RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568561.5

NME3-211, Transcript of NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 3, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene NME3, Length 813 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NME3-211ENST00000568561 PLCH2O75038 1416 aa25.71■■□□□ 1.71
NME3-211ENST00000568561 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP25.7■■□□□ 1.71
NME3-211ENST00000568561 POGZQ7Z3K3 1410 aa25.7■■□□□ 1.7
NME3-211ENST00000568561 SCAPERQ9BY12 1400 aa25.69■■□□□ 1.7
NME3-211ENST00000568561 LMTK3Q96Q04 1460 aa25.67■■□□□ 1.7
NME3-211ENST00000568561 PLPPR3Q6T4P5 718 aa25.66■■□□□ 1.7
NME3-211ENST00000568561 MAGI2Q86UL8 1455 aa25.65■■□□□ 1.7
NME3-211ENST00000568561 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa25.64■■□□□ 1.7
NME3-211ENST00000568561 MLECQ14165 292 aa25.61■■□□□ 1.69
NME3-211ENST00000568561 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP25.61■■□□□ 1.69
NME3-211ENST00000568561 ARHGAP5Q13017 1502 aa25.6■■□□□ 1.69
NME3-211ENST00000568561 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP25.59■■□□□ 1.69
NME3-211ENST00000568561 EFCAB2Q5VUJ9 269 aa25.58■■□□□ 1.69
NME3-211ENST00000568561 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa25.56■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 CLIP1P30622 1438 aa25.55■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 ATP10AO60312 1499 aa25.54■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 C9orf84Q5VXU9 1444 aa25.54■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 HSPA2P54652 639 aa25.53■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa25.52■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 KDM5CP41229 1560 aa25.52■■□□□ 1.68
NME3-211ENST00000568561 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa25.51■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 PREX2Q70Z35 1606 aa25.51■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa25.48■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa25.48■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 AFAP1Q8N556 730 aa25.48■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 CCDC18Q5T9S5 1454 aa25.47■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 ABCA6Q8N139 1617 aa25.46■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 ITSN2Q9NZM3 1697 aa25.45■■□□□ 1.67
NME3-211ENST00000568561 FBXO41Q8TF61 875 aa25.45■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa25.45■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 ABCC1P33527 1531 aa25.44■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 MYT1LQ9UL68 1186 aa25.43■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 PREX1Q8TCU6 1659 aa25.42■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa25.4■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 FYCO1Q9BQS8 1478 aa25.4■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP25.39■■□□□ 1.66
NME3-211ENST00000568561 REREQ9P2R6 1566 aa25.37■■□□□ 1.65
NME3-211ENST00000568561 MLH3Q9UHC1 1453 aa25.36■■□□□ 1.65
NME3-211ENST00000568561 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa25.34■■□□□ 1.65
NME3-211ENST00000568561 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa25.32■■□□□ 1.64
NME3-211ENST00000568561 C3P01024 1663 aa25.32■■□□□ 1.64
NME3-211ENST00000568561 SYCP2Q9BX26 1530 aa25.29■■□□□ 1.64
NME3-211ENST00000568561 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP25.28■■□□□ 1.64
NME3-211ENST00000568561 AGLP35573 1532 aa25.27■■□□□ 1.64
NME3-211ENST00000568561 STRCQ7RTU9 1775 aa25.26■■□□□ 1.63
NME3-211ENST00000568561 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP25.25■■□□□ 1.63
NME3-211ENST00000568561 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa25.24■■□□□ 1.63
NME3-211ENST00000568561 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP25.23■■□□□ 1.63
NME3-211ENST00000568561 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP25.21■■□□□ 1.63
NME3-211ENST00000568561 CERKQ8TCT0 537 aa25.18■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP25.18■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 ATP7AQ04656 1500 aa25.17■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP25.17■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP25.17■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP25.15■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 CCNB3Q8WWL7 1395 aa25.15■■□□□ 1.62
NME3-211ENST00000568561 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.14■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP25.13■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 TIAM1Q13009 1591 aa25.13■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 MROH2AA6NES4 1674 aa25.13■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 CNTLNQ9NXG0 1405 aa25.12■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP25.11■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 PLXNC1O60486 1568 aa25.1■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa25.1■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa25.09■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa25.09■■□□□ 1.61
NME3-211ENST00000568561 A2MP01023 1474 aa25.06■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 CEP162Q5TB80 1403 aa25.05■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 DMRT2Q9Y5R5 561 aa25.05■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP25.05■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 ADGBQ8N7X0 1667 aa25.04■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 ZMYM3Q14202 1370 aa25.02■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 NCOA1Q15788 1441 aa25.02■■□□□ 1.6
NME3-211ENST00000568561 PTPRTO14522 1441 aa25.01■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 NPATQ14207 1427 aa25.01■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa25.01■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 MYO3AQ8NEV4 1616 aa25.01■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 MBD5Q9P267 1494 aa24.98■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 GGT6Q6P531 493 aa24.97■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP24.97■■□□□ 1.59
NME3-211ENST00000568561 LTBP4Q8N2S1 1624 aa24.95■■□□□ 1.58
NME3-211ENST00000568561 NCOA2Q15596 1464 aa24.93■■□□□ 1.58
NME3-211ENST00000568561 PTPRKQ15262 1439 aa24.93■■□□□ 1.58
NME3-211ENST00000568561 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP24.93■■□□□ 1.58
NME3-211ENST00000568561 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa24.91■■□□□ 1.58
NME3-211ENST00000568561 CCDC141Q6ZP82 1450 aa24.89■■□□□ 1.57
NME3-211ENST00000568561 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa24.88■■□□□ 1.57
NME3-211ENST00000568561 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa24.87■■□□□ 1.57
NME3-211ENST00000568561 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP24.84■■□□□ 1.57
NME3-211ENST00000568561 PLA2R1Q13018 1463 aa24.83■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP24.81■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP24.8■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 ARHGEF5Q12774 1597 aa24.8■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP24.79■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 KIF3BO15066 747 aa24.79■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 KDM5DQ9BY66 1539 aa24.79■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 A2ML1A8K2U0 1454 aa24.78■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 IQSEC2Q5JU85 1478 aa24.78■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 PPP6R1Q9UPN7 881 aa24.78■■□□□ 1.56
NME3-211ENST00000568561 VPS8Q8N3P4 1428 aa24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 9.5 ms