RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000565236.1

CLN3-215, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 582 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-215ENST00000565236 ARHGAP5Q13017 1502 aa36.24■■■■□ 3.39
CLN3-215ENST00000565236 POGZQ7Z3K3 1410 aa36.24■■■■□ 3.39
CLN3-215ENST00000565236 MAGI2Q86UL8 1455 aa36.24■■■■□ 3.39
CLN3-215ENST00000565236 ADAMTSL3P82987 1691 aa36.22■■■■□ 3.39
CLN3-215ENST00000565236 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa36.21■■■■□ 3.39
CLN3-215ENST00000565236 YEATS2Q9ULM3 1422 aa36.2■■■■□ 3.39
CLN3-215ENST00000565236 BCORL1Q5H9F3 1711 aa36.19■■■■□ 3.38
CLN3-215ENST00000565236 PTPRMP28827 1452 aa36.14■■■■□ 3.38
CLN3-215ENST00000565236 HECW2Q9P2P5 1572 aa36.13■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa36.12■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 AFAP1Q8N556 730 aa36.11■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa36.11■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 MADDQ8WXG6 1647 aa36.08■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 PREX2Q70Z35 1606 aa36.08■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 CEP162Q5TB80 1403 aa36.08■■■■□ 3.37
CLN3-215ENST00000565236 MYT1LQ9UL68 1186 aa36.07■■■■□ 3.36
CLN3-215ENST00000565236 ATP10AO60312 1499 aa36.05■■■■□ 3.36
CLN3-215ENST00000565236 MLECQ14165 292 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-215ENST00000565236 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa36■■■■□ 3.35
CLN3-215ENST00000565236 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa36■■■■□ 3.35
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CLN3-215ENST00000565236 MTUS2Q5JR59 1369 aa35.99■■■■□ 3.35
CLN3-215ENST00000565236 C9orf84Q5VXU9 1444 aa35.99■■■■□ 3.35
CLN3-215ENST00000565236 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP35.98■■■■□ 3.35
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CLN3-215ENST00000565236 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa35.96■■■■□ 3.35
CLN3-215ENST00000565236 ABCC1P33527 1531 aa35.95■■■■□ 3.35
CLN3-215ENST00000565236 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa35.94■■■■□ 3.34
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CLN3-215ENST00000565236 MLH3Q9UHC1 1453 aa35.91■■■■□ 3.34
CLN3-215ENST00000565236 CCNB3Q8WWL7 1395 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-215ENST00000565236 PLPPR3Q6T4P5 718 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-215ENST00000565236 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP35.9■■■■□ 3.34
CLN3-215ENST00000565236 ITSN2Q9NZM3 1697 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-215ENST00000565236 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa35.84■■■■□ 3.33
CLN3-215ENST00000565236 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP35.83■■■■□ 3.33
CLN3-215ENST00000565236 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa35.83■■■■□ 3.33
CLN3-215ENST00000565236 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa35.83■■■■□ 3.33
CLN3-215ENST00000565236 ABCA6Q8N139 1617 aa35.79■■■■□ 3.32
CLN3-215ENST00000565236 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa35.79■■■■□ 3.32
CLN3-215ENST00000565236 SYCP2Q9BX26 1530 aa35.78■■■■□ 3.32
CLN3-215ENST00000565236 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa35.77■■■■□ 3.32
CLN3-215ENST00000565236 REREQ9P2R6 1566 aa35.76■■■■□ 3.32
CLN3-215ENST00000565236 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP35.76■■■■□ 3.31
CLN3-215ENST00000565236 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa35.75■■■■□ 3.31
CLN3-215ENST00000565236 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa35.74■■■■□ 3.31
CLN3-215ENST00000565236 LMTK3Q96Q04 1460 aa35.73■■■■□ 3.31
CLN3-215ENST00000565236 TIAM1Q13009 1591 aa35.7■■■■□ 3.31
CLN3-215ENST00000565236 AGLP35573 1532 aa35.68■■■■□ 3.3
CLN3-215ENST00000565236 VPS8Q8N3P4 1428 aa35.68■■■■□ 3.3
CLN3-215ENST00000565236 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP35.67■■■■□ 3.3
CLN3-215ENST00000565236 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP35.67■■■■□ 3.3
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CLN3-215ENST00000565236 A2MP01023 1474 aa35.5■■■■□ 3.27
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CLN3-215ENST00000565236 RSPH4AQ5TD94 716 aa35.46■■■■□ 3.27
CLN3-215ENST00000565236 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP35.45■■■■□ 3.27
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CLN3-215ENST00000565236 C3P01024 1663 aa35.45■■■■□ 3.27
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CLN3-215ENST00000565236 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa35.44■■■■□ 3.26
CLN3-215ENST00000565236 PLXNC1O60486 1568 aa35.42■■■■□ 3.26
CLN3-215ENST00000565236 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa35.41■■■■□ 3.26
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CLN3-215ENST00000565236 ADGBQ8N7X0 1667 aa35.4■■■■□ 3.26
CLN3-215ENST00000565236 CCDC141Q6ZP82 1450 aa35.4■■■■□ 3.26
CLN3-215ENST00000565236 APLP2Q06481 763 aa35.38■■■■□ 3.25
CLN3-215ENST00000565236 ZMYM3Q14202 1370 aa35.36■■■■□ 3.25
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CLN3-215ENST00000565236 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP35.34■■■■□ 3.25
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CLN3-215ENST00000565236 MROH2AA6NES4 1674 aa35.32■■■■□ 3.24
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CLN3-215ENST00000565236 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP35.27■■■■□ 3.24
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CLN3-215ENST00000565236 KIF3BO15066 747 aa35.25■■■■□ 3.23
CLN3-215ENST00000565236 MIA2Q96PC5 1412 aa35.24■■■■□ 3.23
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CLN3-215ENST00000565236 FBXO41Q8TF61 875 aa35.21■■■■□ 3.23
CLN3-215ENST00000565236 STRCQ7RTU9 1775 aa35.17■■■■□ 3.22
CLN3-215ENST00000565236 PTPRKQ15262 1439 aa35.14■■■■□ 3.22
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CLN3-215ENST00000565236 MAST1Q9Y2H9 1570 aa35.1■■■■□ 3.21
CLN3-215ENST00000565236 CERKQ8TCT0 537 aa35.07■■■■□ 3.2
CLN3-215ENST00000565236 KDM5DQ9BY66 1539 aa35.03■■■■□ 3.2
CLN3-215ENST00000565236 PTPRTO14522 1441 aa35.03■■■■□ 3.2
CLN3-215ENST00000565236 NCOA1Q15788 1441 aa35.03■■■■□ 3.2
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