■■□□ 2.56
TRAF4-216ENST00000586813 PTPRTO14522 1441 aa31.05■■■□□ 2.56
TRAF4-216ENST00000586813 NCOA2Q15596 1464 aa31.03■■■□□ 2.56
TRAF4-216ENST00000586813 MYO3AQ8NEV4 1616 aa31.03■■■□□ 2.56
TRAF4-216ENST00000586813 NCOA1Q15788 1441 aa31.03■■■□□ 2.56
TRAF4-216ENST00000586813 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP31.03■■■□□ 2.56
TRAF4-216ENST00000586813 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa31.01■■■□□ 2.55
TRAF4-216ENST00000586813 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa31■■■□□ 2.55
TRAF4-216ENST00000586813 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa30.99■■■□□ 2.55
TRAF4-216ENST00000586813 CCDC141Q6ZP82 1450 aa30.97■■■□□ 2.55
TRAF4-216ENST00000586813 GGT6Q6P531 493 aa30.97■■■□□ 2.55
TRAF4-216ENST00000586813 PTPRKQ15262 1439 aa30.96■■■□□ 2.55
TRAF4-216ENST00000586813 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP30.94■■■□□ 2.54
TRAF4-216ENST00000586813 VPS8Q8N3P4 1428 aa30.91■■■□□ 2.54
TRAF4-216ENST00000586813 PPP6R1Q9UPN7 881 aa30.91■■■□□ 2.54
TRAF4-216ENST00000586813 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP30.91■■■□□ 2.54
TRAF4-216ENST00000586813 LTBP4Q8N2S1 1624 aa30.91■■■□□ 2.54
TRAF4-216ENST00000586813 ARHGEF5Q12774 1597 aa30.9■■■□□ 2.54
TRAF4-216ENST00000586813 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa30.87■■■□□ 2.53
TRAF4-216ENST00000586813 PLA2R1Q13018 1463 aa30.86■■■□□ 2.53
TRAF4-216ENST00000586813 FAM135AQ9P2D6 1515 aa30.84■■■□□ 2.53
TRAF4-216ENST00000586813 KDM5DQ9BY66 1539 aa30.83■■■□□ 2.53
TRAF4-216ENST00000586813 RSPH4AQ5TD94 716 aa30.83■■■□□ 2.53
TRAF4-216ENST00000586813 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa30.8■■■□□ 2.52
TRAF4-216ENST00000586813 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP30.8■■■□□ 2.52
TRAF4-216ENST00000586813 IQSEC2Q5JU85 1478 aa30.8■■■□□ 2.52
TRAF4-216ENST00000586813 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa30.79■■■□□ 2.52
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.1 ms